Rozsudok – Žaloby proti právoplatným… ,
Iná povaha rozhodnutia Judgement was issued on Wednesday, September 25, 2025

Súd: Správny súd v Bratislave
Spisová značka: NR-26S/37/2020

Identifikačné číslo súdneho spisu: 4020200350
Dátum vydania rozhodnutia: 25. 09. 2025
Meno a priezvisko sudcu, VSÚ: JUDr. Dana Jelinková Dudzíková, LL.M.

ECLI: ECLI:SK:SpSBA:2025:4020200350.4

ROZSUDOK V MENE

SLOVENSKEJ REPUBLIKY

Správny súd v Bratislave v senáte zloženom z predsedníčky senátu JUDr. Dany Jelinkovej Dudzíkovej,

LL.M. a členov senátu JUDr. Ingridy Hudecovej (sudkyňa spravodajkyňa) a JUDr. Róberta Jakubáča,
PhD., v právnej veci žalobcu: INNOVATIVE PROJECT s.r.o., IČO: 44 094 949, so sídlom: Hlavná 25, 040
01 Košice, právne zastúpeného: JUDr. Irena Sopková, s.r.o., IČO: 48 301 728, so sídlom: Dvořákovo
nábrežie 7529/4E, 811 02 Bratislava, za ktorú koná JUDr. Irena Sopková, advokátka a konateľka, proti
žalovanému: Finančné riaditeľstvo Slovenskej republiky, IČO: 42 499 500, so sídlom: Lazovná 63, 974
01 Banská Bystrica, o preskúmanie zákonnosti rozhodnutia žalovaného č. 100856034/2020 zo dňa
06.05.2020, takto

r o z h o d o l :

I. Správny súd v Bratislave rozhodnutie žalovaného Finančného riaditeľstva Slovenskej republiky č.
100856034/2020 zo dňa 06.05.2020 z r u š u j e a vec v r a c i a žalovanému na ďalšie konanie.

II. Žalobcovi súd voči žalovanému p r i z n á v a právo na úplnú náhradu trov konania.

o d ô v o d n e n i e :

I.
Priebeh administratívneho konania

1. Daňový úrad Nitra (ďalej len „správca dane“) vykonal u žalobcu ako daňového subjektu daňovú

kontrolu na zistenie oprávnenosti nároku na vrátenie nadmerného odpočtu na dani z pridanej hodnoty
(ďalej aj „DPH“ alebo „daň“) za zdaňovacie obdobie máj 2014. Daňová kontrola začala podľa § 46
ods. 2 zákona č. 563/2009 Z. z. o správe daní (daňový poriadok) a o zmene a doplnení niektorých
zákonov v znení neskorších predpisov (ďalej len „Daňový poriadok“) dňa 20.08.2014 spísaním Zápisnice
č. 9410402/5/3925751/14/Bys zo dňa 20.08.2014. O výsledku zistení z daňovej kontroly správca dane
vyhotovil Protokol č. 20505019/2015 zo dňa 14.07.2015, ktorý bol žalobcovi doručený dňa 16.07.2015.

2. Dňa 18.12.2019 vydal správca dane rozhodnutie č. 102933635/2019 (ďalej len „prvostupňové
rozhodnutie“), ktorým žalobcovi podľa § 68 ods. 6 Daňového poriadku určil rozdiel v sume nadmerného
odpočtu na DPH vo výške 39 560 Eur za zdaňovacie obdobie máj 2014. Nadmerný odpočet správca
dane znížil zo sumy 41 502,24 Eur na sumu 1 942,24 Eur s tým, že žalobcovi bol v tejto sume nadmerný
odpočet vrátený dňa 24.07.2015 v zmysle § 79 ods. 6 zákona č. 222/2004 Z. z. o dani z pridanej hodnoty
v znení neskorších predpisov (ďalej len „zákon č. 222/2004 Z. z.“).

3. Na základe odvolania žalobcu, podaného proti prvostupňovému rozhodnutiu, žalovaný rozhodnutím
č. 100856034/2020 zo dňa 06.05.2020 (ďalej len „napadnuté rozhodnutie“), podľa § 74 ods. 4 Daňového
poriadku prvostupňové rozhodnutie ako vecne správne potvrdil.II.
Žaloba

4. Včas podanou všeobecnou správnou žalobou (ďalej len „žaloba“), doručenou dňa 22.07.2020 na
Krajský súd v Nitre (ďalej len „krajský súd“), sa žalobca domáhal preskúmania zákonnosti a zrušenia
napadnutého rozhodnutia žalovaného v spojení s prvostupňovým rozhodnutím správcu dane (ďalej
spolu aj „preskúmavané rozhodnutia“ alebo „vydané rozhodnutia“), vrátane postupu, ktorý predchádzal
ich vydaniu, z dôvodov podľa § 191 ods. 1 písm. c), písm. d), písm. e), písm. g) zákona č. 162/2015

Z. z. Správny súdny poriadok v znení neskorších predpisov (ďalej len „SSP“), teda pre nesprávne
právne posúdenie veci, nepreskúmateľnosť vydaných rozhodnutí, nedostatočne zistený skutkový stav
a pre podstatné pochybenia procesného charakteru, ktoré mali mať za následok vydanie nezákonného
rozhodnutia vo veci samej.

5. V bližšom odôvodnení žaloby žalobca uviedol, že jeho práva boli preskúmavanými rozhodnutiami

porušené, keďže žalovaný a správca dane (ďalej spolu aj „daňové orgány“) nesprávne vyhodnotili
dôkazy i skutkový stav a dopustili sa závažných procesno – právnych pochybení. Žalobca v prvom
rade namietal dĺžku trvania daňovej kontroly, ktorá podľa neho prekročila zákonom stanovené lehoty.
V danom prípade daňová kontrola a vyrubovacie konanie trvali od 20.08.2014 do 18.12.2019, teda
skoro štyri a pol roka, pričom však podľa žalobcu z jeho strany bola poskytovaná súčinnosť, dokonca

v skrátených lehotách. V tejto súvislosti podľa žalobcu nie je rozhodujúce, či v uvedenom časovom
úseku boli aj prestávky v kontrolných aktivitách, spôsobené procesným priebehom daňového konania.
Podstatné je, že daňová kontrola nebola zákonom predpísaným spôsobom dokončená. Ak teda
správca dane nerešpektoval maximálnu dĺžku trvania daňovej kontroly, porušil tým zásadu primeranosti
a zákonnosti v daňovom konaní. Protokol z nej tak nadobudol povahu nezákonne získaného dôkazného

prostriedku, ktorý v daňovom konaní nemožno použiť, v opačnom prípade je celé konanie zaťažené
vadou nezákonnosti, rovnako tak vydané rozhodnutia.

6.Vdruhomradežalobcanamietalzáverydaňovýchorgánovohľadomvyhodnoteniaobsahudokumentu
Technická, surovinová a ekonomická analýza bioplynovej stanice na suchú a mokrú fermentáciu,

aktualizovaná verzia 2015 (ďalej aj „Analýza“), v porovnaní s dokumentom „Štúdia uskutočniteľnosti
10/2011, Využívanie obnoviteľných zdrojov energie s cieľom ochrany životného prostredia“ (ďalej len
„Štúdia“). Žalobca mal za to, že obsahovo nie sú absolútne totožné a navzájom sa nedajú porovnávať.
Podľa neho je veľmi povážlivé a nanajvýš neprofesionálne, ak si daňové orgány Analýzu ani neprečítali,
navyše bez odborných vedomostí v tejto novej problematike nevyčkali ani na znalecký posudok, ktorý

si objednali u odborného ústavu, ale sami po štyroch rokoch zaujali úplne neodborný a neprofesionálny
názor. Samotné tvrdenie žalovaného, že ide o údaje stiahnuté z verejných portálových stránok, bez
konkrétneho zamerania na daný projekt, je podľa žalobcu vyvrátené samotným obsahom Analýzy.
Žalobca ďalej zdôraznil, že na obstaranie Analýzy, z ktorej mu nebol priznaný nadmerný odpočet, mu
nebol poskytnutý žiadny dotačný príspevok a jej úhradu uskutočnil zo svojich vlastných podnikateľských

zdrojov. Jedným zo zdrojov bolo aj poskytnutie poradenskej činnosti, na realizáciu podkladových
materiálov pritom žalobca využil aj predmetnú Analýzu, teda preukázal, že dosiahol zdaniteľné plnenia
na výstupe z prijatých zdaniteľných plnení na vstupe. Žalobca daňovým orgánov vytkol, že účelovo
označili všetky ním predkladané dôkazy za irelevantné a vôbec na ne neprihliadali. Tvrdenia daňových
orgánov označil za rozporné s realitou a vysvetlil, čo sa považuje vo vzťahu k realizovanému projektu

za biologicky rozložiteľný odpad.

