Rozsudok – Žaloby proti právoplatným… ,
Iná povaha rozhodnutia Judgement was issued on Wednesday, May 15, 2025

Súd: Správny súd v Bratislave
Spisová značka: BA-1S/2/2022

Identifikačné číslo súdneho spisu: 1022200006
Dátum vydania rozhodnutia: 15. 05. 2025
Meno a priezvisko sudcu, VSÚ: JUDr. Vladimíra Slobodová, LL.M

ECLI: ECLI:SK:SpSBA:2025:1022200006.1

ROZSUDOK V MENE

SLOVENSKEJ REPUBLIKY

Správny súd v Bratislave v senáte zloženom z predsedníčky senátu JUDr. Vladimíry Slobodovej LL.M

a členov senátu JUDr. Davida Žáka a JUDr. Daniely Uhríkovej v právnej veci žalobcu: Bayerische
Motoren Werke Aktiengesellschaft, Petuelring 130, 80 809 München, Nemecko, DIČ: XXXXXXXXXX,
identifikačné číslo pre daň z pridanej hodnoty: A., zastúpený advokátskou kanceláriou KPMG Legal
s.r.o., so sídlom: Dvořákovo nábrežie 10, 811 02 Bratislava, IČO: 47 23 8 623 proti žalovanému: Daňový
úrad Bratislava, Ševčenkova 32, 850 00 Bratislava, o preskúmanie zákonnosti oznámenia (opatrenia)
žalovaného č. 102034088/2021 zo dňa 27.10.2021 takto

r o z h o d o l :

I. Správny súd oznámenie žalovaného Daňového úradu Bratislava č. 102034088/2021 zo dňa

27.10.2021 zrušuje a vec mu vracia na ďalšie konanie.

II. Žalobcovi súd priznáva voči žalovanému právo na úplnú náhradu trov konania.

o d ô v o d n e n i e :

I.
Priebeh administratívneho konania

1. Daňový úrad Bratislava (ďalej aj „žalovaný“ alebo „daňový úrad“) vydal dňa 15.7.2021 podľa § 46 ods.
2 zákona č. 563/2009 Z. z. o správe daní (daňový poriadok) a o zmene a doplnení niektorých zákonov

v znení neskorších predpisov (ďalej len „daňový poriadok“) Oznámenie o daňovej kontrole na zistenie
oprávnenosti nároku na vrátenie nadmerného odpočtu alebo jeho časti č. 101235073/2021 (ďalej aj
„Oznámenie o kontrole“). V Oznámení o kontrole uviedol deň začatia výkonu daňovej kontroly u žalobcu
21.07.2021, jej zameranie (zistenie oprávnenosti nároku na vrátenie nadmerného odpočtu alebo jeho
časti za zdaňovacie obdobie apríl 2021), miesto výkonu daňovej kontroly, a zároveň požiadal žalobcu o
súčinnosť v zmysle § 46 ods. 2 daňového poriadku, poučil ho o následkoch nesplnenia povinnosti podľa
§ 79 ods. 6 zákona č. 222/2004 Z. z. o dani z pridanej hodnoty v znení neskorších predpisov (ďalej len

„zákon o DPH“) a § 154 ods. 1 písm. j), § 155 ods. 1 písm. e) daňového poriadku. Zásielku s Oznámením
o kontrole si zástupca žalobcu prevzal dňa 22.7.2021. Pred vydaním predmetného oznámenia o kontrole
žalobca podal dňa 13.05.2021 daňové priznanie pre DPH za zdaňovacie obdobie apríl 2021, ktorým si
uplatnil nárok na nadmerný odpočet v sume XXX XXX,XX eur.

2. Žalovaný vydal dňa 26.08.2021 podľa § 45 ods. 2 písm. d) Daňového poriadku výzvu na predloženie
dokladov č. 101582308/2021 (ďalej aj „výzva“), v ktorej vyzval žalobcu v lehote 8 dní od jej doručenia

predložiť účtovné a iné doklady preukazujúce hospodárske operácie a účtovné prípady, evidencie
a záznamy určené žalovaným, ktorých zoznam bol k výzve pripojený. Zároveň žalobcu požiadal o
súčinnosť a poučil ho o následkoch nesplnenia povinnosti s odkazom na § 154 ods. 1 písm. j), § 155
ods. 1 písm. e) daňového poriadku. Výzvu si zástupca žalobcu prevzal dňa 02.09.2021.3. Dňa 14.09.2021 telefonicky kontaktovala správcu dane zamestnankyňa spoločnosti KPMG Global
Services Hungary Kft ako splnomocnený zástupca žalobcu s tým, že doklady k daňovej kontrole

predložia, až keď ich budú mať k dispozícii od daňového subjektu. Žalovaný vydal dňa 27.10.2021
Oznámenie č. 102034088/2021 (ďalej aj „napadnuté opatrenie“), ktorým žalobcovi oznámil, že dňa
21.10.2021 mu podľa § 79 ods. 6 zákona o DPH zanikol nárok na vrátenie nadmerného odpočtu za
zdaňovacie obdobie apríl 2021 s poukazom na to, že žalobca ako daňový subjekt neumožnil vykonanie
daňovej kontroly do troch mesiacov odo dňa jej začatia, konkrétne tým, že nepredložil požadované

doklady. Zároveň žalobcovi oznámil, že daňová kontrola na zistenie oprávnenosti nároku na vrátenie
nadmerného odpočtu alebo jeho časti bola ukončená podľa § 46 ods. 9 písm. c) daňového poriadku,
teda dňom zániku nároku na vrátenie nadmerného odpočtu. Žalobca zásielku prevzal dňa 04.11.2021.

II.
Žaloba

4. Správnou žalobou podanou dňa 03.01.2022 v zákonom stanovenej lehote na Krajský súd v
Bratislave (ďalej len „správny súd“ alebo „súd“) sa žalobca domáhal preskúmania zákonnosti a zrušenia
napadnutého oznámenia (opatrenia) z dôvodu, že napadnuté opatrenie a postup žalovaného sú
nezákonné. Žalobné dôvody vymedzil podľa § 191 ods. 1 písm. c), d), g) zákona č. 162/2015 Z. z.

Správny súdny poriadok v znení neskorších predpisov (ďalej len „SSP“).

