Rozsudok Judgement was issued on Wednesday, March 20, 2025

Súd: Správny súd v Banskej Bystrici
Spisová značka: 3Sf/10/2023

Identifikačné číslo súdneho spisu: 0823100300
Dátum vydania rozhodnutia: 20. 03. 2025
Meno a priezvisko sudcu, VSÚ: JUDr. Silvia Zdráhalová Rúfusová

ECLI: ECLI:SK:SpSBB:2025:0823100300.2

ROZSUDOK V MENE

SLOVENSKEJ REPUBLIKY

Správny súd v Banskej Bystrici, v senáte zloženom z predsedníčky senátu JUDr. Silvie Zdráhalovej

Rúfusovej a členov senátu JUDr. Andrey Soukupovej (sudca spravodajca) a JUDr. Ing. Matúša Škarbalu,
v právnej veci žalobcu: ArchiCon s.r.o., so sídlom I. Olbrachta 900/6, 911 01, Trenčín, IČO: 44 948
620, právne zastúpený: Advokátska kancelária JUDr. Danica Birošová, s.r.o., so sídlom Piaristická 46,
911 40 Trenčín, IČO: 36 837 857, proti žalovanému: Finančné riaditeľstvo Slovenskej republiky, so
sídlom Lazovná 63, 974 01 Banská Bystrica, IČO: 42 499 500, o preskúmanie zákonnosti rozhodnutia
žalovaného č. 101265535/2023 zo dňa 11. mája 2023, takto

r o z h o d o l :

I. Správny súd z r u š u j e rozhodnutie žalovaného Finančného riaditeľstva Slovenskej republiky

č. 101265535/2023 zo dňa 11.05.2023, ako aj rozhodnutie orgánu verejnej správy prvého stupňa
Daňového úradu Trenčín č. 102754446/2022 zo dňa 07.10.2022 a vec v r a c i a orgánu verejnej správy
prvého stupňa na ďalšie konanie.

II. Žalobcovi priznáva voči žalovanému právo na náhradu dôvodne vynaložených trov konania v rozsahu
100%.

o d ô v o d n e n i e :

Daňový úrad Trenčín (ďalej aj ako „správca dane“) vykonal u daňového subjektu (ďalej aj ako „žalobca“)
daňovúkontrolunazistenieoprávnenostinárokunavrátenienadmernéhoodpočtualebojehočastipodľa

zákona č. 222/2004 Z. z. o dani z pridanej hodnoty v znení neskorších predpisov (ďalej len „zákon o
DPH“). Daňová kontrola za
2 3Sf/10/2023

zdaňovacie obdobie január 2013 bola začatá dňa 08.04.2013, t.j. v deň uvedený v Oznámení o
daňovej kontrole na zistenie oprávnenosti nároku na vrátenie nadmerného odpočtu alebo jeho časti č.

9301402/5/1140852/2013/Bed zo dňa 26.03.2013, ktoré bolo daňovému subjektu doručené 28.03.2013.

2. Správca dane o vykonanom dokazovaní zaslal daňovému subjektu Oboznámenie so skutočnosťami
zistenými v rámci výkonu daňovej kontroly dane z pridanej hodnoty (ďalej len „DPH“) za zdaňovacie
obdobie január 2013 č. 9301402/5/1771751/2014/Bed zo dňa 07.05.2014 a v zmysle § 45 ods. 1 písm.
f) zákona č. 563/2009 Z. z. o správe daní (daňový poriadok) a o zmene a doplnení niektorých zákonov
(ďalej len „Daňový poriadok“) vyzval žalobcu na vyjadrenie k uvedeným skutočnostiam. Dňa 26.05.2014

bolo doručené Vyjadrenie daňového subjektu zo dňa 22.05.2014, zaevidované pod č. 6/15806898/2014.

3. O výsledku z daňovej kontroly bol vyhotovený Protokol č. 9301402/5/3049544/2014/Bed zo dňa
24.06.2014, pričom jeho súčasťou bolo aj Vyjadrenie žalobcu zo dňa 22.05.2014, ktorého obsah boluvedený v plnom znení v Protokole z daňovej kontroly. Protokol bol zaslaný daňovému subjektu spolu
s Výzvou na vyjadrenie sa k zisteniam uvedeným v protokole č. 9301402/5/3051228/2014/Bed zo
dňa 24.06.2014. Obe písomnosti boli doručené 11.07.2014. K prerokovaniu pripomienok a dôkazov

predložených daňovým subjektom k Protokolu došlo dňa 26.03.2015.

4. Následne správca dane vydal dňa 08.04.2015 v poradí prvé prvostupňové rozhodnutie č.
234543/2015, ktorým správca dane nepriznal daňovému subjektu nadmerný odpočet na DPH za
zdaňovacie obdobie január 2013 v sume 10 656,97 EUR. O odvolaní voči tomuto rozhodnutiu žalovaný

rozhodnutím č. 1163772/2015 zo dňa 15.07.2015 rozhodol tak, že rozhodnutie správcu dane potvrdil.
Krajský súd v Trenčíne Rozsudkom sp. zn. 11S/71/2015 zo dňa 24.05.2016 správnu žalobu zamietol.
Najvyšší súd Slovenskej republiky Rozsudkom sp. zn. 1Sžfk/4/2016 zo dňa 09.10.2018 v konaní
o kasačnej sťažnosti podanej proti uvedenému rozsudku správneho súdu, Rozhodnutie Finančného
riaditeľstva Slovenskej republiky č. 1163772/2015 zo dňa 15.07.2015 zrušil a vec vrátil na ďalšie
konanie z dôvodu nevypočutia žalobcom navrhnutých svedkov, ktorými chcel daňový subjekt preukázať