7. V ďalšej časti svojej argumentácie poukázal na to, že žalovaný neustále znevažuje všetky
jeho vyjadrenia a dôkazy, odvoláva sa na to, že žalobca má len troch zamestnancov, nie je
poľnohospodárskym podnikom, nemá vlastnú biomasu, a preto ju musí nakúpiť, pričom z vydaných

rozhodnutí sa žalobca nedozvedel, koľko zamestnancov by mal mať, keďže podľa neho úplne postačuje
aktuálny počet s tým, že pre spoločnosť aktívne pracujú aj jej spoločníci, ktorí majú odborné vzdelanie
a prax. Žalobca namietal aj spôsob doručovania oznámení o termíne miestneho zisťovania zo strany
daňových orgánov, ktorý označil za plánovaný zámer namierený proti nemu, a účasť odborného experta
A. B. na miestnom zisťovaní. Podľa žalobcu žalovaný ničím nepreukázal odborné tvrdenia tohto experta,

keďže nedisponuje znaleckým posudkom znalca, ktorý si sám objednal. Žalobca polemizoval aj so
závermi žalovaného ohľadom sfalšovaného podpisu C. D. a ohľadom obsahu metodického pokynu
k odpočítaniu dane.8. Žalobca označil argumentáciu daňových orgánov vo vzťahu k odmietnutiu práva na nadmerný
odpočet za právny nezmysel, svedčiaci o nekompetentnosti a povrchnom prístupe daňových orgánov
k dodržiavaniu zásad a povinností, ktoré im vyplývajú z Daňového poriadku. Podľa žalobcu bolo

povinnosťou daňových orgánov vyčkať na znalecký posudok, ktorý by všetky tvrdenia vyvrátil ako
tendenčné, nepravdivé a neodborné. Skutočnosť, že daňové orgány si nedokázali zabezpečiť do spisu
znalecký posudok za celé štyri roky, nemožno pričítať na ťarchu žalobcu, zvlášť, keď sa jedná o projekt,
ktorý je realizovaný na Slovensku ako jediný v rámci výskumu.

9. Osobitnú časť argumentácie žalobcu tvorili námietky týkajúce sa nezrozumiteľnosti,
nepreskúmateľnosti a nedostatočného zdôvodnenia vydaných rozhodnutí s poukazom na § 63
ods. 5 Daňového poriadku. Žalobca namietal, že vydané rozhodnutia trpia podstatnou vadou ich
nepreskúmateľnosti s poukazom na absenciu odborných vlastných logických úvah, ktoré podľa neho
nemajú oporu v odborných publikáciách a v znaleckom dokazovaní, o závery ktorého bolo potrebné sa
oprieť. Samotný opis vykonaného preverovania a zistených skutočností bez logických záverov podľa

žalobcu nespĺňa požiadavku zákonného odôvodnenia rozhodnutia. Závery daňových orgánov sú vadné,
neodborné a v rozpore s objektívnymi skutočnosťami.

10. Neodbornosť zistení tak pracovníkov správcu dane, ako aj žalovaného, a vydanie rozhodnutí
predtým, ako by daňové orgány obdržali znalecký posudok, spôsobili, že napadnuté rozhodnutie je

v celom rozsahu nezákonné. Navyše v ňom absentuje odbornosť, pričom vykonávanie dôkazov musí
garantovať jeho objektivitu, teda musia byť vzaté do úvahy dôkazy svedčiace v neprospech daňového
subjektu, ale aj v jeho prospech.

11. Vzhľadom na uvedené žalobca navrhol zrušiť obe preskúmavané rozhodnutia a žalovaného zaviazať

na náhradu trov konania.

III.
Vyjadrenie žalovaného, replika a ďalšie podanie žalobcu

12. V rámci reakcie na súdom doručenú žalobu sa žalovaný vyjadril podaním doručeným krajskému
súdu dňa 22.12.2020. Zotrval na výroku žalobou napadnutého rozhodnutia, pričom poukázal na jeho
odôvodnenie a dôkazy, ktoré sú súčasťou administratívneho spisu. Podľa jeho názoru žalobca neuviedol
v žalobe také skutočnosti, ktoré by svojou podstatou mali vplyv na výrok napadnutého rozhodnutia.
Zhrnul skutkový stav v danej veci, zopakoval svoju argumentáciu z napadnutého rozhodnutia a uzavrel,

že námietky žalobcu nie sú dôvodné. Navrhol žalobu ako bezdôvodne podanú zamietnuť.

13. Replika žalobcu nebola v danej veci podaná.

14. Podaním doručeným súdu dňa 18.09.2025 žalobca oznámil, že zotrváva na všetkých vyjadreniach

v danej veci a poukázal na to, že skutkový stav doposiaľ nie je zmenený, s tým, že už prebehli
ďalšie konania, kedy krajský súd v obdobných veciach žalobcu žalobe vyhovel a kasačný súd kasačné
sťažnosti zamietol. Zároveň žalobca súdu predložil rozhodnutia Najvyššieho správneho súdu Slovenskej
republiky sp. zn. 3Sfk/132/2022 zo dňa 20.02.2025, 5Sfk/31/2023 zo dňa 19.12.2024, 1Sfk/118/2022
zo dňa 27.11.2022. Pre úplnosť súdu predložil aj znalecký posudok z 02.09.2024 vypracovaný v inej

daňovej veci žalobcu.

IV.
Relevantná právna úprava

15. Podľa § 493e SSP konania začaté a neskončené do 30. júna 2023 sa dokončia podľa tohto zákona
v znení účinnom do 30. júna 2023; ustanovenie § 493f tým nie je dotknuté.

16. Podľa § 6 ods. 2 písm. a) SSP správne súdy rozhodujú v konaniach o správnych žalobách.

17. Podľa § 191 ods. 1 písm. d) SSP správny súd rozsudkom zruší napadnuté rozhodnutie orgánu
verejnej správy alebo opatrenie orgánu verejnej správy, ak je nepreskúmateľné pre nezrozumiteľnosť
alebo nedostatok dôvodov.18. Podľa § 191 ods. 1 písm. e) SSP správny súd rozsudkom zruší napadnuté rozhodnutie orgánu
verejnej správy alebo opatrenie orgánu verejnej správy, ak zistenie skutkového stavu orgánom verejnej
správy bolo nedostačujúce na riadne posúdenie veci.

19. Podľa § 167 ods. 1 SSP správny súd prizná žalobcovi voči žalovanému právo na úplnú alebo
čiastočnú náhradu dôvodne vynaložených trov konania, ak mal žalobca vo veci celkom alebo sčasti
úspech.

20. Podľa § 68 ods. 6 Daňového poriadku správca dane v rozhodnutí vydanom vo vyrubovacom konaní
určí rozdiel v sume, ktorú mal daňový subjekt podľa osobitných predpisov vykázať alebo na ktorú si
uplatnil nárok podľa osobitných predpisov.