5. Žalobca namietal postup žalovaného, lebo rozhodol o zániku nároku na vrátenie DPH oznámením
a nevyplatením nadmerného odpočtu DPH ho ukrátil na jeho právach. Daňové priznanie pre DPH
za zdaňovacie obdobie apríl 2021 podal dňa 13.05.2021, ktorým si uplatnil nárok na nadmerný odpočet

v sume XXX XXX,XX eur. Žalovaný mu oznámil listom z 15.07.2021 začatie daňovej kontroly ku dňu
21.07.2021. Výzvou z 26.08.2021 ho vyzval predložiť konkrétne uvedené doklady k výkonu daňovej
kontroly, ktorá výzva bola doručená zástupcovi žalobcu, spoločnosti Ernst & Young, s.r.o., Žižkova
9, Bratislava. Žalovaný mu oznámil listom zo dňa 27.10.2021 zánik nároku na vrátenie nadmerného
odpočtu k 21.10.2021 z dôvodu neumožnenia vykonať daňovú kontrolu podľa § 79 ods. 6 zákona o DPH

6. Žalobca namieta nesprávne právne posúdenie veci (§ 191 ods. 1 písm. c) SSP) z dôvodu, že žalovaný
nesprávne aplikoval § 79 ods. 6 zákona DPH. Správne mal aplikovať § 79 ods. 2 zákona o DPH, lebo
splnil podmienky dané týmto ustanovením. Žalobca namieta postup žalovaného, ktorý v oznámení
rozhodol o zániku jeho nároku na vrátenie nadmerného odpočtu DPH, lebo mu nebolo umožnené

v lehote do 21.10.2021 vykonať daňovú kontrolu, pritom uplynutím 30 dňovej lehoty ( od podania
daňového priznania) na začatie konania už zaniklo žalovanému právo začať daňovú kontrolu, preto
bol aj žalovaný povinný vyplatiť mu nadmerný odpočet do 24.06.2021. Žalobca poukázal na fakt, že
daňová kontrola začala až 21.07.2021 na základe oznámenia z 15.07.2021, preto žalovaný už nemal
právo rozhodovať o nevyplatení nadmerného odpočtu podľa § 79 ods. 6 posledná veta zákona o DPH.

Žalovaný mal k dispozícii podklady, z ktorých vyplýva jeho nárok na vrátenie nadmerného odpočtu a bol
povinný na ne prihliadať.

7. Žalobca namieta nepreskúmateľnosť Oznámenia zo dňa 27.10.2021 pre absenciu riadneho
odôvodnenia (§ 191 ods. 1 písm. d) SSP). Text oznámenia neobsahuje konkrétne skutočnosti

preukazujúce neumožnenie vykonať daňovú kontrolu. V oznámení mu absentovali aj podstatné
okolnosti, najmä ktoré informácie mal žalovaný v čase rozhodnutia k dispozícii, z čoho žalovaný
vychádzal a hodnotil dôkazy, ktorým konaní žalobca neumožnil výkon daňovej kontroly, či boli žalobcovi
skutočne doručené výzvy žalovaného. Bez uvedenia dôvodu v oznámení nemožno posúdiť dodržanie
ochrany jeho záujmov. Nepredloženie dokladov uvedených vo výzve nepovažuje za nesplnenie

povinnosti podľa § 45 ods. 2 daňového poriadku. Namieta nesúlad § 79 ods. 6 posledná veta zákona
o DPH so Smernicou Rady 2006/112/ES o spoločnom systéme DPH, lebo narúša zásadu neutrality
zdanenia.

8. Žalobca ďalej namieta podstatné porušenie ustanovení o konaní (§ 191 ods. 1 písm. g) SSP),

konkrétne zásady zákonnosti (§ 3 ods. 1 daňového poriadku) a zásady o úzkej spolupráci (§ 3 ods. 8
daňového poriadku). Žalovaný mu až po uplynutí zákonnej lehoty na vrátenie nadmerného odpočtu
podľa § 79 ods. 2 zákona o DPH oznámil listom zo dňa 15.07.2021 začatie daňovej kontroly a až
následne výzvou z 26.08.2021 žiadal doplniť podklady k daňovej kontrole. Žalobca očakával vyplatenienadmerného odpočtu v zákonnej 30 dňovej lehote, do 24.06.2021. Ďalej namieta, že žalovaný bol
povinný žiadať informácie priamo od neho a nie od spoločnosti Ernst & a Young, s.r.o. ako tretej osoby.

III.
Vyjadrenie žalovaného

9. Žalovaný v písomnom vyjadrení navrhol žalobu zamietnuť a žalobcovi nepriznať trovy konania.
Žalobca podal daňové priznanie k DPH za zdaňovacie obdobie apríl 2021 dňa 21.05.2021, v ktorom

deklaroval nadmerný odpočet v sume XXX.XXX,XX eur a dňa 23.06.2021 podal daňové priznanie k
DPH za zdaňovacie obdobie máj 2021, v ktorom deklaroval nadmerný odpočet v sume XX.XXX,XX
eur. Podaním daňového priznania k dani z pridanej hodnoty za zdaňovacie obdobie máj 2021 začala
plynúť základná 30-dňová lehota na vrátenie nadmerného odpočtu za zdaňovacie obdobie apríl 2021,
posledným dňom lehoty na vyplatenie nadmerného odpočtu za zdaňovacie obdobie apríl 2021 bol
deň 23.07.2021. Oznámením o daňovej kontrole č. 101235073/2021 zo dňa 15.07.2021 bola začatá

dňom 21.07.2021 daňová kontrola na zistenie oprávnenosti nároku na vrátenie nadmerného odpočtu
alebo jeho časti za zdaňovacie obdobie apríl 2021 podľa § 46 ods. 2 daňového poriadku. Predmetné
oznámeniebolodoručenésplnomocnenémuzástupcovižalobcu(Ernst&Young,s.r.o.)dňa22.07.2021,
bola v ňom určená lehota pre žalobcu na doručenie dokladov s poučením o následkoch nepredloženia
listín, žalobca nedoložil žiadne doklady. Žalovaný zaslal žalobcovi výzvu na predloženie dokladov

zo dňa 26.08.2021, ktorú žalobca prevzal dňa 02.09.2021, ale povinnosť si v zmysle § 45 ods. 2
písm. d) daňového poriadku nesplnil, doklady nepredložil. Dňa 14.09.2021 ho telefonicky kontaktoval
zamestnanec spoločnosti KPMG Global Services Hungary Kft. oznámiac, že je splnomocneným
zástupcom žalobcu a že predloží požadované doklady hneď po ich obdržaní od daňového subjektu, ale
doklady predložené neboli.