reálne uskutočnenie deklarovaných zdaniteľných obchodov s dodávateľom a neoznámenie pochybností
správcu dane v zmysle § 46 ods. 5 Daňového poriadku. Žalovaný rozhodnutím v poradí druhým
č. 102493096/2018 zo dňa 06.12.2018 zrušil rozhodnutie správcu dane a vrátil mu vec na ďalšie
konanie. Správca dane rozhodol v poradí druhým rozhodnutím č. 473383/2019 zo dňa 21.08.2019,
avšak žalovaný rozhodnutím v poradí tretím č. 100387334/2020 zo dňa 07.02.2020 zrušil rozhodnutie

správcu dane a vec mu vrátil na ďalšie konania z dôvodu nevypočutia žalobcom navrhnutých svedkov.
Správca dane v poradí tretím rozhodnutím č. 101558339/2020 zo dňa 09.10.2020 rozhodol a o podanom
odvolanížalobcužalovanýrozhodolvporadíštvrtýmrozhodnutímč.100729767/2021zodňa30.04.2021
tak, že rozhodnutie správcu dane potvrdil. Krajský súd v Trenčíne, ako správny súd, rozhodnutím sp.
zn. 13S/6/2021 zo dňa 27.10.2021 zrušil posledné rozhodnutie žalovaného i správcu dane a vec vrátil

správcovi dane na ďalšie konanie a rozhodnutie s tým, že neodstránil skôr
3 3Sf/10/2023

vytýkané nedostatky, a aby vykonal dôkazy navrhnuté daňovým subjektom. Následne správca dane

oboznámil daňový subjekt so skutočnosťami zistenými v ďalšom konaní a umožnil mu vyjadriť sa k nim
a doplnil dokazovanie výsluchom navrhnutých svedkov.
Prvostupňové rozhodnutie
5.Rozhodnutímč.102754446/2022zodňa07.10.2022správcadane(ďalejajako„orgánverejnejsprávy
prvého stupňa“) podľa § 68 ods. 6 Daňového poriadku určil daňovému subjektu rozdiel v sume 10 656,97

EUR za zdaňovacie obdobie január 2013 s tým, že daňový subjekt neodstránil pochybnosti správcu
dane, požadované nejasnosti ohľadom zdaniteľných plnení deklarovaných faktúrami od dodávateľa
spoločnosti Nettix, s.r.o. nevysvetlil, neobjasnil ani nepreukázal, čo malo za následok, že vzniknuté
pochybnosti neboli odstránené, a teda žalobca neuniesol dôkazné bremeno, ktoré bolo na jeho strane.
Správca dane uviedol, že vykonaným dokazovaním preukázal, že kúpa a predaj tovaru – kryštálového

cukru na preverovaných faktúrach sa neuskutočnili tak, ako boli deklarované v predložených dokladoch
a navrhnuté dôkazy nepotvrdili obchodné transakcie tak, ako to daňový subjekt očakával.

Druhostupňové rozhodnutie
6. Daňový subjekt voči dosiaľ poslednému rozhodnutiu správcu dane podal odvolanie, o ktorom rozhodol

žalovaný rozhodnutím č. 101265535/2023 zo dňa 11.05.2023 tak, že rozhodnutie správcu dane potvrdil.
V odôvodnení uviedol, že daňový subjekt nepredložil žiadne doklady a dôkazy, ktoré by vyvrátili
pochybnosti správcu dane o reálnosti deklarovaných obchodných transakcií, a to napriek skutočnosti,
že na predloženie takýchto dokladov a dôkazov bol správcom dane niekoľkokrát vyzvaný. Následne
sa v odôvodnení rozhodnutia vyjadril k jednotlivým odvolacím dôvodom, pričom jednotlivé odvolacie

námietky považoval za nedôvodné, aj čo sa týkalo námietky žalobcu ohľadom porušenia § 46 ods. 5
Daňového poriadku s odôvodnením, že bola síce konštatovaná nedôslednosť postupu správcu dane,
avšak nebolo konštatované porušenie uvedeného ustanovenia, ani nezákonnosť vykonanej daňovej
kontroly, či nezákonnosť Protokolu z daňovej kontroly.

Správna žaloba – žalobné body
7. V zákonom stanovenej lehote podal žalobca správnu žalobu, ktorou sa domáhal preskúmania
rozhodnutia žalovaného v spojení s rozhodnutím správcu dane, ktoré navrhoval zrušiť a vec vrátiť
žalovanému na ďalšie konanie.8. Žalobca v správnej žalobe namietal, že napadnuté rozhodnutie žalovaného je jeho piatym
rozhodnutím v poradí. Jeho prvé rozhodnutie zrušil Najvyšší súd Slovenskej republiky pre porušenie §

46 ods. 5 Daňového poriadku a nedostatočne zistený skutkový stav, najmä nevyhodnotenie žalobcom
predložených dôkazov a nevykonanie navrhnutých dôkazov. Štvrté rozhodnutie žalovaného zrušil
Krajský súd v Trenčíne najmä pre neodstránenie nedostatkov
4 3Sf/10/2023

vytýkaných Najvyšším súdom Slovenskej republiky. Napadnutým rozhodnutím žalovaný potvrdil
prvostupňové rozhodnutie správcu dane napriek tomu, že dôvody, pre ktoré viaceré správne súdy
predchádzajúce rozhodnutia orgánov verejnej správy viackrát zrušili, žalovaný ani správca dane
vo svojich rozhodnutiach neodstránili. V tejto súvislosti žalobca poukázal na skutočnosť, že súdmi
vytýkané porušenie § 46 ods. 5 Daňového poriadku správcom dane je podľa Rozsudku Najvyššieho

správneho súdu Slovenskej republiky sp. zn. 1Sžfk/10/2020 zo dňa 24.02.2022 nedostatkom, ktorý je
neodstrániteľný.

9. Ďalej žalobca v správnej žalobe namietal, že napadnuté rozhodnutie žalovaného vychádza z
nesprávneho právneho posúdenia veci ohľadom posúdenia rozsahu dôkazného bremena daňového

subjektu počas daňovej kontroly. V tejto súvislosti opakovane namietal porušenie ustanovenia § 46 ods.
5 Daňového poriadku.