21. Podľa § 74 ods. 2 Daňového poriadku odvolací orgán preskúma napadnuté rozhodnutie v rozsahu
požadovanom v odvolaní. Ak vyjdú pri preskúmavaní najavo skutkové či právne okolnosti účastníkom

konania neuplatnené, ktoré majú podstatný vplyv na výrok rozhodnutia, odvolací orgán na ne pri
rozhodovaní prihliadne; odvolací orgán nie je viazaný len návrhmi účastníka konania a môže zmeniť
odvolaním napadnuté rozhodnutie aj v jeho neprospech. V rámci odvolacieho konania môže odvolací
orgán výsledky daňového konania doplňovať, odstraňovať chyby konania alebo toto doplnenie alebo
odstránenie chýb uložiť správcovi dane s určením primeranej lehoty.

22. Podľa § 74 ods. 4 Daňového poriadku odvolací orgán napadnuté rozhodnutie v odôvodnených
prípadoch zmení alebo zruší, inak napadnuté rozhodnutie potvrdí. Odvolací orgán rozhodnutie zruší a
vec vráti na ďalšie konanie a rozhodnutie, ak sú na to dôvody. Ak odvolací orgán rozhodnutie zruší a
vráti vec na ďalšie konanie a rozhodnutie, správca dane alebo orgán, ktorého rozhodnutie bolo zrušené,

je viazaný právnym názorom odvolacieho orgánu.

23. Podľa § 3 ods. 6 Daňového poriadku pri uplatňovaní osobitných predpisov pri správe daní sa
berie do úvahy skutočný obsah právneho úkonu alebo inej skutočnosti rozhodujúcej pre zistenie,
vyrubenie alebo vybratie dane. Na právny úkon, viacero právnych úkonov alebo iné skutočnosti

uskutočnené bez riadneho podnikateľského dôvodu alebo iného dôvodu, ktorý odráža ekonomickú
realitu, a ktorých najmenej jedným z účelov je obchádzanie daňovej povinnosti alebo získanie takého
daňovéhozvýhodnenia,naktorébyinakneboldaňovýsubjektoprávnený,saprisprávedaníneprihliada.

24. Podľa § 46 ods. 10 veta prvá Daňového poriadku lehota na vykonanie daňovej kontroly je najviac

jeden rok odo dňa jej začatia.
25. Podľa § 63 ods. 5 Daňového poriadku rozhodnutie obsahuje odôvodnenie, ak tento zákon
neustanovuje inak. V odôvodnení sa uvedie, ktoré skutočnosti boli podkladom rozhodnutia,
vysporiadanie sa s návrhmi a námietkami daňového subjektu, aké úvahy ovplyvnili hodnotenie dôkazov
a použitie právnych predpisov, podľa ktorých sa rozhodovalo.

26. Podľa § 68 ods. 2 Daňového poriadku správca dane vydá rozhodnutie do 15 dní od uplynutia lehoty
na vyjadrenie sa k protokolu podľa § 46 ods. 8 a § 49 ods. 1, ak a) sa daňový subjekt vzdá práva na
vyjadrenie sa k zisteniam v protokole,
b) daňový subjekt nemá pripomienky k zisteniam v protokole,

c) sa daňový subjekt nevyjadrí k protokolu v lehote určenej správcom dane vo výzve; v tom prípade
správca dane o tejto skutočnosti spíše úradný záznam.

27. Podľa § 68 ods. 3 Daňového poriadku ak daňový subjekt predloží pripomienky a dôkazy v lehote
určenej správcom dane vo výzve podľa § 46 ods. 8 a § 49 ods. 1, dohodne so správcom dane deň

prerokovania pripomienok a dôkazov ním predložených; ak sa nedohodnú, určí deň ich prerokovania
správca dane. Ak sa daňový subjekt nemôže zúčastniť na prerokovaní, je povinný určiť si na tento
účel zástupcu. Správca dane na základe písomného vyjadrenia daňového subjektu a ním predložených
dôkazov vykoná dokazovanie alebo miestne zisťovanie. Ak sa daňový subjekt alebo jeho zástupca
nezúčastní na prerokovaní pripomienok a dôkazov ním predložených, správca dane spíše o tejto

skutočnosti úradný záznam. O priebehu a o výsledkoch dokazovania správca dane spíše s daňovým
subjektom zápisnicu podľa § 19, a to aj opakovane; v tom prípade správca dane vydá rozhodnutie do
15 dní odo dňa spísania poslednej zápisnice s daňovým subjektom alebo odo dňa spísania úradného
záznamu, najneskôr však do troch mesiacov od uplynutia lehoty určenej správcom dane podľa prvejvety. Ak vzhľadom na mimoriadnu zložitosť prípadu, iné závažné okolnosti alebo osobitnú povahu
prípadu nemožno rozhodnúť ani lehote troch mesiacov, môže túto lehotu pred jej uplynutím na základe
písomného odôvodnenia primerane predĺžiť druhostupňový orgán.

28. Podľa § 49 ods. 1 zákona č. 222/2004 Z. z. právo odpočítať daň z tovaru alebo zo služby vzniká
platiteľovi v deň, keď pri tomto tovare alebo službe vznikla daňová povinnosť.

29. Podľa § 49 ods. 2 písm. a) zákona č. 222/2004 Z. z. platiteľ môže odpočítať od dane, ktorú je povinný

platiť, daň z tovarov a služieb, ktoré použije na dodávky tovarov a služieb ako platiteľ s výnimkou podľa
odsekov 3 a 7. Platiteľ môže odpočítať daň, ak je daň voči nemu uplatnená iným platiteľom v tuzemsku
z tovarov a služieb, ktoré sú alebo majú byť platiteľovi dodané.

30. Podľa § 51 ods. 1 písm. a) zákona č. 222/2004 Z. z. právo na odpočítanie dane podľa § 49 môže
platiteľ uplatniť, ak pri odpočítaní dane podľa § 49 ods. 2 písm. a) má faktúru od platiteľa vyhotovenú

podľa § 71.

31. Podľa § 19 ods. 2 zákona č. 222/2004 Z. z. daňová povinnosť vzniká dňom dodania služby.

V.

Posúdenie veci správnym súdom

32. Podľa § 3 ods. 1, ods. 3 písm. b) zákona č. 151/2022 Z. z. o zriadení správnych súdov a o zmene
a doplnení niektorých zákonov v znení neskorších predpisov (ďalej len „zákon č. 151/2022 Z. z.“) začal
Správny súd v Bratislave dňa 01.06.2023 svoju činnosť a súčasne výkon súdnictva prešiel z Krajského

súdu v Bratislave, Krajského súdu v Nitre a Krajského súdu v Trnave na Správny súd v Bratislave
(ďalej len „správny súd“ alebo „súd“) vo všetkých veciach, v ktorých je od 01.06.2023 daná právomoc
správnych súdov. V súlade s platným a účinným rozvrhom práce správneho súdu bola vec, pôvodne
vedená pred Krajským súdom v Nitre pod sp. zn. 26S/37/2020, v zmysle § 51 ods. 1 zákona č. 757/2004
Z. z. o súdoch a o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení neskorších predpisov, náhodným

výberom pomocou technických prostriedkov a programových prostriedkov schválených Ministerstvom
spravodlivosti Slovenskej republiky pridelená do senátu 5S správneho súdu, kde je vedená pod sp. zn.
NR-26S/37/2020.

33. Správny súd v súlade s § 107 ods. 1 písm. a) SSP vo veci rozhodol na pojednávaní uskutočnenom

dňa 25.09.2025 v neprítomnosti žalobcu, ktorý svoju neúčasť ospravedlnil podaním doručeným súdu
18.09.2025 a súhlasil s prejednaním veci bez jeho účasti, a v neprítomnosti žalovaného, ktorý svoju
neúčasť na pojednávaní neospravedlnil. Účastníci konania mali riadne a včas vykázané doručenie
predvolania, pričom podmienky na pojednávanie podľa § 108 ods. 2 SSP boli splnené.

34. Vzhľadom k neprítomnosti účastníkov konania na pojednávaní súd rozsudok vo veci verejne vyhlásil
vyvesením jeho skráteného písomného vyhotovenia bez odôvodnenia na úradnej tabuli súdu dňa
25.09.2025 (§ 137 ods. 3 veta druhá SSP). Dňom vyhlásenia rozsudku v zmysle § 137 ods. 3 SSP je
deň 25.09.2025.