10. Daňová kontrola začala v zákonnej 30-dňovej lehote od podania daňového priznania za zdaňovacie
obdobie nasledujúce po zdaňovacom období, v ktorom nadmerný odpočet vznikol, t.j. do 23.07.2021.
Žalovaný postupoval v súlade so všeobecne záväznými právnymi predpismi a dodržal zásadu
zákonnosti podľa § 3 ods. 1 Daňového poriadku. Žalovaný trval na tom, že žalobcovi zanikol nárok na
vrátenie nadmerného odpočtu za zdaňovacie obdobie apríl 2021 dňom 21.10.2021 podľa § 79 ods. 6

zákona o DPH a § 46 ods. 9 písm. c) daňového poriadku, lebo mu neumožnil vykonať daňovú kontrolu
nepredložením žiadnych dokladov a žalobcovi to oznámil listom č. 102034088/2021 zo dňa 27.10.2021.
Poukázal na to, že ak platiteľ spĺňa podmienky na vrátenie nadmerného odpočtu do 30 dní od uplynutia
lehotynapodaniedaňovéhopriznaniazazdaňovacieobdobie,vktoromnadmernýodpočetvznikolpodľa
§ 79 ods. 2 zákona o DPH, tak má postupovať podľa bodu 7 poučenia na vyplnenie daňového priznania k

DPH (Oznámenie Ministerstva financií Slovenskej republiky č. MF/011136/2021-731 o vydaní poučenia
na vyplnenie daňového priznania k dani z pridanej hodnoty, vzor č. MF/017342/2020-731) a vyznačí túto
skutočnosť na druhej strane tlačiva v texte k riadku 33 daňového priznania. Žalobca túto skutočnosť
nevyznačil v zmysle § 79 ods. 3 zákona o DPH v daňovom priznaní za zdaňovacie obdobie apríl 2021,
preto neexistoval dôvod na vrátenie nadmerného odpočtu podľa § 79 ods. 2 zákona o DPH a postup bol

podľa bežného režimu v zmysle § 79 ods. 1 zákona o DPH. Vydaním Oznámenia č. 102034088/2021
zo dňa 27.10.2021 o zániku nároku na vrátenie nadmerného odpočtu žalovaný len oznámil žalobcovi
vznik právnej skutočnosti zo zákona ( § 79 ods. 6 daňového poriadku).
11. Žalobca sa v rozsahu udeleného plnomocenstva nechal zastupovať spoločnosťou Ernst & Young, s.
r. o., Žižkova 9, 811 02 Bratislava, IČO: 35 839 121, ktorá bola oprávnená aj na prijímanie písomností. Z

tohto dôvodu žalovaný zasielal písomnosti splnomocnenému zástupcovi, ktoré mu boli na adresu sídla
riadne doručené. Žalovaný popiera námietku žalobcu, že v napadnutom oznámení (opatrení) absentuje
odôvodnenie neumožnenia vykonania daňovej kontroly, lebo on popísal celý skutkový stav veci a
uviedol relevantné odôvodnenie. Žalobca nepredložil žiadne doklady k vykonaniu daňovej kontroly, preto
žalovaný nemohol uplatniť inštitút dokazovania, daňová kontrola nemohla byť vykonaná iba na základe

podaného daňového podania a súhrnného výkazu. Žalovaný sa odvolal na zásadu „vigilantibus iura
scripta sunt" (práva patria len bdelým).
IV.
Replika žalobcu

12. Žalobca v replike zotrval na žalobe v celom rozsahu, lebo mu vznikol nárok na vrátenie nadmerného
odpočtu. 30 dňová skrátená lehota na vyplatenie nadmerného odpočtu DPH začala plynúť už dňa
13.5.2021 podaním daňového priznania podľa § 79 ods. 2 zákona o DPH, nie podľa § 79 ods. 3
citovaného zákona, skončila dňa 24.06.2021. Žalovaný nemal aplikovať § 79 ods. 6 zákona o DPH,lebo uplynutím 30 dňovej lehoty zaniklo žalovanému právo začať daňovú kontrolu. Tvrdenia žalovaného
hodnotí ako nepravdivé. Zotrval na tom, že napadnuté rozhodnutie nie je dostatočne odôvodnené
v zmysle § 63 ods. 5 druhej vety daňového poriadku, lebo žalovaný v napadnutom rozhodnutí neobjasnil,

prečo nepovažoval za dostatočné splnenie podmienok na vyplatenie nadmerného odpočtu DPH v
skrátenej lehote podľa § 79 ods. 2 Zákona o DPH. Žalobca nesúhlasí s postupom žalovaného, že mu
len oznámil zánik jeho nároku na vrátenie nadmerného odpočtu DPH.

V.

Duplika žalovaného

13. Žalovaný zotrval na svojom oznámení i vyjadrení k správnej žalobe. Podmienky na vrátenie
nadmerného odpočtu v skrátenej lehote sú síce uvedené v § 79 ods. 2 zákona o DPH, ale ďalej v §
79 ods. 3 je uvedené, že ak platiteľ spĺňa podmienky podľa ods. 2, musí túto skutočnosť vyznačiť v
daňovom priznaní. Ak tak platiteľ dane neurobí, má sa za to, že podmienky podľa § 79 ods. 2 zákona o

DPH nie sú splnené. V prípade zdaňovacieho obdobia apríl 2021 uplatnil žalobca bežný režim vrátenia
nadmerného odpočtu v zákonnej základnej lehote podľa § 79 ods. 1 zákona o DPH a 30-dňová lehota
začala plynúť po podaní daňového priznania za nasledujúce zdaňovacie obdobie, t. j. máj 2021, lebo
platiteľ dane v daňovom priznaní nevyznačil splnenie podmienky podľa § 79 ods. 2 citovaného zákona.