10. V ďalšej časti správnej žaloby žalobca namietal, že napadnuté rozhodnutie žalovaného je
nepreskúmateľné pre nezrozumiteľnosť a nedostatok dôvodov, pričom namietal správcom dane

vykonané dokazovanie, resp. nevykonanie žalobcom navrhnutých dôkazov. Skutkový stav, ktorý vzal
žalovaný za základ napadnutého rozhodnutia, považoval žalobca za nedostatočne zistený a v rozpore
s administratívnym spisom. V tejto časti správnej žaloby žalobca poukazoval aj na doklady a dôkazy,
ktoré sa však týkajú inej daňovej kontroly žalobcu za iné zdaňovacie obdobie (december 2012 – pozn.
správneho súdu), ktoré nemá súvis s prejednávanou vecou. Žalobca ďalej uviedol, že orgán verejnej

správy v správnom konaní porušil ustanovenia o konaní pred orgánom verejnej správy, nakoľko správca
dane nepostupoval podľa všeobecne záväzných právnych predpisov (Daňového poriadku) a napadnuté
rozhodnutie žalovaného je v rozpore s ustanovením § 72 ods. 4 písm. d) Daňového poriadku.

Vyjadrenie žalovaného k správnej žalobe žalobcu

11. Žalovaný zotrval na tom, že žalobcom poukazovaný Rozsudok Najvyššieho správneho súdu
Slovenskej republiky sp. zn. 1Sžfk/10/2020 zo dňa 24.02.2022 nie je aplikovateľný na posudzovaný
prípad žalobcu z dôvodu rozdielneho skutkového stavu – v prípade posudzovanom v uvedenom
rozsudku kasačného súdu tak správny súd (Krajský súd v Košiciach), ako aj kasačný súd, konštatovali
porušenie ustanovenia § 46 ods. 5 Daňového poriadku, nakoľko písomnosť správcu dane označená

ako „Oboznámenie sa s priebežnými výsledkami daňovej kontroly“ zo dňa 16.05.2016, ktorým správca
dane žalobcovi oznámil, že sa môže dostaviť na Daňový úrad Košice za účelom oboznámenia sa s
priebežnými výsledkami daňovej kontroly na dani z pridanej hodnoty za zdaňovacie obdobie marec
2014, atribúty ustanovenia § 46 ods. 5 Daňového poriadku nespĺňa, nakoľko v nej absentujú akékoľvek
pochybnosti zistené správcom dane, teda zosumarizovanie výsledkov prebiehajúcej daňovej kontroly

na základe doručených odpovedí z MVI v spojení s dokladmi predloženými žalobcom, pričom túto
písomnosť taktiež nebolo možné posúdiť ani ako predvolanie daňového subjektu na ústne pojednávanie
za účelom prejednania pochybností zistených správcom dane. Žalovaný uviedol, že predmetná situácia
však u žalobcu nenastala,
5 3Sf/10/2023

nakoľko správca dane žalobcovi v priebehu výkonu daňovej kontroly zaslal písomnosť „Oboznámenie
so skutočnosťami zistenými v rámci výkonu daňovej kontroly dane z pridanej hodnoty za zdaňovacie
obdobie november 2012 č. 9301402/5/1771636/2014/Bed zo dňa 07.05.2014“, v ktorej uviedol

zosumarizovanie výsledkov prebiehajúcej daňovej kontroly. Ďalej uviedol, že ustanovenie § 46 ods.
5 Daňového poriadku neobsahuje formu akou má správca dane daňový subjekt vyzvať. Nakoľko mal
správca dane k dispozícii doklady predložené k daňovej kontrole, zvolil formu ústneho pojednávania
a v súvislosti so vzniknutými pochybnosťami dňa 05.11.2013 (Zápisnica o ústnom pojednávaní č.9301402/5/4944361/2013/Bed) položil daňovému subjektu konkrétne otázky, aby sa k nim vyjadril.
Taktiež v ďalšom konaní správca dane zaslal daňovému subjektu Výzvu č. 101303368/2020, v
ktorej vyzval daňový subjekt na vyjadrenie k pochybnostiam správcu dane a na preukázanie svojich

tvrdení (daňový subjekt na túto výzvu nereagoval, pochybnosti v nej uvedené neodstránil, nejasnosti
nevysvetlil a nepreukázal) a Oboznámenie č. 102205291/2022, v ktorom správca dane tiež uviedol svoje
pochybnosti a vyhodnotenie zistených skutočností (daňový subjekt dňa 19.09.2022 doručil Vyjadrenie k
oboznámeniu /ev. č. 612233839/2022/). Ďalej sa žalovaný vyjadril k jednotlivým bodom správnej žaloby
žalobcu, ktorú považoval za nedôvodnú v celom rozsahu.

Vyjadrenie žalobcu k vyjadreniu žalovaného (replika žalobcu)
12. Žalobca nesúhlasil s tvrdeniami žalovaného, že jeho postup, resp. postup správcu dane pri
predlžovaní lehôt na rozhodnutie v danej veci boli v súlade s Daňovým poriadkom, pričom v
podrobnostiach poukázal na priebeh administratívneho konania a vydané rozhodnutia správcu dane
i žalovaného, ktoré boli viackrát zrušené i rozhodnutím Najvyššieho súdu Slovenskej republiky, resp.

Najvyššieho správneho súdu Slovenskej republiky. Žalobca mal za to, že nie sú dané dôvody podanú
žalobu zamietnuť, pretože vo veci už raz zhodne rozhodol Najvyšší súd Slovenskej republiky, žalovaný
v predloženom vyjadrení neuviedol také dôvody, pre ktoré by bolo náležité podanú žalobu zamietnuť.
Vzhľadom na vyššie uvedené vyjadrenie žalobca správnemu súdu opakovane navrhol, aby podanej
žalobe v celom rozsahu vyhovel a uložil žalovanému nahradiť žalobcovi trovy súdneho konania.