35. Predmetom tohto konania bolo posúdenie zákonnosti preskúmavaných rozhodnutí, ktorými bol
žalobcovi podľa § 68 ods. 6, § 74 ods. 4 Daňového poriadku zo strany daňových orgánov určený rozdiel
v sume nadmerného odpočtu DPH za zdaňovacie obdobie máj 2014 vo výške 39 560 Eur, pričom
nadmerný odpočet bol žalobcovi znížený zo sumy 41 502,24 Eur na sumu 1 942,24 Eur. Daňové orgány
sa v rámci daňovej kontroly zamerali na preverovanie žalobcom uplatneného odpočítania dane vo výške

41 502 Eur, ktorého podstatnú časť tvorila suma faktúry č. 88201406 (int. č. 7714051) zo dňa 31.05.2014
od spoločnosti RURAL s.r.o., IČO: 36 663 743, so sídlom: Ontopa 815, 946 12 Zlatná na Ostrove (ďalej
len „RURAL“), za nákup dokumentu s názvom Technická, surovinová a ekonomická analýza bioplynovej
stanice na suchú a mokrú fermentáciu, cena bez dane 197 800 Eur, DPH vo výške 39 560 Eur, ktorú
následne daňové orgány neuznali ako oprávnenú položku nadmerného odpočtu.

36. Správny súd ako súd vecne a miestne príslušný na konanie v danej veci podľa § 10, § 13 ods. 1 SSP
a § 3 ods. 3 písm. b) zákona č. 151/2022 Z. z. preskúmal napadnuté rozhodnutie žalovaného v spojení
s prvostupňovým rozhodnutím správcu dane, vrátane konania, ktoré vydaniu rozhodnutí predchádzalo,v rozsahu dôvodov uplatnených v žalobe, a dospel k záveru, že žaloba je dôvodná a napadnuté
rozhodnutie je potrebné zrušiť vzhľadom na zistenie existencie žalobných dôvodov podľa § 191 ods. 1
písm. d), písm. e) SSP, teda pre jeho nepreskúmateľnosť a nedostatočné zistenie skutkového stavu.

37. Za zásadnú správny súd považoval námietku žalobcu o nedodržaní lehoty na vykonanie daňovej
kontroly podľa § 46 ods. 10 Daňového poriadku, s ktorou považoval za potrebné vysporiadať sa
ako s prvou, keďže nedodržanie tejto lehoty by mohlo mať zásadný vplyv na zákonnosť daňovej
kontroly ako celku, i na všetky následne vydané rozhodnutia a výstupy z nej vychádzajúce, vrátane

Protokolu a rozhodnutí správcu dane a žalovaného, ktoré by ako výsledok nezákonného procesu taktiež
trpeli vadou nezákonnosti. Správny súd po preskúmaní veci však túto námietku žalobcu považuje za
neopodstatnenú. Z obsahu administratívneho (daňového) spisu totiž vyplýva, že daňová kontrola začala
dňa20.08.2014abolaukončenádoručenímProtokolužalobcovidňa16.07.2015.Spoukazomnaznenie
§ 46 ods. 10 Daňového poriadku, podľa ktorého lehota na vykonanie daňovej kontroly je najviac jeden
rok odo dňa jej začatia, správny súd konštatuje, že jednoročná lehota na vykonanie daňovej kontroly bola

zachovaná. Pokiaľ ide o lehoty na vydanie rozhodnutia podľa § 68 ods. 2, ods. 3 Daňového poriadku,
správny súd uvádza, že tieto majú len poriadkový charakter a nemajú za následok nezákonnosť daňovej
kontroly ani samotného Protokolu. Táto námietka žalobcu je preto rovnako neopodstatnená.

38. Správny súd sa následne zameral na skúmanie žalobného dôvodu podľa § 191 ods. 1 písm.

d) SSP, spočívajúceho v existencii takého nedostatku zrozumiteľnosti alebo dôvodov vydaného
rozhodnutia, ktorých následkom je jeho nepreskúmateľnosť. Správny súd na tomto mieste zdôrazňuje,
že nepreskúmateľnosť rozhodnutia je jednou z najzávažnejších vád, ktorými môže byť rozhodnutie
vydané v ktoromkoľvek administratívnom konaní zaťažené, pretože táto vada nielenže znemožňuje
zistiť účastníkovi konania dôvody, pre ktoré bolo rozhodnutie vydané, a následne uplatniť možnosť sa

proti nemu brániť, ale znemožňuje i prieskum takéhoto rozhodnutia správnym súdom a porušuje princíp
právnej istoty a legitímnych očakávaní. Najvyšší správny súd Slovenskej republiky (ďalej len „NSS
SR“) sa v rámci svojej rozhodovacej praxe opakovane vyjadril ku kvalite rozhodnutí orgánov verejnej
správy, keď vyslovil, že je potrebné, aby orgán verejnej správy „náležite dbal na dostatočné, jasné,
zrozumiteľné, presvedčivé a úplné zdôvodnenie, ako aj uvedenie konkrétnych odborných argumentov,

na ktorých sa rozhodnutie zakladá. Je vecou správnych orgánov dbať o to, aby ich rozhodnutia
boli po obsahovej stránke náležite vyčerpávajúce a predstavovali relevantný podklad pre vyvodenie
právnych záverov samotného správneho orgánu. ... Úlohou súdu v správnom súdnictve nie je nahrádzať
činnosť správnych orgánov, ale preskúmavať zákonnosť ich rozhodnutí, teda posúdiť, či správne
orgány splnili povinnosti stanovené zákonom. Kasačný súd ďalej dáva do pozornosti, že nedostatky

odôvodnenia preskúmavaného rozhodnutia nemôžu byť konvalidované ani prípadným dodatočným
vysvetlením, resp. doplňujúcim vyjadrením správneho orgánu (prípadne vysvetlením prijatých záverov
v kasačnej sťažnosti, napr. vo vzťahu k dôkazom predloženým žalobcom v odvolacom konaní...) a ani
súdu neprislúcha spôsobom presahujúcim akceptovateľnú mieru dopĺňať, resp. absentujúce argumenty
správneho orgánu nahrádzať svojimi úvahami a vyvodzovať z nich závery, ku ktorým mal dospieť

správny orgán, ktorého postup a úvahy mali byť obsahom odôvodnenia jeho rozhodnutia, pretože takáto
aktivita presahuje rámec preskúmavacej právomoci súdu a zároveň zasahuje do sféry kompetencie
správneho orgánu v agende vymedzenej zákonom...“ (rozsudok NSS SR sp. zn. 5Sžfk/61/2019 zo dňa
28.07.2022). Taktiež bolo v tejto súvislosti judikované, že „Za rozhodnutie vydané v súlade so zákonom
nemožno považovať rozhodnutie, ktoré je zrozumiteľné iba pre správny orgán, ktorý ho vydal...“ (R

3/2014).