VI.
Ďalšie vyjadrenie žalobcu

14. Žalobca vo vyjadrení zo dňa 27.9.2023 reagoval na dupliku žalovaného zopakujúc svoje vyjadrenie
zo žaloby. Žalovaný predčasne ukončil daňovú kontrolu, pritom zákon určuje lehotu 1 rok na jej

vykonanie. Namieta porušenie zásady neutrality. Sankcia pozostávajúca z odmietnutia práva na
odpočítanie nie je v súlade so šiestou smernicou v prípade, že sa nepreukázal žiadny podvod ani dosah
na štátny rozpočet (rozsudok Súdneho dvora Európskej únie zo 17.07.2014 vo veci C-272/13, rozsudky
vo veci Sosnowska, C-25/07, EU:C:2008:395, body 23 a 24, ako aj vo veci EMS-Bulgaria Transport,
EU:C:2012:458, body 68 a 70). Poukázal na to, že žalovaný vo svojich vyjadreniach v súdnom konaní

použil nové tvrdenia, ktoré neboli podkladom napadnutého rozhodnutia ani obsiahnuté v jeho obsahu.
Žalovaný až vo vyjadreniach k žalobe dostatočne upresnil dôvody vydania napadnutého oznámenia, na
ktoré však nemôže súd prihliadať (rozsudok Najvyššieho súdu SR sp. zn. 5Sž 85/95).

VII.

15. Podľa § 3 ods. 1, 3 písm. b) zákona č. 151/2022 Z.z. o zriadení správnych súdov a o zmene a
doplnení niektorých zákonov, začal s účinnosťou od 1. júna 2023 vykonávať svoju činnosť Správny
súd v Bratislave (ďalej len „súd“, „správny súd“), na ktorý prešiel od 1. júna 2023 výkon súdnictva
v správnej agende z Krajského súdu v Bratislave, Krajského súdu v Trnave a Krajského súdu v Nitre.

Pred Správnym súdom v Bratislave je prejednávaná vec vedená pod sp. zn. BA-1S/2/2022. V súlade
s platným a účinným rozvrhom práce správneho súdu bola vec v zmysle § 51 ods. 1 zákona č. 757/2004
Z.z. o súdoch náhodným výberom pomocou technických prostriedkov a programových prostriedkov
schválených Ministerstvom spravodlivosti pridelená do senátu 3S správneho súdu.

VIII.
Relevantná právna úprava

16. Podľa § 493e zákona č. 162/2015 Z. z. Správny súdny poriadok v znení neskorších predpisov ( ďalej
len „SSP“), konania začaté a neskončené do 30. júna 2023 sa dokončia podľa tohto zákona v znení

účinnom do 30. júna 2023; ustanovenie § 493f tým nie je dotknuté.

17. Podľa § 2 ods. 1 SSP v správnom súdnictve poskytuje správny súd ochranu právam alebo právom
chráneným záujmom fyzickej osoby a právnickej osoby v oblasti verejnej správy a rozhoduje v ďalších
veciach ustanovených týmto zákonom.

18. Podľa§6ods.1SSPsprávnesúdyvsprávnomsúdnictvepreskúmavajúnazákladežalôbzákonnosť
rozhodnutí orgánov verejnej správy, opatrení orgánov verejnej správy a iných zásahov orgánov verejnejsprávy, poskytujú ochranu pred nečinnosťou orgánov verejnej správy a rozhodujú v ďalších veciach
ustanovených týmto zákonom.

19. Podľa § 3 ods. 1 písm. c) SSP na účely tohto zákona sa rozumie opatrením orgánu verejnej správy
správny akt vydaný orgánom verejnej správy v administratívnom konaní, ktorým sú alebo môžu byť
práva, právom chránené záujmy alebo povinnosti fyzickej osoby a právnickej osoby priamo dotknuté.

20. Podľa § 177 ods. 1 SSP, správnou žalobou sa žalobca môže domáhať ochrany svojich subjektívnych

práv proti rozhodnutiu orgánu verejnej správy alebo opatreniu orgánu verejnej správy.

21. Úlohou súdu v rámci preskúmania zákonnosti rozhodnutia a postupu správneho orgánu podľa SSP
je posudzovať, či správny orgán vecne príslušný na konanie si zadovážil dostatok skutkových podkladov
pre vydanie rozhodnutia, či zistil vo veci skutočný stav, či konal v súčinnosti s účastníkmi konania, či
rozhodnutie bolo vydané v súlade so zákonmi a inými právnymi predpismi a či obsahovalo zákonom

predpísané náležitosti, teda či rozhodnutie správneho orgánu bolo vydané v súlade s hmotnoprávnymi
ako aj s procesnoprávnymi predpismi. Zákonnosť rozhodnutia správneho orgánu je podmienená
zákonnosťou postupu správneho orgánu predchádzajúcemu vydaniu napadnutého rozhodnutia. V
rámci správneho prieskumu súd teda skúma aj procesné pochybenia správneho orgánu namietané v
žalobe, či uvedené procesné pochybenie správneho orgánu je takou vadou konania pred správnym

orgánom,ktorámohlamaťvplyvnazákonnosťnapadnutéhorozhodnutia.Súdpreskúmavaajzákonnosť
postupu správneho orgánu, ktorým sa vo všeobecnosti rozumie aktívna činnosť správneho orgánu
podľa procesných a hmotnoprávnych noriem, ktorou realizuje právomoc stanovenú zákonmi. V zákonom
predpísanom postupe je správny orgán oprávnený a súčasne aj povinný vykonať úkony v priebehu
konania a ukončiť ho vydaním rozhodnutia, ktoré má zákonom predpísané náležitosti, ak sa na takéto

konanie vzťahuje zákon o správnom konaní.

22. Podľa § 79 ods. 1 veta prvá zákona o DPH ak v zdaňovacom období vznikne platiteľovi
nadmerný odpočet, odpočíta platiteľ nadmerný odpočet od vlastnej daňovej povinnosti v nasledujúcom
zdaňovacom období s výnimkou podľa odseku 2.