Vyjadrenie žalovaného k vyjadreniu žalobcu (duplika žalovaného)
13. Žalovaný zotrval tom, že tak on, ako aj správca dane, postupovali v zmysle tak procesno-právneho
predpisu (Daňový poriadok), ako aj hmotnoprávneho predpisu (zákon o DPH), v súlade s Ústavou SR,
vnútroštátnou a európskou judikatúrou, a preto žiadal podanú žalobu zamietnuť ako nedôvodnú.

Posúdenie podstatných skutkových tvrdení a právnych argumentov správnym súdom
14. Správny súd na žiadosť žalobcu nariadil pojednávanie na deň 20.03.2025. Právna zástupkyňa
žalobcu zotrvala na dôvodoch podanej správnej žaloby a zdôraznila, že nedošlo k prenosu dôkazného
bremena na žalobcu v zmysle § 46 ods. 5 Daňového poriadku.

6 3Sf/10/2023

PoukázalanaRozsudokNajvyššiehosprávnehosúduSlovenskejrepublikysp.zn.5Sfk/112/2022zodňa
29.10.2024 v obdobnej veci žalobcu. Žalovaný ospravedlnil svoju neúčasť na nariadenom pojednávaní

podaním zo dňa 19.03.2025 z dôvodu kolízie termínov, pričom súhlasil s prejednaním veci v jeho
neprítomnosti.

15. Správny súd preskúmal správnou žalobou napadnuté rozhodnutie žalovaného, ako aj rozhodnutie
orgánu verejnej správy prvého stupňa, vrátane postupu, ktorý ich vydaniu predchádzal, v rozsahu a

z dôvodov správnej žaloby (§ 134 ods. 1 a 2 SSP) a dospel k záveru, že správna žaloba žalobcu je
dôvodná, preto rozhodnutie žalovaného, ako aj rozhodnutie správcu dane, zrušil podľa ust. § 191 ods.
1 písm. g) a ods. 3 SSP a podľa ust. 191 ods. 4 SSP vrátil vec orgánu verejnej správy prvého stupňa
na ďalšie konanie.

16. Podľa § 24 ods. 1 až 6 Daňového poriadku; (1) daňový subjekt preukazuje a) skutočnosti, ktoré majú
vplyv na správne určenie dane a skutočnosti, ktoré je povinný uvádzať v daňovom priznaní alebo iných
podaniach, ktoré je povinný podávať podľa osobitných predpisov, b) skutočnosti, na ktorých preukázanie
bol vyzvaný správcom dane v priebehu daňovej kontroly alebo daňového konania, c) vierohodnosť,
správnosť a úplnosť evidencií a záznamov, ktoré je povinný viesť. (2) Správca dane vedie dokazovanie,

pričom dbá, aby skutočnosti nevyhnutné na účely správy daní boli zistené čo najúplnejšie a nie je
pritom viazaný iba návrhmi daňových subjektov. (3) Správca dane preukazuje skutočnosti o úkonoch
vykonaných voči daňovému subjektu, ktoré sú rozhodné pre správne určenie dane. Nie je potrebné
dokazovať skutočnosti všeobecne známe alebo známe správcovi dane z jeho činnosti. (4) Ako dôkaz
možno použiť všetky prostriedky, ktorými možno zistiť a objasniť skutočnosti rozhodujúce pre správne

určenie dane a ktoré nie sú získané v rozpore so všeobecne záväznými právnymi predpismi. Ide najmä
o rôzne podania daňových subjektov, svedecké výpovede, znalecké posudky, verejné listiny, protokoly
o daňových kontrolách, zápisnice o miestnom zisťovaní a obhliadke, povinné záznamy a evidencie
vedenédaňovýmisubjektmiadokladyknim.(5)Nadokladznejúcinaneexistujúcuosobuvčasevydaniadokladu sa v daňovej kontrole a v daňovom konaní neprihliada. (6) Na účely dokazovania môže správca
dane úkony, ktorými sú najmä ústne pojednávanie, výsluch svedkov, výsluch znalcov a oboznamovanie
sa s dôkazmi, vykonávať aj spoločne.

17. Podľa § 44 ods. 1 Daňového poriadku; daňovou kontrolou správca dane zisťuje alebo preveruje
skutočnosti rozhodujúce pre správne určenie dane alebo dodržiavanie ustanovení osobitných predpisov.
Daňová kontrola sa vykonáva v rozsahu, ktorý je nevyhnutne potrebný na dosiahnutie jej účelu.

18. Podľa § 46 ods. 5 Daňového poriadku; ak vzniknú pochybnosti o správnosti, pravdivosti alebo
úplnosti dokladov predložených kontrolovaným daňovým subjektom alebo o pravdivosti údajov v nich
uvedených, oznámi správca dane tieto pochybnosti kontrolovanému daňovému subjektu a vyzve ho,
aby sa k ním vyjadril, najmä aby neúplné údaje doplnil, nejasnosti vysvetlil a nepravdivé údaje opravil
alebo pravdivosť údajov riadne preukázal.
7 3Sf/10/2023

19. Podľa § 2 ods. 1 zákona o DPH; predmetom dane je a) dodanie tovaru za protihodnotu v tuzemsku
uskutočnené zdaniteľnou osobou, ktorá koná v postavení zdaniteľnej osoby, b) poskytnutie služby
(ďalej len „dodanie služby“) za protihodnotu v tuzemsku uskutočnené zdaniteľnou osobou, ktorá koná

v postavení zdaniteľnej osoby, c) nadobudnutie tovaru za protihodnotu v tuzemsku z iného členského
štátu Európskej únie (ďalej len „členský štát“), d) dovoz tovaru do tuzemska.