39. Primárne preto správny súd upriamil pozornosť na identifikáciu dôvodov pre nepriznanie práva
na nadmerný odpočet DPH podľa § 49 ods. 1, § 51 ods. 1 zákona č. 222/2004 Z. z., ktorá je
základným východiskom pre posúdenie všetkých žalobných dôvodov a zákonnosti preskúmavaných

rozhodnutí, teda zameral sa na rozlíšenie toho, či odpočet nebol žalobcovi priznaný pre absenciu
splnenia hmotnoprávnych podmienok alebo pre existenciu daňového podvodu či zneužitia práva.
Správny súd poukazuje na to, že už NSS SR opakovane v rámci svojej rozhodovacej činnosti vyslovil,
že je potrebné rozlišovať medzi uvedenými dôvodmi pre nepriznanie uplatneného práva na odpočítanie
dane, a že toto rozlišovanie nie je samoúčelné, keďže pri skúmaní hmotnoprávnych podmienok

dôkazné bremeno zaťažuje daňový subjekt a jeho dobrá viera v zásade nezohráva žiadnu rolu, kým
v prípade preukazovania účasti na obchodnom reťazci poznačenom daňovým podvodom a pri zneužití
práva dôkazné bremeno zaťažuje finančné orgány (por. rozhodnutia NSS SR sp. zn. 3Sfk/139/2022,
3Sfk/27/2021, 3Sfk/146/2022). NSS SR tiež zdôraznil, že správny súd je vymedzeným dôvodomnepriznania odpočtu dane viazaný a nie je oprávnený ho meniť (por. rozhodnutie NSS SR sp. zn.
4Sžfk/36/2021,body56.,57.).Zuvedenéhotedavyplýva,žeakdaňovéorgánynesprávnealebonejasne
ustálili existenciu konkrétneho dôvodu nepriznania práva na odpočet DPH, správny súd v zmysle zásady

subsidiarity správneho súdnictva nie je oprávnený prehodnocovať tieto závery na základe daňovými
orgánmi ustáleného skutkového stavu a vykonaného dokazovania, rovnako nie je oprávnený ustáliť
dôvod nepriznania odpočtu dane sám, ak daňové orgány nedali jednoznačnú odpoveď na túto otázku,
keďže by tým suploval činnosť daňových orgánov. Úlohou správneho súdu totiž nie je nahrádzať činnosť
orgánov verejnej správy, ale preskúmavať zákonnosť ich postupu a rozhodnutí, pričom správny súd

v zásade nie je súdom skutkovým.

40. Z obsahu prvostupňového rozhodnutia správny súd zistil, že správca dane zabezpečil veľké
množstvo dôkazov, ktoré následne podrobne popísal a analyzoval. V rámci vyhodnotenia dôkazov
(str. 16 a nasl. prvostupňového rozhodnutia) uviedol svoje zistenia, z ktorých vyplynulo, že žalobca
disponoval dostatočnými vedomosťami k problematike obnoviteľných zdrojov energie o bioplynovej

stanici na suchú a mokrú fermentáciu už v roku 2012, pričom ich zhrnul do dokumentu Štúdia, ktorý
predal za cenu 6 250 Eur, DPH vo výške 1 250 Eur. Správca dane konštatoval, že žalobca nebol
odkázaný nakupovať podobný dokument v roku 2014 skoro s totožným obsahom a neprimeranou
cenou. Následne podrobne rozobral obsah Analýzy a dospel k záveru, že je neaktuálna, nepriliehavá
na príslušný projekt, obsahuje všeobecné a verejne dostupné informácie a nespĺňa svoj účel. Dospel

k záveru, že nie je vierohodným spôsobom preukázaný obsah fakturácie zdaniteľného plnenia za
nákup predmetného dokumentu Analýza, na základe ktorej si žalobca uplatnil nadmerný odpočet.
Správca dane v zmysle § 3 ods. 6 Daňového poriadku poukázal na to, že pri správe daní sa
berie do úvahy skutočný obsah právneho úkonu alebo inej skutočnosti rozhodujúcej pre zistenie,
vyrubenie alebo vybratie dane. Na právny úkon, viacero právnych úkonov alebo iné skutočnosti

uskutočnené bez riadneho podnikateľského dôvodu alebo iného dôvodu, ktorý odráža ekonomickú
realitu, a ktorých najmenej jedným z účelov je obchádzanie daňovej povinnosti alebo získanie takého
daňovéhozvýhodnenia,naktorébyinakneboldaňovýsubjektoprávnený,saprisprávedaníneprihliada.
Správca dane uzavrel, že neuznal odpočítanie dane, nakoľko bolo preukázané, že zdaniteľné plnenie
nebolo prijaté daňovým subjektom tak a v takom rozsahu, ako je to uvedené na faktúre, čím sa uvedená

faktúra stala nevierohodnou, a že nebolo preukázané, že daňový subjekt prijaté zdaniteľné plnenie
v budúcnosti použije na dodávky tovarov a služieb ako platiteľ, nakoľko má stavebné povolenie na
výskum a vývoj. Správca dane konštatoval, že nemohol uznať odpočítanie dane na základe formálne
vystavenej faktúry, bez väzby na prijaté zdaniteľné plnenie.

41. V ďalšej časti svojej argumentácie správca dane zdôraznil, že daňový subjekt sa nemôže dovolávať
svojho práva na odpočítanie dane zneužívajúcim spôsobom. Zároveň poukázal na to, že dokument
Analýza nebol vypracovaný spoločnosťou RURAL, ale táto spoločnosť ho nadobudla od spoločnosti
INAGRO s.r.o., ktorá ju vypracovala vlastnými zamestnancami. Zároveň poukazoval na to, že jediným
konateľom tejto spoločnosti bol C. D., vo vzťahu ku ktorému bolo uznesením krajského súdu rozhodnuté,

že jeho podpis na dokumentoch bol falšovaný, teda za spoločnosť INAGRO s.r.o. konala neoprávnená
osoba. Správca dane poukázal na reťazec daňových subjektov RURAL, INAGRO s.r.o. a žalobcu, medzi
ktorýmidošlokdodaniupredmetnejAnalýzy,vdôsledkučohosapredmetnáfaktúrastalanevierohodnou.
Správca dane v tejto súvislosti konštatoval, že rozsah fakturácie zdaniteľného plnenia je maximálne
nadhodnotený tak, že by si ho žiadna iná spoločnosť nekúpila. Správca dane neuznal nadmerný

odpočet z predmetnej faktúry a zopakoval, že daňový subjekt sa nesmie dovolávať právnych noriem
„Spoločenstva“ podvodne alebo obchádzajúc zákon zneužívajúcim spôsobom.

42.Napadnutýmrozhodnutímžalovanýpotvrdilzáverysprávcudane,ktorézopakoval,námietkyžalobcu
považoval za neopodstatnené a okrem iného dodal, že v zmysle základnej zásady spoločného systému

DPH krajín EÚ, zásady zákazu zneužívajúceho konania, sa daňový subjekt nesmie dovolávať právnych
noriem „Spoločenstva“ zneužívajúcim spôsobom. Zneužitie a obchádzanie práva sú nepriaznivými
javmi právneho poriadku každého právneho štátu. Pri správe daní sa berie do úvahy skutočný obsah
právneho úkonu a na právne úkony, ktoré nemajú ekonomické opodstatnenie a ktorých výsledkom je
účelové obchádzanie daňovej povinnosti alebo získanie takého daňového zvýhodnenia, na ktoré by inak

nebol daňový subjekt oprávnený, alebo ktorých výsledkom je účelové zníženie daňovej povinnosti, sa
neprihliada. Žalovaný konštatoval, že hlavný cieľ – získanie daňovej výhody musí preukázať daňový
subjekt bez akýchkoľvek pochybností. Žalovaný uviedol, že primárne je nevyhnutné uniesť dôkazné
bremeno na strane daňového subjektu, preto je jeho povinnosťou preukázať, že si nárok uplatnilodôvodnene. Žalovaný v tejto súvislosti poukázal na rozsudok Súdneho dvora Európskej únie vo veci
Halifax v súvislosti s čisto umelým charakterom zdaniteľných obchodov, umelo vytvorenými obchodnými
transakciami s cieľom získať daňovú výhodu, uplatniť právo na odpočítanie dane z takýchto fiktívnych

plnení a čerpať nadmerný odpočet cez spoločnosti zapojené do reťazca. Ďalej poukázal na rozsudok
Súdneho dvora Európskej únie vo veci Recolta Recycling, podľa ktorého vnútroštátnemu súdu prináleží
odmietnuť priznanie práva na odpočet, ak sa vo svetle objektívnych skutočností preukáže, že platiteľ sa
zúčastňuje na plnení, ktoré je súčasťou podvodu. V závere konštatoval, že daňový subjekt nepreukázal
pravdivosť údajov, uvedených v daňovom priznaní a rozdiel v sume 39 560 Eur je správny.