23. Podľa § 79 ods. 2 zákona o DPH daňový úrad vráti nadmerný odpočet do 30 dní od uplynutia lehoty
na podanie daňového priznania za zdaňovacie obdobie, v ktorom nadmerný odpočet vznikol, ak: a)
zdaňovacím obdobím platiteľa je kalendárny mesiac, b) platiteľ bol platiteľom najmenej 12 kalendárnych
mesiacov pred skončením kalendárneho mesiaca, v ktorom nadmerný odpočet vznikol, a c) platiteľ

nemal v období 6 kalendárnych mesiacov pred skončením kalendárneho mesiaca, v ktorom nadmerný
odpočet vznikol, daňové nedoplatky a colné nedoplatky voči daňovému úradu a colnému úradu a
nedoplatky na povinných odvodoch poistného podľa osobitných predpisov 29b) v súhrne viac ako 1 000
eur.

24. Podľa § 79 ods. 3 zákona o DPH platiteľ, ktorý spĺňa podmienky podľa odseku 2, vyznačí túto
skutočnosť v daňovom priznaní za zdaňovacie obdobie, v ktorom nadmerný odpočet vznikol.

25. Podľa § 79 ods. 6 zákona o DPH ak daňový úrad v lehote na vrátenie nadmerného odpočtu
podľa odseku 1, 2 alebo odseku 5 začne daňovú kontrolu, vráti nadmerný odpočet do desiatich dní

od skončenia daňovej kontroly, a to vo výške zistenej daňovým úradom; ak bola časť nadmerného
odpočtu vrátená podľa odseku 7, vráti daňový úrad rozdiel medzi nadmerným odpočtom vo výške
zistenej daňovým úradom a nadmerným odpočtom vráteným podľa odseku 7. Ak po vrátení nadmerného
odpočtu vznikne kladný rozdiel medzi nadmerným odpočtom uvedeným v právoplatnom rozhodnutí
a vráteným nadmerným odpočtom podľa prvej vety, vráti daňový úrad tento rozdiel do desiatich dní

odo dňa nadobudnutia právoplatnosti rozhodnutia. Ak daňový úrad daňovou kontrolou, ktorú začal v
lehote na vrátenie nadmerného odpočtu podľa odseku 1, 2 alebo odseku 5, nezistí nadmerný odpočet a
právoplatným rozhodnutím sa prizná nadmerný odpočet, vráti daňový úrad nadmerný odpočet uvedený
v právoplatnom rozhodnutí do desiatich dní odo dňa nadobudnutia právoplatnosti rozhodnutia. Ak
platiteľ neumožní vykonanie daňovej kontroly do troch mesiacov odo dňa jej začatia, nárok na vrátenie

nadmerného odpočtu zaniká posledným dňom tretieho mesiaca a to vo výške, v akej jeho vznik bol
uplatnený v daňovom priznaní alebo dodatočnom daňovom priznaní.26. Podľa § 3 ods. 1 daňového poriadku, pri správe daní sa postupuje podľa všeobecne záväzných
právnych predpisov, chránia sa záujmy štátu a obcí a dbá sa pritom na zachovávanie práv a právom
chránených záujmov daňových subjektov a iných osôb.

27. Podľa § 3 ods. 2 daňového poriadku správca dane postupuje pri správe daní v úzkej súčinnosti s
daňovýmsubjektomainýmiosobamiaposkytujeimpoučenieoichprocesnýchprávachapovinnostiach,
ak tak ustanoví tento zákon. Správca dane je povinný zaoberať sa každou vecou, ktorá je predmetom
správy daní, vybaviť ju bezodkladne a bez zbytočných prieťahov a použiť najvhodnejšie prostriedky,

ktoré vedú k správnemu určeniu a vyrubeniu dane.
28. Podľa § 46 ods. 2 veta prvá daňového poriadku ak sa vykonáva daňová kontrola na zistenie
oprávnenosti nároku na vrátenie nadmerného odpočtu alebo jeho časti, daňová kontrola je začatá v deň
spísania zápisnice o začatí daňovej kontroly alebo v deň uvedený v oznámení o daňovej kontrole.

29. Podľa § 45 ods. 2 písm. d) daňového poriadku kontrolovaný daňový subjekt má vo vzťahu k

zamestnancovi správcu dane tieto povinnosti: d) predkladať v priebehu daňovej kontroly záznamy,
ktorých vedenie ukladá osobitný predpis, a iné doklady, ktoré preukazujú hospodárske operácie a
účtovné prípady, vo forme požadovanej správcom dane, ak ich v tejto požadovanej forme vedie, vrátane
evidencie a záznamov, ktorých vedenie bolo správcom dane uložené, a podávať k nim ústne alebo
písomné vysvetlenia.

30. Podľa § 46 ods. 9 písm. c) daňového poriadku daňová kontrola je ukončená dňom: c) zániku nároku
na vrátenie nadmerného odpočtu podľa osobitného prepisu.

IX.

Právne posúdenie veci správnym súdom

31. Správny súd ako súd vecne a miestne príslušný na konanie vo veci podľa § 10, § 13 ods. 1
SSP a § 3 ods. 3 písm. b) zákona č. 151/2022 Z. z. preskúmal v rámci žalobných bodov napadnuté
opatrenie žalovaného vrátane konania, ktoré predchádzalo jeho vydaniu. Správny súd po oboznámení

sa s obsahom súdneho spisu a administratívneho spisu preskúmal napadnuté rozhodnutia v rozsahu
uplatnenýchžalobnýchbodov(§134ods.1SSP),akoajpriebehadministratívnehokonaniavychádzajúc
zo stavu, ktorý existoval v čase napadnutého oznámenia (§ 135 ods. 1 SSP v spojení s § 493e SSP),
za splnenia procesných podmienok (§ 107 ods. 1 písm. a) SSP) vec prejednal na pojednávaní dňa 15.
mája2025 a dospel k záveru, že žaloba je dôvodná a napadnuté oznámenie (opatrenie) je potrebné

zrušiť podľa § 191 ods. 1 písm. d) SSP.
32. Predmetom tohto konania je posúdenie zákonnosti napadnutého opatrenia a postupu žalovaného
daňového úradu, ktorým žalovaný v zmysle § 79 ods. 6 zákona o DPH dospel k záveru, že žalobcovi
zanikol nárok na vrátenie nadmerného odpočtu DPH, a to z dôvodu neumožnenia vykonania daňovej
kontroly žalobcom do troch mesiacov od jej začatia, lebo na jeho výzvu nepredložil daňová subjekt