20. Podľa § 19 ods. 1 a 2 zákona o DPH; (1) daňová povinnosť vzniká dňom dodania tovaru. Dňom
dodania tovaru je deň, keď kupujúci nadobudne právo nakladať s tovarom ako vlastník. Pri prevode

alebo prechode nehnuteľnosti je dňom dodania deň odovzdania nehnuteľnosti do užívania, ak je tento
deň skorší ako deň zápisu vlastníckeho práva k nehnuteľnosti do katastra nehnuteľností. Pri dodaní
stavby na základe zmluvy o dielo alebo inej obdobnej zmluvy je dňom dodania deň odovzdania stavby.
Pri dodaní tovaru podľa § 8 ods. 1 písm. c/ je dňom dodania tovaru deň odovzdania tovaru nájomcovi.
(2) Daňová povinnosť vzniká dňom dodania služby.

21. Podľa § 49 ods. 1 a 2 zákona o DPH; (1) právo odpočítať daň z tovaru alebo zo služby vzniká
platiteľovi v deň, keď pri tomto tovare alebo službe vznikla daňová povinnosť. (2) Platiteľ môže odpočítať
od dane, ktorú je povinný platiť, daň z tovarov a služieb, ktoré použije na dodávky tovarov a služieb ako
platiteľ s výnimkou podľa odsekov 3 a 7. Platiteľ môže odpočítať daň, ak je daň a) voči nemu uplatnená

iným platiteľom v tuzemsku z tovarov a služieb, ktoré sú alebo majú byť platiteľovi dodané, b) ním
uplatnená z tovarov a služieb, pri ktorých je povinný platiť daň podľa § 69 ods. 2 až 4, 7 a 9 až 12, c) ním
uplatnená pri nadobudnutí tovaru v tuzemsku z iného členského štátu podľa § 11 a § 11a, d) zaplatená
správcovi dane v tuzemsku pri dovoze tovaru.

22. Podľa § 51 ods. 1 písm. a/ zákona o DPH; právo na odpočítanie dane podľa § 49 môže platiteľ
uplatniť, ak pri odpočítaní dane podľa § 49 ods. 2 písm. a/ má faktúru od platiteľa vyhotovenú podľa § 71.

23. Zákonodarca v ustanovení § 3 ods. 1 Daňového poriadku upravuje základné zásady daňového
konania tak, že v daňovom konaní sa postupuje podľa všeobecne záväzných právnych predpisov,

chránia sa záujmy štátu a obcí a dbá sa pritom na zachovávanie práv a právom chránených záujmov
daňových subjektov a iných osôb. Správca dane postupuje pri správe daní v úzkej súčinnosti s daňovým
subjektom a inými osobami a poskytuje im poučenie o ich procesných právach a povinnostiach, ak tak
ustanoví tento zákon. Správca dane je povinný zaoberať sa každou vecou, ktorá je predmetom správy
daní, vybaviť ju bezodkladne a bez zbytočných prieťahov a použiť najvhodnejšie prostriedky, ktoré vedú

k správnemu určeniu a vyrubeniu dane (§ 3 ods. 2 Daňového poriadku). Správca dane hodnotí dôkazy
podľa svojej úvahy, a to každý dôkaz jednotlivo a všetky dôkazy v ich vzájomnej súvislosti, pritom
prihliada na všetko, čo pri správe daní vyšlo najavo (§ 3 ods. 3). Pri uplatňovaní osobitných predpisov
pri správe daní sa berie do úvahy skutočný obsah právneho úkonu alebo inej skutočnosti rozhodujúcej
pre vyrubenie alebo vybratie dane (§ 3 ods. 6).

8 3Sf/10/2023Daňové subjekty majú pri správe daní rovnaké práva a povinnosti (§ 3 ods. 7 ). Právom aj povinnosťou
daňových subjektov a iných osôb podľa § 4 ods. 2 písm. d/ pri správe daní je úzko spolupracovať so
správcom dane (§ 3 ods. 8).

24. Účelom daňového konania je zistenie, či si daňové subjekty splnili v súlade s príslušnými
hmotnoprávnymi predpismi svoje povinnosti voči štátnemu rozpočtu. Daňový poriadok preto zakotvuje
oprávnenia daňových orgánov, aby mohli zisťovať, či si daňové subjekty splnili svoje povinnosti
stanovené príslušnými hmotnoprávnymi predpismi. Keďže ide o fiškálne záujmy štátu, daňový poriadok

obsahuje osobitnú úpravu zisťovania preverovania základu dane alebo iných skutočností rozhodujúcich
pre správne určenie dane alebo vznik daňovej povinnosti daňového subjektu. Daňový poriadok je
procesným predpisom, ktorý zakotvuje pravidlá postupu daňových orgánov pri príprave, výkone, resp.
uskutočňovaní aktov daňového konania. V tomto zmysle je zárukou zákonného postupu pri plnení úloh
správcudane,akoajzárukouzákonnejochranyprávaprávomchránenýchzáujmovdaňovýchsubjektov.
Z Daňového poriadku vyplýva, že dokazovanie vykonáva správca dane, ktorý vedie daňové konanie,

pričom daňový subjekt preukazuje všetky skutočnosti, ktoré je povinný uvádzať v priznaní, hlásení a
vyúčtovaní, alebo na ktorých preukázanie bol vyzvaný správcom dane v priebehu daňového konania,
ako aj vierohodnosť, správnosť alebo úplnosť povinných evidencií alebo záznamov vedených daňovým
subjektom (§ 24 ods. 1).