43. Z uvedeného je zrejmé, že vydanými rozhodnutiami bola konštatovaná ekonomická
neopodstatnenosť predmetného plnenia, bez významu pre ďalšiu podnikateľskú činnosť žalobcu,
nadhodnoteniecenyplnenia,jehoneaktuálnosťaneúčelnosť,absenciavierohodnostiobsahufakturácie,
existencia pochybného reťazca, uplatňovanie práva zneužívajúcim spôsobom a možnosť podvodného
konania, aj s ohľadom na falšovanie podpisov, absencia bežného podnikateľského správania, absencia

pravdivosti údajov. Daňové orgány teda vo svojich úvahách nerozlišovali medzi jednotlivými inštitútmi
odňatia práva na odpočítanie dane a tieto inštitúty im splývali do jedného celku, čo je neprípustné.
Zmiešaním rôznych dôvodov (tzv. mix dôvodov), ktoré viedli daňové orgány k odopretiu práva na
odpočet u žalobcu, bola založená vada zmätočnosti vydaných rozhodnutí a ich vnútornej rozpornosti,
v nadväznosti na ktorú potom nebolo v predmetnom konaní správne ustálené ani to, komu prináleží

dôkazné bremeno (daňové orgány pripisovali dôkazné bremeno výlučne žalobcovi a nezaoberali sa
vlastnou dôkaznou povinnosťou vo vzťahu k možnej existencii zneužitia práva, eventuálne k existencii
daňového podvodu na strane žalobcu a jeho účasti na ňom), ani tým, či je potrebné vykonať vedomostný
test, resp. ako ho daňové orgány vyhodnotili vo vzťahu k žalobcovi, z akého dôvodu a akými dôkazmi
bola prítomnosť vedomosti žalobcu preukázaná. Z vydaných rozhodnutí nie je zrejmé ani to, ako na

zistený skutkový stav aplikovali konkrétny inštitút, z akých dôvodov sa priklonili k existencii toho-ktorého
inštitútu a ako v tejto súvislosti hodnotili získané dôkazy. Daňové orgány vykonali rozsiahle zisťovanie
skutkového stavu, ktorého výsledkom však bola len formulácia neurčitých podozrení, nie presvedčivých
záverov, ktoré by bolo možné podrobiť súdnemu prieskumu.

44.Správnysúdnatomtomiesteuvádza,žezákladnéhmotnoprávne(formálneamateriálne)podmienky
pre uplatnenie práva na odpočítanie dane sú vymedzené zákonom. V prípade, že nie sú splnené
hmotnoprávne podmienky na odpočet DPH (na zisťovanie ktorých sa daňové orgány zameriavajú
primárne), nie je možné právo na odpočet priznať. Na rozdiel od nedostatku hmotnoprávnych
podmienok, inštitúty daňového podvodu a zneužitia práva predpokladajú určitú formu vedomého

nežiaduceho (protiprávneho) konania zo strany daňového subjektu, pričom takéto konanie je v rozpore
s platným právom, resp. ho obchádza, a navodzuje dojem súladnosti so zákonom. Zneužitie práva
v zmysle rozhodovacej činnosti Súdneho dvora Európske únie (ďalej len „SD EÚ“), napr. rozhodnutia
SD EÚ vo veci Halifax, C-255/02, na ktoré poukazujú aj daňové orgány v danej veci, vykazuje znaky,
ktoré je v konaní potrebné preukázať: v prvom rade ide o umelú konštrukciu, zbavenú hospodárskej

reality spôsobom „bežný podnikateľ by to tak neurobil“ a vytvorenú za účelom dosiahnuť daňovú
výhodu, ktorá je jej hlavným cieľom. Zneužitie práva sa vyznačuje formálnym dodržaním zákonných
podmienok, avšak získanie daňovej výhody je v rozpore s účelom a cieľom daňových noriem, alebo
ich obchádza. Získanie daňovej výhody pritom predpokladá vôľu a vedomosť konkrétneho subjektu
ju získať. Dôsledkom zistenia zneužitia práva by malo byť zbavenie konkrétnej transakcie umelých

(zneužívajúcich) prvkov, nie však úplná strata práva na odpočítanie dane, ako je to pri daňovom
podvode. V prípade preukazovania zneužitia práva je dôkazné bremeno prenesené na daňový orgán,
ktorý existenciu takéhoto konania musí dostatočne preukázať inak, než len na základe domnienok (por.
rozhodnutia SD EÚ vo veci Ferimet SL, C-281/20, Crewprint Kft., C-611/19). Vzhľadom na uvedené
je vzájomná kombinácia dôvodov a inštitútov nepriznania práva na odpočet vylúčená. Správny súd

poukazuje v tejto súvislosti aj na závery SD EÚ vo veci Vikingo, C-610/2019, podľa ktorých „Smernica
Rady 2006/112/ES z 28. novembra 2006 o spoločnom systéme dane z pridanej hodnoty v spojení
so zásadami daňovej neutrality, efektivity a proporcionality sa má vykladať v to zmysle, že bráni
vnútroštátnej praxi, na základe ktorej daňový orgán zamietne zdaniteľnej osobe právo na odpočítanie
dane z pridanej hodnoty zaplatenej za nadobudnutie tovaru, ktorý jej bol dodaný, z dôvodu, že faktúry

týkajúce sa týchto nákupov nemožno považovať za hodnoverné, pretože po prvé osoba, ktorá vyhotovila
faktúru, uvedený tovar nemohla z dôvodu nedostatku potrebných materiálnych a ľudských zdrojov
vyrobiť ani dodať, čiže tento tovar bol v skutočnosti nadobudnutý od inej osoby, ktorej totožnosť
nebola určená, po druhé neboli dodržané vnútroštátne právne predpisy v oblasti účtovníctva, po tretiedodávateľský reťazec, ktorý viedol k uvedeným nákupom, nebol ekonomicky opodstatnený a po štvrté
v prípade niektorých predchádzajúcich transakcií, ktoré boli súčasťou tohto dodávateľského reťazca,
sa vyskytli nezrovnalosti. Takéto zamietnutie je možné len vtedy, ak je právne dostatočným spôsobom

preukázané, že sa zdaniteľná osoba aktívne podieľala na daňovom podvode alebo vedela, alebo mala
vedieť, že sú uvedené transakcie súčasťou daňového podvodu, ktorého sa dopustila osoba, ktorá
vyhotovila faktúru alebo akýkoľvek iný subjekt vystupujúci na predchádzajúcom stupni uvedeného
dodávateľského reťazca, čo prináleží overiť vnútroštátnemu súdu“.

45. Súd zdôrazňuje, že odmietnutie práva na odpočítanie dane si vyžaduje presnú a zrozumiteľnú
identifikáciu jeho dôvodov a v prípade zistenia protiprávneho konania v podobe daňového podvodu
či zneužitia práva, aj jeho znakov vo vzťahu k tomu, komu sa právo odníma, ako aj vymedzenie
úloh, postavenia, činností, ktorými sa na takomto konaní dotknutý subjekt podieľal a vedomosti o
ňom, a to na základe jednoznačných dôkazov, vyplývajúcich z vykonaného dokazovania, ktoré musia
byť pre unesenie dôkazného bremena postačujúce. V prejednávanej veci závery daňových orgánov

nezodpovedajú požadovaným kritériám ani zásadám logického myslenia, sú mätúce, nejednoznačné
a nie sú opatrené dostatočnými a zrozumiteľnými úvahami v súlade s § 63 ods. 5 Daňového poriadku.
Ak mali daňové orgány v úmysle založiť svoje rozhodnutia na nesplnení hmotnoprávnych podmienok,
mali svoje závery riadne odôvodniť, primárne vo vzťahu k samotnému žalobcovi, v nadväznosti na
jeho dôkaznú povinnosť a jej (ne)splnenie, resp. zaoberať sa dodaním služby (dokumentu Analýza)

z hľadiska zistených skutkových okolností pri podrobnej analýze získaných dôkazov a jednoznačne
ustáliť konkrétny dôvod nesplnenia hmotnoprávnych podmienok tak, ako je formulovaný v zákone, čo
však nebolo splnené. Daňové orgány formulovali vo vzťahu ku skúmaniu hmotnoprávnych podmienok
viaceré úvahy, ktoré neboli definitívne uzavreté, a nezohľadnili ani skutočnosť, že Analýza bola v danom
konaní reálne dodaná a služba uhradená.