požadované doklady.
33. Z predloženého obsahu administratívneho spisu žalovaného správny súd zistil, žalobca podal dňa
13.05.2021 daňové priznanie pre DPH za zdaňovacie obdobie apríl 2021, ktorým si uplatnil nárok
na nadmerný odpočet v sume XXX XXX,XX eur. Žalovaný oznámil žalobcovi začatie daňovej kontroly
na zistenie oprávnenosti nároku na vrátenie nadmerného odpočtu alebo jeho časti so začiatkom

dňa 21.07.2021 výzvou zo dňa 26.08.2021vyzval na predloženie dokladov v presne uvedenej lehote
spoučenímonásledkochnesplneniapovinnostisodkazomna§154ods.1písm.j),§155ods.1písm.e)
daňového poriadku, ktorú výzvu prevzal zástupca žalobcu dňa 02.09.2021. Žalovaný oznámil žalobcovi
oznámením č. 102034088/2021 zo dňa 27.10.2021, že mu zanikol nárok na vrátenie nadmerného
odpočtu za zdaňovacie obdobie apríl 2021 podľa § 79 ods. 6 zákona o DPH dňa 21.10.2021, ale

nevyporiadal sa s tým, prečo nezvolil postup podľa § 79 ods. 2 zákona o DPH.
34. Správny súd sa v predmetnej veci v prvom rade zaoberal otázkou prípustnosti prieskumu
napadnutého opatrenia v správnom súdnom konaní a dospel k záveru, že postupom daňového úradu
a následne ním vydaným opatrením došlo k odňatiu práva žalobcu na priznanie nadmerného odpočtu,
teda došlo k priamemu zásahu do práv žalobcu zásadným spôsobom, preto napadnuté opatrenie

spĺňa zákonom stanovené definičné znaky podľa § 3 ods. 1 písm. c) SSP a je preskúmateľné v
správnom súdnom konaní. V systéme správneho súdnictva je právo na prístup k súdnemu preskúmaniu
právoplatného rozhodnutia orgánu verejnej správy na základy žaloby determinované princípom
generálnej klauzuly s negatívnou enumeráciou, z ktorého vyplýva, že súdy v zásade preskúmavajúvšetky rozhodnutia alebo opatrenia orgánov verejnej správy, ktorými sa zakladajú, menia alebo rušia
oprávnenia a povinnosti fyzických alebo právnických osôb alebo ktorými môžu byť práva, právom
chránené záujmy alebo povinnosti fyzických osôb alebo právnických osôb priamo dotknuté, okrem

tých, ktoré zákon výslovne z prieskumu vylučuje (§ 7 SSP). Pre účely posúdenia prípustnosti súdneho
preskúmania nie je rozhodujúce, ako je rozhodnutie alebo opatrenia správneho orgánu označené, alebo
či obsahuje zákonom predpísané formálne náležitosti.
35. Napadnuté oznámenie (opatrenie) správneho orgánu nepochybne obsahuje konečnú informáciu
o tom, že mu dňa 21.10.2021 zanikol nárok na vrátenie nadmerného odpočtu alebo jeho časti za

zdaňovacie obdobie apríl 2021, pretože podľa žalovaného žalobca neumožnil vykonať daňovú kontrolu
podľa § 79 ods. 6zákona o DPH, daňová kontrola bola ukončená podľa § 46 ods. 9 písm. c) daňového
poriadku. Napriek tomu, že toto opatrenia je reakciou žalovaného na žalobcom podané daňové priznanie
za zdaňovacie obdobie apríl 2021, možno ho považovať za správny akt orgánu verejnej správy, ktorý je
rozhodnutím o právach, povinnostiach a právom chránených záujmoch žalobcu v súvislosti s daňovým
priznaním pre DPH za zdaňovacie obdobie apríl 2021, podaným dňa 13.05.2021, ktorým si uplatnil

nárok na nadmerný odpočet v sume 239 476,54 eur a daňový úrad ho nevrátil v lehote v zmysle § 79
ods. 2 zákona o DPH. Je zrejmé, že žalovaný považoval vydaním tohto oznámenia (opatrenia) otázku
uplatneného nároku na nadmerný odpočet za uzavretú, bez možnosti ich napadnutia riadnym opravným
prostriedkom.
36. Námietku napádajúcu nepreskúmateľnosť napadnutého oznámenia (opatrenia) žalovaného pre

nedostatok odôvodnenia vyhodnotil správny súd ako dôvodnú, nakoľko z jeho odôvodnenia nevyplýva,
akým spôsobom sa daňový úrad vysporiadal s otázkou nevrátenia uplatneného nadmerného odpočtu
vlehotepodľa§79ods.2zákonaoDPH.Tátootázkamápritomzásadnýdopadnaposúdenieexistencie
dôvodov pre aplikáciu ustanovenia § 79 ods. 6 zákona o DPH, ktoré pre zánik nároku na vrátenie
nadmerného odpočtu DPH predpokladá, že daňový subjekt neumožní vykonanie daňovej kontroly do

troch mesiacov odo dňa jej začatia.
37. Z ustanovenia § 79 zákona o DPH vyplýva, že ak platiteľovi vznikne v zdaňovacom období nadmerný
odpočet a platiteľ ho nemôže odpočítať od vlastnej daňovej povinnosti v nasledujúcom zdaňovacom
období, vráti daňový úrad neodpočítaný nadmerný odpočet alebo jeho neodpočítanú časť do 30 dní
od podania daňového priznania za zdaňovacie obdobie nasledujúce po zdaňovacom období, v ktorom

nadmerný odpočet vznikol. Z tohto pravidla platí výnimka, podľa ktorej daňový úrad vráti daňový odpočet
už do 30 dní od uplynutia lehoty na podanie daňového priznania za zdaňovacie obdobie, v ktorom
nadmerný odpočet vznikol, ak je zdaňovacím obdobím platiteľa kalendárny mesiac a ak sú splnené
ostatné zákonné podmienky (§ 79 ods. 2 písm. b/, písm. c/ cit. zákona).
38. Nepreskúmateľnosť je jednou z najzávažnejších vád, ktorými môže byť správny akt vydaný