25. Daňový poriadok ukladá daňovému subjektu v priebehu daňovej kontroly okrem iného predkladať aj
záznamy,ktorýchvedenieukladáosobitnýpredpisainédoklady,ktorépreukazujúhospodárskeoperácie
a účtovné prípady, vrátane evidencie a záznamov, ktorých vedenie bolo správcom dane uložené a
podávať k nim ústne alebo písomné vysvetlenia. V oznámení o daňovej kontrole je povinnosťou správcu
dane určiť lehotu na predloženie všetkých dokladov potrebných na vykonanie daňovej kontroly a

zároveň poučiť účastníka daňového konania o následkoch ich nepredloženia. Daňový poriadok tiež
stanovuje povinnosť pre správcu dane, a to v priebehu daňovej kontroly jeho pochybnosti o správnosti,
pravdivosti alebo úplnosti predložených dokladov alebo o pravdivosti údajov v nich uvedených oznámiť
kontrolovanému daňovému subjektu, ktorý ich predložil a povinnosť vyzvať ho, aby sa k nim vyjadril,
najmä aby neúplné údaje doplnil, nejasnosti vysvetlil a nepravdivé údaje opravil alebo pravdivosť týchto

deklarovaných údajov riadne preukázal. Toto ustanovenie Daňového poriadku zaručuje daňovému
subjektu určitú ochranu v tom, že správca dane musí daňový subjekt v priebehu daňovej kontroly
informovať o svojich pochybnostiach a zároveň ho aj vyzvať, aby tieto pochybnosti odstránil alebo
vyvrátil.

26. Správny súd predtým, ako vyhodnotil jednotlivé námietky žalobcu uplatnené v podanej správnej
žalobe za podstatnú považoval žalobnú námietku, v ktorej žalobca namietal nedodržanie postupu podľa
ust. § 46 ods. 5 Daňového poriadku. Správny súd musel prihliadnuť na aktuálnu rozhodovaciu činnosť
Najvyššieho správneho súdu Slovenskej republiky, konkrétne na rozhodnutie sp. zn. 1Sžfk/10/2020 zo
dňa 24.02.2022, publikované v Zbierke stanovísk a rozhodnutí Najvyššieho správneho súdu Slovenskej

republiky 2/2022
9 3Sf/10/2023

pod č. 18/2022 a na naň nadväzujúce rozhodnutie sp. zn. 4Sžfk/31/2020 zo dňa 26.10.2022. Rovnako

tak správny súd prihliadol na následnú rozhodovaciu činnosť Najvyššieho správneho súdu Slovenskej
republiky, hlavne čo sa týka vecí totožných účastníkov konania v obdobných sporoch, napr. rozhodnutia
sp. zn. 5Sfk/112/2022 zo dňa 29.10.2024 a sp. zn. 2Sfk/31/2022 zo dňa 23.11.2023. V zmysle záverov
týchto rozhodnutí správny súd považoval námietku o nedodržaní postupu podľa § 46 ods. 5 Daňového
poriadku správcom dane za najzásadnejšiu.

27. Správny súd uvádza, že žalovaný v napadnutom rozhodnutí poukazoval na závery Rozsudku
Najvyššieho správneho súdu Slovenskej republiky sp. zn. 2Sfk/30/2021 zo dňa 24.08.2022 v obdobnej
veci, avšak uvedené rozhodnutie nemožno aplikovať na prejednávanú vec, nakoľko sa jednalo o odlišné
skutkové okolnosti. Najvyšší správny súd Slovenskej republiky v obdobnom prípade námietku porušenia

§ 46 ods. 5 Daňového poriadku považoval za nedôvodnú, nakoľko správca dane poskytol daňovému
subjektu dostatočný priestor na oboznámenie sa s nezrovnalosťami, neúplnosťou či spochybnením
dokladov zistených správcom dane vo vzťahu k dôkazom predložených v daňovom priznaní, pričom
poukázal na ústne pojednávanie s daňovým subjektom ešte pred vydaním Protokolu z daňovej kontroly,na ktorom správca dane uviedol preukázané kontrolné zistenia a vyhodnotenia dôkazov s celkovým
zhrnutím výsledkov daňovej kontroly spolu so stanoviskom daňového subjektu.

28. Avšak v prejednávanom prípade z administratívneho spisu vyplýva, že správca dane nesprávnym
procesným postupom daňovému subjektu do ukončenia daňovej kontroly žiadne pochybnosti o
žalobcom predložených dokladoch a dôkazoch neoznámil. S poukazom na obdobný prípad mal správny
súd z administratívneho spisu preukázané, že ani na ústnom pojednávaní ohľadom prerokovania
pripomienok žalobcu k Protokolu z daňovej kontroly zo dňa 26.03.2015 nedošlo k naplneniu ustanovenia

§ 46 ods. 5 Daňového poriadku (hoci by rovnako išlo o oznámenie pochybností po ukončení daňovej
kontroly – pozn. správneho súdu). Zo zápisnice o ústnom pojednávaní zo dňa 26.03.2015 vyplýva, že
správca dane zhrnul obsah námietok žalobcu, pričom od strany 13. je uvedené stanovisko správcu
dane, v ktorom zhrnul priebeh daňovej kontroly a uviedol, že postupoval v zmysle Daňového poriadku. V
závereuviedol,že„Nakoľkodaňovýsubjektvosvojomvyjadrenínepredložilžiadnedôkazypreukazujúce
jeho tvrdenia, predmetné vyjadrenie nemalo vplyv na celkový výsledok daňovej kontroly a výsledok

uvedenývprotokolezostávanezmenený.“Hocižalobcaajnatomtoústnompojednávanídňa26.03.2015
namietal porušenie § 46 ods. 5 Daňového poriadku, správca dane k uvedenej námietke nezaujal žiadne
stanovisko.