46. Zamietnutie práva na odpočet dane je možné aj vtedy, ak je právne dostatočným spôsobom
preukázané, že sa zdaniteľná osoba aktívne podieľala na daňovom podvode alebo vedela, alebo mala
vedieť, že sporné transakcie sú súčasťou daňového podvodu, prípadne ak došlo k zneužitiu práva, čo
však daňové orgány v predmetnom daňovom konaní neskúmali, a teda ani nepreukázali. Ak daňové

orgány zistili existenciu umelo vytvoreného reťazca, ktorého cieľom bolo dosiahnutie daňovej výhody,
a na týchto skutočnostiach mali v úmysle založiť dôvody svojich rozhodnutí, boli povinné preukazovať
subjektívnu aj objektívnu stránku takéhoto konania a presne špecifikovať podobu daňovej výhody na
strane žalobcu, pri súčasnom splnení vlastnej dôkaznej povinnosti, k čomu však nedošlo.

47. Správny súd preto uzatvára, že absenciou riadneho zdôvodnenia došlo k porušeniu práv žalobcu
a k naplneniu žalobného dôvodu podľa § 191 ods. 1 písm. d) SSP.

48. Správny súd zároveň zistil, že v danej veci je opodstatnený aj žalobný dôvod podľa § 191
ods. 1 písm. e) SSP, spočívajúci v tom, že zistenie skutkového stavu bolo nedostačujúce na riadne

posúdenie veci. V tejto súvislosti správny súd poukazuje na obsah administratívneho spisu, z ktorého
vyplýva, že dňa 06.11.2015 žalovaný v rámci zabezpečenia dokazovania vo vyrubovacom konaní
vystavil objednávku adresovanú Ústavu súdneho inžinierstva Žilinskej univerzity v Žiline, ktorou si
objednal v termíne do 31.12.2015 „znalecký posudok k prebiehajúcemu výkonu daňových kontrol na
zistenie oprávnenosti nadmerných odpočtov u daňového subjektu. Predmetom má byť stanovenie

reálnej hodnoty pre potreby daňovej kontroly.“ O tejto skutočnosti žalobcu informoval oznámením
zo dňa 18.12.2015, ktoré mu bolo doručené dňa 22.12.2015. Urgencie zo strany správcu dane boli
uskutočnené prípismi zo dňa 22.07.2016, 10.01.2017, 11.01.2018, 21.08.2018, 19.12.2019, 20.08.2020,
v ktorých správca dane okrem iného uviedol, že znalecké posúdenie veci nevyhnutne potrebuje. Napriek
uvedenému správca dane ani žalovaný znalecký posudok nezabezpečili a vo vydaných rozhodnutiach

sa so zvoleným postupom a jeho dôvodmi, pre ktoré napokon od požiadavky znaleckého dokazovania
upustili, nevysporiadali.

49. Nielen s ohľadom na postup daňových orgánov, ale aj s poukazom na charakter samotného
dokumentu Analýza, ktorý sa zaoberá okrajovou problematikou s odborným dosahom, je správny súd

presvedčený o tom, že v danej veci existuje potreba znaleckého dokazovania vo vzťahu k odborným
otázkam, najmä vo vzťahu ku skutočnej hodnote Analýzy v konkrétnom čase, jej použiteľnosti v praxi
žalobcu a ďalších s tým súvisiacich otázok, ktoré mohli mať vplyv na výsledok daňového konania a na
odňatie práva na odpočet DPH u žalobcu. Správny súd zastáva názor, že skutkový stav v danej vecinebol dostatočne zistený, pretože daňové orgány napriek potrebe znaleckého dokazovania v konaní
nezabezpečiliznaleckýposudoktak,abymohlikvalifikovanerozhodnúťospornýchodbornýchotázkach,
nastolených v danej veci. V súvislosti s uvedeným správny súd poukazuje na obdobný právny názor

vyjadrený v rozhodnutiach NSS SR sp. zn. 3Sfk/132/2022 zo dňa 20.02.2025, 5Sfk/31/2023 zo dňa
19.12.2024, 1Sfk/118/2022 zo dňa 27.11.2022. Len okrajovo správny súd poukazuje na argumentáciu
uvedenú v rozsudku NSS SR sp. zn. 3Sfk/132/2022 zo dňa 20.02.2025 (body 28. a nasl.), s ktorou
sa v plnom rozsahu stotožňuje, a podľa ktorej: „Pre daňové konanie vo všeobecnosti platí, že
dokazovanie vedie správca dane, pričom dbá, aby skutočnosti nevyhnutné na účely správy daní

boli zistené čo najúplnejšie. Ako dôkaz možno pritom použiť všetko, čo môže prispieť k zisteniu a
objasneniu skutočností rozhodujúcich pre správne určenie dane. Voľba druhu dôkazného prostriedku
závisí od otázky, ktorú je potrebné objasniť. Úlohou znalca pri správe daní je odborné posúdenie
skutočností rozhodných pre správne určenie dane. Pre odborné posúdenie skutočností dôležitých
pre správne určenie dane môže správca dane požiadať znalca o vypracovanie znaleckého posudku
alebo odborného stanoviska, čo v danej veci aj urobil...Sťažovateľ tak nepredložil žiadnu relevantnú

argumentáciu, na základe ktorej by bolo možné spochybniť správnosť záveru krajského súdu, že
zistenie skutkového stavu orgánom verejnej správy bolo nedostačujúce na riadne posúdenie veci a
že závery daňových orgánov o nesplnení hmotnoprávnych podmienok pre odpočet dane žalobcom sú
predčasné. V nadväznosti na uvedené možno potvrdiť správnosť záveru správneho súdu, že daňové
orgány rozhodli bez toho, aby mali k dispozícii znalecký posudok, v rámci ktorého malo byť preukázané

používanie technologického zariadenia na kontinuálnu výrobu bioplynu, hoci funkčnosť zariadenia ako
i preverenie skutočnosti, či sporná faktúra súvisela s preverovaným zariadením, sú otázky odborné,
opodstatňujúce postup podľa §25a Daňového poriadku. K žiadnemu výstupu z postupu podľa § 25a
Daňového poriadku však v súdenej veci nedošlo, a to ani v podobe aspoň odborného vyjadrenia.
Sťažovateľ nevyvrátil názor správneho súdu, že v prejednávanej veci bolo potrebné zodpovedať otázky,

ktoré si vyžadujú odborné znalosti a posúdenie odborníkom z príslušnej oblasti, a že znalecký posudok
mal byť významným dôkazom, z ktorého by bolo možné zistiť skutočnosti rozhodujúce pre správne
zistenie a vyrubenie dane. V nadväznosti na uvedené možno ako vecne správny vyhodnotiť aj právny
názor správneho súdu, ktorý v ďalšom konaní uložil správcovi dane povinnosť zabezpečiť si znalecký
posudok resp. iné odborné posúdenie týchto otázok. Správny súd tiež správne poznamenal, že za