v ktoromkoľvek administratívnom konaní zaťažený, pretože táto vada nielenže znemožňuje zistiť
účastníkom konania dôvody, pre ktoré bol správny akt vydaný, a následné uplatniť možnosť sa proti
jeho dôvodom brániť, ale znemožňuje i jeho prieskum správnym súdom a porušuje princíp právnej
istoty a legitímnych očakávaní účastníkov konania. Za nepreskúmateľné sa považuje najmä také
rozhodnutie alebo opatrenie, ktoré je nezrozumiteľné, teda nejasné alebo protirečivé, alebo také,

z ktorého nie je možné jednoznačne zistiť dôvody, ktoré k nemu viedli, resp. úvahy, ktorými sa
administratívny orgán pri formovaní záverov v ňom vyjadrených riadil. Najvyšší správny súd Slovenskej
republiky sa v rámci svojej rozhodovacej praxe už vyjadril ku kvalite rozhodnutí orgánov verejnej
správy, keď vyslovil, že je potrebné, aby orgán verejnej správy „náležite dbal na dostatočné, jasné,
zrozumiteľné, presvedčivé a úplné zdôvodnenie, ako aj uvedenie konkrétnych odborných argumentov,

na ktorých sa rozhodnutie zakladá. Je vecou správnych orgánov dbať o to, aby ich rozhodnutia boli po
obsahovej stránke náležite vyčerpávajúce a predstavovali relevantný podklad pre vyvodenie právnych
záverov samotného správneho orgánu....Úlohou súdu v správnom súdnictve nie je nahrádzať činnosť
správnych orgánov, ale preskúmavať zákonnosť ich rozhodnutí, teda posúdiť, či správne orgány splnili
povinnosti stanovené zákonom. Nedostatky odôvodnenia preskúmavaného rozhodnutia nemôžu byť

konvalidovanéaniprípadnýmdodatočnýmvysvetlením,resp.doplňujúcimvyjadrenímsprávnehoorgánu
(prípadne vysvetlením prijatých záverov napr. vo vyjadrení k správnej žalobe) a ani súdu neprislúcha
spôsobompresahujúcimakceptovateľnúmierudopĺňať,resp.absentujúceargumentysprávnehoorgánu
nahrádzať svojimi úvahami a vyvodzovať z nich závery, ku ktorým mal dospieť správny orgán, ktorého
postup a úvahy mali byť obsahom odôvodnenia jeho rozhodnutia, pretože takáto aktivita presahuje

rámec preskúmavacej právomoci súdu a zároveň zasahuje do sféry kompetencie správneho orgánu v
agende vymedzenej zákonom...“ (rozsudok NSS SR sp. zn. 5Sžfk/61/2019 zo dňa 28.07.2022, body
37., 41.). Taktiež bolo v tejto súvislosti judikované, že „Za rozhodnutie vydané v súlade so zákonom
nemožno považovať rozhodnutie, ktoré je zrozumiteľné iba pre správny orgán, ktorý ho vydal...“ (R3/2014). Obdobne je možné aplikovať tieto závery aj na odôvodnenie opatrenia vydaného daňovým
orgánom, najmä ak sa ním odníma určité právo či nárok.
39. Neušlo pozornosti správneho súdu, že celá argumentácia žalovaného vo vzťahu k dôvodom

nevrátenia uplatneného odpočtu do 30 dní od uplynutia lehoty na podanie daňového priznania za
zdaňovacie obdobie apríl 2021 sa nachádza až v jeho vyjadreniach podávaných v priebehu konania
pred súdom a nenachádza sa v napadnutom opatrení, resp. nie je zachytená v žiadnom procesnom
úkone žalovaného. Súd je toho názoru, že v opatrení absentujú aj dôvody, pre ktoré nebolo umožnené
zo strany žalobcu vykonanie daňovej kontroly v lehote troch mesiacov a z čoho mal za preukázané, že

došloknaplneniupredpokladovustanovenia§79ods.6poslednávetadaňovéhoporiadku.Tietodôvody
však nie sú zistiteľné ani z obsahu administratívneho spisu. Žalovaný sa nevysporiadal s dôvodmi,
pre ktoré žalovaný v lehote 30 dní od podania daňového priznania za zdaňovacie obdobie apríl
2021 nezačal daňové konanie resp. nevrátil nadmerný odpočet ani prečo začal daňovú kontrolu až
po podaní daňového priznania za zdaňovacie obdobie máj 2021. Napadnuté opatrenie neobsahuje
žiadnu argumentáciu k podstatným otázkam daňového konania ani prečo uprednostnil postup podľa

§ 79 ods. 6 namiesto § 79 ods. 2 zákona o DPH, je založené na nedostatočných dôvodoch, preto je
nepreskúmateľné, čo má v okolnostiach danej veci významný dosah na práva žalobcu a predstavuje
existenciu vady podľa § 191 ods. 1 písm. d) SSP.

40. Správny súd ďalej zdôrazňuje, že ustanovenie § 79 ods. 6 zákona o DPH upravuje osobitný spôsob

zániku nároku (práva) na nadmerný odpočet, a to priamo zo zákona (ex lege). Zákonným dôvodom
zániku tohto práva v zmysle § 79 ods. 6 zákona o DPH je, že daňový subjekt neumožní vykonanie
daňovej kontroly daňovému úradu do troch mesiacov od jej začatia. Konanie daňového subjektu, ktorým
sa neumožní vykonanie daňovej kontroly, môže mať viacero podôb, napríklad nekontaktnosť, absencia
reakcií na výzvy daňového orgánu a podobne, vždy sa však musí vyznačovať účelovým charakterom,

t. j. bezdôvodné vyhýbanie sa daňovej kontrole, snaha o marenie daňovej kontroly. Vzhľadom k tomu,
že následkom aplikácie § 79 ods. 6 zákona o DPH dochádza k zániku práva daňového subjektu, teda
dochádza k podstatnému zásahu do jeho práv, je potrebné každú situáciu vyhodnotiť prísne individuálne
so zreteľom na všetky okolnosti danej veci.

41. Správny súd poukazuje na to, že Najvyšší súd SR, ako aj Najvyšší správny súd SR vo svojich
rozhodnutiach už opakovane vyslovili názor, že každé odôvodnenie rozhodnutia orgánu verejnej správy
musí obsahovať logickú, právnu a presvedčivú argumentáciu, a to v dostatočnom rozsahu, tzn. že
priemernýadresátmusímaťmožnosťzpredloženéhoodôvodneniapochopiťsprávnosťprávnychnoriem
aplikovaných na skutkový stav a právne závery nevybočujúce z logiky aplikácie práva a vedúce k záveru

obsiahnutom vo výrokovej časti (viď rozsudok Najvyššieho súdu SR sp. zn. 10Sžo/3/2012; rozsudok
Najvyššieho správneho súdu SR sp. zn. 4Svk/6/2021).