29. Na nesprávny procesný postup ohľadom naplnenia dikcie ustanovenia § 46 ods. 5 Daňového

poriadku poukazoval už aj Najvyšší súd Slovenskej republiky v Rozhodnutí sp. zn. 1Sžfk/4/2016 zo dňa
09.10.2018, kde v bode 30. uviedol, že „ak správca dane svoje pochybnosti o ich príčiny kontrolovanému
daňovému subjektu neoznámi je tento v neistote, aké skutočnosti má preukazovať a načo sa v priebehu
daňovej kontroly zamerať.“ V bode 31. rozhodnutia uvádza, že „v prejednávanej veci správca dane
počas celej daňovej kontroly nepostupoval dôsledne podľa § 46 ods. 5 Daňového poriadku a neoznámil

žalobcovi, ktoré z
10 3Sf/10/2023

predložených dokladov alebo údajov v nich uvedené považuje za pochybné z hľadiska správnosti

pravdivosti alebo úplnosti a akých dôvodov. Nevyzval ho, aby riadne preukázal pravdivosť pochybných
údajov, chýbajúce údaje doplnil, či nejasnosti vysvetlil. Správca dane síce priebežne oboznamoval
žalobcu s výsledkami vlastných šetrení a bez bližšej špecifikácie ho vyzýval na predloženie dôkazov,
avšak žalobcom predložené dôkazy dostatočne nevyhodnotil a navrhnuté dôkazy nevykonal, pričom
svoju pozornosť sústredil predovšetkým na subjekty, ktoré predchádzali žalobcovi v obchodnom reťazci

s kryštálovým cukrom, resp. na žalobcom deklarovaného odberateľa tejto komodity v Českej republike.“

30. Pokiaľ ide o znenie ustanovenia § 46 ods. 5 Daňového poriadku, správny súd zastáva názor, že
už samotný gramatický výklad tohto ustanovenia dáva jednoznačnú odpoveď na nastolenú otázku, keď
výslovne uvádza, že „Ak vzniknú pochybnosti..., oznámi správca dane tieto pochybnosti kontrolovanému

daňovému subjektu a vyzve ho, aby sa k nim vyjadril,...“. Je teda nesporné, že ustanovenie § 46
ods. 5 Daňového poriadku ukladá správcovi dane priamo dve povinnosti, a to povinnosť oznámiť
kontrolovanému daňovému subjektu pochybnosti o správnosti, pravdivosti alebo úplnosti predložených
dokladov a súčasne povinnosť vyzvať kontrolovaný daňový subjekt, aby sa k nim vyjadril najmä, aby
neúplné údaje doplnil, nejasnosti vysvetlil a nepravdivé údaje opravil alebo pravdivosť údajov riadne

preukázal. Výzva podľa § 46 ods. 5 Daňového poriadku môže byť daňovému subjektu alternatívne
zaslaná v písomnej forme alebo pochybnosti môžu byť daňovému subjektu oznámené i počas ústneho
pojednávania, na ktoré správca dane daňový subjekt predvolá a následne o jeho priebehu a obsahu
spíše zápisnicu (rozsudok Najvyššieho správneho súdu Slovenskej republiky sp. zn. 1Sžfk 10/2020
z 24.02.2022, zverejnený v Zbierke stanovísk a rozhodnutí Najvyššieho správneho súdu Slovenskej

republiky 2/2022 pod č. 18/2022).

31. Správny súd považuje za potrebné uviesť, že na to, aby správca dane mohol realizovať povinnosti
vyplývajúce s ust. § 46 ods. 5 Daňového poriadku, musí pochybnosti nadobudnúť a tieto si ustáliť.

32. Zásada zákonnosti je nesporne najvýznamnejšou zásadou daňového konania, pričom jej základ
nevychádza len z ust. § 3 ods. 1 Daňového poriadku, ale primárne z čl. 2 ods. 2 Ústavy SR. Daňové
orgány sú pri určovaní daňovej povinnosti povinné postupovať nielen podľa všeobecne záväzných
právnych predpisov a dbať na fiškálne záujmy štátu, ale rovnako sú povinné dbať na zachovávaniepráv a právom chránených záujmov daňových subjektov a pri správe daní postupovať v úzkej súčinnosti
s daňovými subjektmi. Spolupráca daňových orgánov s kontrolovanými daňovými subjektmi vyplýva
z viacerých ustanovení Daňového poriadku, pričom jedným z nich je aj ustanovenie § 46 ods. 5

Daňového poriadku, ktoré vo svojej podstate upravuje prenos dôkazného bremena zo správcu dane na
kontrolovaný daňový subjekt práve v prípade, ak má správca dane pochybnosti o správnosti, pravdivosti
alebo úplnosti dokladov predložených kontrolovaným daňovým subjektom alebo o pravdivosti údajov v
nich oznámených. V prípade, ak k takejto situácii dôjde, správca dane vyzýva daňový subjekt, aby sa k
zisteným pochybnostiam správcovi dane vyjadril a teda, aby pravdivosť údajov, ktoré uviedol v daňovom

priznaní, preukázal. Táto výzva môže byť
11 3Sf/10/2023

daňovému subjektu alternatívne zaslaná v písomnej forme alebo pochybnosti môžu byť daňovému
subjektu oznámené i počas ústneho pojednávania, na ktoré správca dane daňový subjekt predvolá

a následne spíše zápisnicu. Oznámenie skutočností zistených pri daňovej kontrole na zistenie
oprávnenosti nároku na vrátenie nadmerného odpočtu alebo jeho časti za zdaňovacie obdobie január
2013 č. 9301402/5/1771751/2014/Bed zo dňa 07.05.2014 doručené žalobcovi v priebehu daňovej
kontroly nespĺňa požiadavky vyplývajúce z ustanovenia § 46 ods. 5 Daňového poriadku, ktoré
boli podrobnejšie vymedzené aj v judikovanom rozhodnutí Najvyššieho správneho súdu Slovenskej

republiky. Z obsahu tejto výzvy neplynie zreteľný a logický záver, že správca dane mal pochybnosti o
predložených dokladoch.