účelom zabezpečenia rýchlosti a hospodárnosti konania v záujme splnenia tejto povinnosti je správca
dane oprávnený (a zároveň povinný) využiť i svoje mocenské nástroje dané mu zákonom smerujúce
voči tretím subjektom v prípade ich pasivity. Kasačný súd len na dôvažok dopĺňa, že správca dane
môže v ďalšom konaní zadať vypracovanie znaleckého posudku aj inému znalcovi, pokiaľ je oslovený
znalec nečinný...Nedostatočnosť zistenia skutkového stavu ako procesná vada odôvodňujúca zrušenie

rozhodnutia znamená, že následne je súdny prieskum zo strany správneho súdu vo veci samej vylúčený.
Správny súd môže totiž pristúpiť k právnemu posúdeniu veci samej až vtedy, keď je skutkový stav zo
strany správnych orgánov zistený dostatočne pre takéto právne posúdenie veci. Z tohto dôvodu sa ani
kasačný súd nevenoval sťažnostnej argumentácii v merite veci, ktorou sťažovateľ namietal, že žalobca
neuniesol svoje dôkazné bremeno vo vzťahu k preukázaniu práva na odpočítanie DPH a že daňové

orgány rozhodli správne, keď mu toto právo neuznali.“

50. Rezultujúc uvedené správny súd dospel k záveru, že napadnuté rozhodnutie trpí vadou
nepreskúmateľnosti, konkrétne vadou nezrozumiteľnosti, keďže z napadnutého rozhodnutia nie je
zrejmé, aký záver prijali daňové orgány vo vzťahu k dôvodom pre nepriznanie nadmerného odpočtu

dane žalobcovi, teda či v danej veci žalobcovi toto právo odopreli z dôvodu nesplnenia zákonných
hmotnoprávnych podmienok alebo z dôvodu existencie konania kvalifikovateľného ako zneužite práva
(ev. podvodu), čo sú úplne odlišné inštitúty jednak z hľadiska potreby zabezpečenia určitého rozsahu
skutkových zistení, ako aj z hľadiska identifikácie subjektu dôkazného bremena a potreby uskutočnenia
vedomostného testu. Závery daňových orgánov sú v tomto smere zmätočné a vo vzťahu k aplikácii

uvedených inštitútov na danú vec nepostačujúce. Správny súd tiež zastáva názor, že ani zistenie
skutkového stavu nebolo postačujúce na riadne posúdenie danej veci, keďže daňové orgány rozhodli
bez toho, aby mali k dispozícii znalecký posudok, zadaný na vypracovanie znaleckému ústavu,
predmetom ktorého malo byť stanovenie reálnej hodnoty daňových plnení.

51. Správny súd preto dospel k záveru, že došlo k naplneniu žalobných dôvodov podľa § 191
ods. 1 písm. d), písm. e) SSP, napadnuté rozhodnutie je potrebné ako nezákonné zrušiť a vec
vrátiť na ďalšie konanie žalovanému, ktorý je v ďalšom konaní viazaný právnym názorom správneho
súdu a je povinný zákonným postupom odstrániť vytýkané nedostatky. Bude povinnosťou žalovanéhov ďalšom konaní predovšetkým zabezpečiť znalecký posudok, ktorým bude stanovená reálna hodnota
sporného zdaniteľného plnenia, a v nadväznosti naň daňové orgány budú povinné opätovne vyhodnotiť
všetky okolnosti danej veci. Orgán verejnej správy bude povinný svoje (prípadné) ďalšie rozhodnutie

v danej veci založiť na dostatočných a zrozumiteľných skutkových a právnych dôvodoch, svoje úvahy
presvedčivo vysvetliť, teda najmä sa zaoberať tým, či dôvody a nanovo zistený skutkový stav sú
dostatočné na to, aby žalobcovi bolo možné právo na odpočítanie dane odňať, v prípade existencie
takýchto dôvodov tieto jednoznačne a bez pochybností identifikovať a podradiť pod konkrétny inštitút
odňatia práva na odpočet, v nadväznosti na to ustáliť, koho v danom konaní zaťažuje dôkazné bremeno

a či ho tento subjekt uniesol, ustáliť, či je potrebné uskutočniť vedomostný test, a tiež sa zaoberať
všetkými podmienkami, ktorých splnenie sa vyžaduje na to, aby konkrétny (jeden) inštitút odňatia
práva na odpočet bolo možné aplikovať, vysporiadať sa s otázkami skutkového stavu a hodnotenia
dôkazov v závislosti od konkrétneho aplikovaného inštitútu, a všetky úvahy v tomto smere dostatočne,
zrozumiteľne, presvedčivo a jednoznačne odôvodniť.

52. Pre úplnosť súd dodáva, že ďalšími žalobnými námietkami [žalobné dôvody podľa § 191 ods. 1 písm.
c), písm. g) SSP] sa nezaoberal, keďže ich hodnotenie je s ohľadom na vytýkané vady preskúmavaných
rozhodnutí v podobe ich nezrozumiteľnosti a nedostatočného zistenia skutkového stavu v tomto konaní
predčasné. Až po tom, ako budú tieto vady v ďalšom konaní zo strany žalovaného odstránené, bude
možné sa zaoberať aj právnou stránkou veci, prípadne ďalšími otázkami. Pokiaľ ide o znalecký posudok

z 02.09.2024 z inej daňovej veci, ktorý bol súdu predložený zo strany žalobcu, správny súd dodáva, že
v danej veci dokazovanie nevykonával, keďže to nepovažoval za nevyhnutné pre rozhodnutie vo veci
[§ 119, § 120 písm. a) SSP].

53. Podľa § 191 ods. 6 SSP právnym názorom, ktorý vyslovil správny súd v zrušujúcom rozsudku, je

orgán verejnej správy v ďalšom konaní viazaný. Ak orgán verejnej správy v ďalšom konaní nepostupoval
v súlade s právnym názorom správneho súdu a správny súd opätovne zrušil rozhodnutie orgánu verejnej
správy alebo opatrenie orgánu verejnej správy z tých istých dôvodov, môže správny súd i bez návrhu
v zrušujúcom rozsudku uložiť orgánu verejnej správy pokutu.

54. O náhrade trov konania rozhodol správny súd podľa § 167 ods. 1 SSP a úspešnému žalobcovi
priznal voči žalovanému právo na úplnú náhradu trov konania, o výške ktorej rozhodne správny súd
po právoplatnosti rozhodnutia, ktorým sa konanie končí, samostatným uznesením, ktoré vydá súdny
úradník v zmysle § 175 ods. 2 SSP.

55. Toto rozhodnutie prijal správny súd v senáte pomerom hlasov 3 : 0 (§ 139 ods. 4 veta prvá SSP).

Poučenie:

Proti tomuto rozhodnutiu je prípustná kasačná sťažnosť, ktorú môže podať oprávnený subjekt (§ 442
SSP), a to v lehote 30 dní od jeho doručenia na Správny súd v Bratislave. Zmeškanie lehoty nemožno
odpustiť.

V kasačnej sťažnosti sa má popri všeobecných náležitostiach (§ 57 SSP) uviesť označenie napadnutého
rozhodnutia, údaj, kedy bolo napadnuté rozhodnutie doručené sťažovateľovi, opísanie rozhodujúcich
skutočností, aby bolo zrejmé, v akom rozsahu a z akých dôvodov podľa § 440 SSP sa podáva
(sťažnostné body) a návrh výroku rozhodnutia (sťažnostný návrh). Sťažnostné body možno meniť len

do uplynutia lehoty na podanie kasačnej sťažnosti.

V kasačnej sťažnosti nemožno uplatňovať nové skutočnosti a dôkazy okrem skutočností a dôkazov na
preukázanie prípustnosti a včasnosti podanej kasačnej sťažnosti.

Kasačná sťažnosť nie je prípustná, ak sa opiera o iné dôvody, ako sú uvedené v § 440 SSP, ak sa opiera
o dôvody, ktoré sťažovateľ neuplatnil v konaní pred správnym súdom, v ktorom bolo vydané napadnuté
rozhodnutie, hoci tak urobiť mohol, alebo ak smeruje len proti dôvodom rozhodnutia správneho súdu.
Dôvod kasačnej sťažnosti nemožno vymedziť tak, že sťažovateľ poukáže na svoje podania pred
správnym súdom.V konaní o kasačnej sťažnosti musí byť sťažovateľ alebo opomenutý sťažovateľ zastúpený advokátom.
Kasačná sťažnosť a iné podania sťažovateľa alebo opomenutého sťažovateľa musia byť spísané
advokátom. Povinné zastúpenie advokátom v kasačnom konaní sa nevyžaduje, ak a) má sťažovateľ

aleboopomenutýsťažovateľ,jehozamestnanecalebočlen,ktorýzanehonakasačnomsúdekonáalebo
ho zastupuje, vysokoškolské právnické vzdelanie druhého stupňa; b) ide o konania o správnej žalobe
podľa § 6 ods. 2 písm. c) a d); c) je žalovaným Centrum právnej pomoci.