42. Vzhľadom na uvedené správny súd konštatuje, že napadnutým opatrením, ktoré je nepreskúmateľné
pre nedostatok dôvodov, došlo k porušeniu zákona, a bol naplnený žalobný dôvod podľa § 191 ods.

1 písm. d) SSP. Preto ho bolo potrebné zrušiť a vec vrátiť žalovanému na ďalšie konanie podľa § 191
ods. 4 SSP.

43. Podľa § 191 ods. 6 SSP, právnym názorom, ktorý vyslovil správny súd v zrušujúcom rozsudku, je
orgán verejnej správy v ďalšom konaní viazaný. Ak orgán verejnej správy v ďalšom konaní nepostupoval

v súlade s právnym názorom správneho súdu a správny súd opätovne zrušil rozhodnutie orgánu verejnej
správy alebo opatrenie orgánu verejnej správy z tých istých dôvodov, môže správny súd i bez návrhu v
zrušujúcom rozsudku uložiť orgánu verejnej správy pokutu.

44. Správny súd považuje za potrebné dodať, že závery prezentované v tomto rozsudku automaticky

neznamenajú, že žalobcovi má byť vrátený nadmerný odpočet za zdaňovacie obdobie apríl 2021. V
ďalšom konaní bude úlohou žalovaného, súc viazaný právnym názorom vysloveným správnym súdom
v tejto veci, odstrániť vytknuté nedostatky, postupovať v súlade so zákonom tak, aby v ďalšom konaní
boli zachované práva žalobcu a aby boli dôsledne uplatnené základné zásady správy daní, a v prípade
vydania nového rozhodnutia alebo opatrenia, toto náležite odôvodniť.

45. Záverom správny súd konštatuje, že všeobecne platí, že ak je rozhodnutie nepreskúmateľné
pre nezrozumiteľnosť alebo pre nedostatok dôvodov, bráni takýto nedostatok posúdeniu dôvodnosti
meritórnych námietok, a preto sa správny súd s nimi ani nemohol zaoberať.46. V správnom súdnom konaní úspešnému žalobcovi priznal správny súd podľa § 167 ods. 1 SSP
nárok na náhradu dôvodne vynaložených trov konania v celom rozsahu. O výške náhrady trov konania

rozhodne správny súd po právoplatnosti rozsudku samostatným uznesením, ktoré vydá vyšší súdny
úradník (§ 175 ods. 2 SSP).

47. Správny súd sa v podrobnostiach ďalej nezaoberal ďalšími námietkami uvedenými v žalobe,
keď ich nepovažoval za majúce zásadný význam pre rozhodnutie vo veci samej. Podľa judikatúry

Ústavného súdu Slovenskej republiky z Ústavy SR ani Európskeho dohovoru o ľudských právach
nemožno vyvodzovať, že dôvody uvedené súdom sa musia zaoberať zvlášť každým bodom, ktorý
niektorý z účastníkov konania môže považovať za zásadný pre svoju argumentáciu (mutatis mutandis
I. ÚS 56/01). V súvislosti s riadnym odôvodnením je potrebné uviesť, že vychádzajúc z konštantnej
judikatúry Európskeho súdu pre ľudské práva (o. i. veci García Ruiz proti Španielsku, rozsudok zo
dňa 21. januára 1999 týkajúci sa sťažnosti č. 30544/96, Ruiz Torija proti Španielsku, rozsudok zo dňa

09. decembra 1994, týkajúci sa sťažnosti č. 18390/91, Van de Hurk proti Holandsku, rozsudok zo dňa
19. apríla 1994, týkajúci sa sťažnosti č. 16034/90), nie je nutné, aby na každú žalobnú námietku bola
daná súdom podrobná odpoveď. Podľa štandardnej judikatúry súdu reflektujúcej princíp riadneho chodu
spravodlivosti musia súdne rozhodnutia v dostatočnej miere obsahovať dôvody, na ktorých sú založené.
Povinnosť odôvodňovať rozhodnutie nemôže byť ponímaná v takom zmysle, že je potrebné vyporiadať

sa s každým argumentom.

48. Toto rozhodnutie senát Správneho súdu v Bratislave prijal pomerom hlasov 3:0 (§ 139 ods. 4 SSP).

Poučenie:

Proti tomuto rozsudku možno podať kasačnú sťažnosť do 30 dní od jeho doručenia na Správny súd

v Bratislave (§ 493e SSP). Ak bolo vydané opravné uznesenie, lehota plynie znovu od doručenia
opravného uznesenia len v rozsahu vykonanej opravy.

V kasačnej sťažnosti sa má popri všeobecných náležitostiach (§ 57 SSP) uviesť označenie napadnutého
rozhodnutia, údaj, kedy bolo napadnuté rozhodnutie doručené sťažovateľovi, opísanie rozhodujúcich

skutočností, aby bolo zrejmé, v akom rozsahu a z akých dôvodov podľa § 440 SSP sa podáva
(sťažnostné body) a návrh výroku rozhodnutia (sťažnostný návrh). Sťažnostné body možno meniť len
do uplynutia lehoty na podanie kasačnej sťažnosti.

V konaní o kasačnej sťažnosti musí byť sťažovateľ alebo opomenutý sťažovateľ v zmysle § 449

ods. 1 SSP zastúpený advokátom. Kasačná sťažnosť a iné podania sťažovateľa alebo opomenutého
sťažovateľa musia byť spísané advokátom. Povinné zastúpenie advokátom v kasačnom konaní sa
nevyžaduje, ak a) má sťažovateľ alebo opomenutý sťažovateľ, jeho zamestnanec alebo člen, ktorý za
neho na kasačnom súde koná alebo ho zastupuje, vysokoškolské právnické vzdelanie druhého stupňa;
b)ideokonaniaosprávnejžalobepodľa 6ods.2písm.c)ad);c)ježalovanýmCentrumprávnejpomoci.