33. Ani poukázanie na § 45 ods. 1 písm. f) Daňového poriadku nemožno považovať za naplnenie účelu
§ 46 ods. 5 Daňového poriadku, ani alternatívu k povinnosti správcu dane oznámiť daňovému subjektu v

priebehu daňovej kontroly, resp. do ukončenia daňovej kontroly svoje pochybnosti a umožniť mu, aby sa
k týmto pochybnostiam vyjadril. Prejavenie pochybností pritom nemá byť samoúčelné, ale má upozorniť
daňový subjekt na presné okolnosti, ktorých spornosť správca dane zistil a práve tieto nejasnosti
majú spoločne, teda vo vzájomnej súčinnosti, odstrániť (neopomínajúc dôkazné bremeno daňového
subjektu). Výzva na odstránenie prezentovaných pochybností má potom skôr iba demonštratívne

inštruovať daňový subjekt akým najvhodnejším spôsobom tieto pochybnosti odstrániť (t.j. čo je sporné
a čo treba preukázať). Zároveň treba mať na pamäti, že je to predovšetkým daňový subjekt, ktorý
pozná okolnosti preverovaného plnenia najlepšie a sporné skutočnosti môže vedieť preukázať aj inými
tvrdeniami a dôkazmi, na ktoré správca dane vo výzve ani nepamätal. Nie je preto možné od neho
spravodlivo očakávať, že bude, tak povediac „slepo“, nasledovať výzvy správcu dane bez toho, aby mu

bolo oznámením náležite ozrejmené, za akým účelom sú mu tieto výzvy adresované. (pozri Rozsudok
Najvyššieho správneho súdu Slovenskej republiky sp. zn. 4Sžfk/31/2020 zo dňa 26.10.2022).

34. Pokiaľ v ďalšom konaní daňový subjekt v úzkej súčinnosti s orgánmi verejnej správy už neumožní
správcovi dane odstrániť vytýkané procesné pochybenia vo veci (nakoľko správca dane žalobcovi v

priebehu vyrubovacieho konania už pochybnosti oznámil a umožnil mu, aby ich vyvrátil s poukazom na
ust. § 3 ods. 2 Daňového poriadku, hoci účel ustanovenia § 46 ods. 5 Daňového poriadku naplnil až vo
vyrubovacomkonaní,ktorénemánahrádzaťdaňovúkontrolu),správnysúddodáva,ževzmyslezáverov
Rozsudku Najvyššieho správneho súdu Slovenskej republiky sp. zn. 4Sžfk/31/2020 zo dňa 26.10.2022
musí mať správca dane na pamäti, že sa má za to, že k prenosu dôkazného bremena na daňový subjekt

nedošlo a pochybenie správcu dane tak už počas vyrubovacieho konania pravdepodobne nebude
možné napraviť. V takom prípade bude potrebné v súčinnosti so žalovaným zvážiť opätovné vykonanie
daňovej kontroly podľa § 44 ods. 4 písm. c) Daňového poriadku. Keďže správny súd zistil v postupe
orgánov verejnej správy procesné nedostatky, ktoré bránili správnemu súdu preskúmať zákonnosť
rozhodnutí žalovaného i orgánu verejnej správy prvého stupňa v zmysle ostatných žalobných bodov

žalobcu, s týmito sa správny súd nevysporiadal, nakoľko by to bolo predčasné.
12 3Sf/10/2023

35. O trovách konania súd rozhodol v zmysle § 167 ods. 1 SSP a žalobcovi priznal voči žalovanému

právo na náhradu dôvodne vynaložených trov konania, pretože žalobca mal vo veci celkový úspech.
O výške náhrady trov konania rozhodne správny súd po právoplatnosti rozhodnutia, ktorým sa konanie
končí samostatným uznesením, ktoré vydá súdny úradník (§ 175 ods. 2 SSP).36. Toto rozhodnutie bolo prijaté senátom správneho súdu pomerom hlasov 3:0

Poučenie:

Doručený rozsudok je právoplatný (§ 145 ods. 1 SSP).

Proti tomuto rozsudku je prípustná kasačná sťažnosť (§ 438 ods. 1 SSP, § 439 ods. 1 SSP a § 439
ods. 3 SSP a contr.).
O kasačnej sťažnosti rozhoduje kasačný súd – Najvyšší správny súd Slovenskej republiky (§ 438 ods. 2
SSP). Kasačnú sťažnosť je potrebné podať na Správnom súde v Banskej Bystrici (§ 444 ods. 1 SSP) v
lehote jedného mesiaca od doručenia rozhodnutia oprávnenému subjektu (§ 443 ods. 1 SSP). Kasačná
sťažnosť podaná v listinnej podobe musí byť podaná v potrebnom počte vyhotovení (§ 56 ods. 3 SSP).

Podľa § 445 ods. 1, 2 SSP, (1) v kasačnej sťažnosti sa musí okrem všeobecných náležitostí podania
podľa § 57 uviesť
a) označenie napadnutého rozhodnutia,
b) údaj, kedy napadnuté rozhodnutie bolo sťažovateľovi doručené,
c) opísanie rozhodujúcich skutočností, aby bolo zrejmé, v akom rozsahu a z akých dôvodov podľa § 440

sa podáva (ďalej len "sťažnostné body"),
d) návrh výroku rozhodnutia (sťažnostný návrh).
(2) Sťažnostné body možno meniť len do uplynutia lehoty na podanie kasačnej sťažnosti.
Podľa § 449 ods. 1, 2 SSP, (1) sťažovateľ alebo opomenutý sťažovateľ musí byť v konaní o kasačnej
sťažnosti zastúpený advokátom. Kasačná sťažnosť a iné podania sťažovateľa alebo opomenutého

sťažovateľa musia byť spísané advokátom.
(2) Povinnosti podľa odseku 1 neplatia, ak
a) má sťažovateľ alebo opomenutý sťažovateľ, jeho zamestnanec alebo člen, ktorý za neho na
kasačnom súde koná alebo ho zastupuje, vysokoškolské právnické vzdelanie druhého stupňa,
b) ide o konania o správnej žalobe podľa § 6 ods. 2 písm. c) a d),

c) je žalovaným Centrum právnej pomoci.