Rozsudok – Žaloby proti právoplatným… ,
Zrušené Judgement was issued on Wednesday, January 29, 2026

Súd: Správny súd v Bratislave
Spisová značka: 3Sf/95/2024

Identifikačné číslo súdneho spisu: 0724101550
Dátum vydania rozhodnutia: 29. 01. 2026
Meno a priezvisko sudcu, VSÚ: JUDr. Vladimíra Slobodová, LL.M

ECLI: ECLI:SK:SpSBA:2026:0724101550.2

ROZSUDOK V MENE

SLOVENSKEJ REPUBLIKY

Správny súd v Bratislave v senáte zloženom z predsedníčky senátu JUDr. Vladimíry Slobodovej

LL.M a členov senátu JUDr. Davida Žáka a JUDr. Daniely Uhríkovej v právnej veci žalobcu: A. B.,
nar. XX.XX.XXXX, C. XXXX/XX, D., IČO: 34 761 543, zastúpený advokátom: JUDr. Ivo Babjak, AK
so sídlom Sovietskych hrdinov 200/33, Svidník proti žalovanému: Finančné riaditeľstvo Slovenskej
republiky, so sídlom Lazovná 63, Banská Bystrica, o preskúmanie zákonnosti rozhodnutia žalovaného
č. 102458908/2024 zo dňa 26.08.2024, takto

r o z h o d o l :

I. Správny súd zrušuje rozhodnutie žalovaného Finančného riaditeľstva Slovenskej republiky č.
102458908/2024 zo dňa 26.08.2024 a rozhodnutie Daňového úradu Nitra, pobočka Šaľa č. č.

101717187/2024zodňa17.6.2024avecvraciaorgánuverejnejsprávyprvéhostupňanaďalšiekonanie.

II. Žalobcovi priznáva voči žalovanému právo na úplnú náhradu trov konania.

o d ô v o d n e n i e :

I.
Priebeh administratívneho konania

1. Daňový úrad Nitra (ďalej len „správca dane“) vykonal u žalobcu daňovú kontrolu na zistenie
oprávnenosti nároku na vrátenie nadmerného odpočtu DPH vo výške XX XXX,XX eur za zdaňovacie

obdobie júl 2014. Daňová kontrola sa začala dňa 09.10.2014, v lehote na vrátenie nadmerného odpočtu,
správca dane vrátenie nadmerného odpočtu pozdržal podľa § 79 ods. 6 zákona č. 222/2004 Z. z. o dani
z pridanej hodnoty v znení neskorších predpisov (ďalej len „zákon o DPH“). Daňová kontrola skončila
dňa 29.10.2016.
2. Žalobca podal dňa 20.08.2014 daňové priznanie k dani z pridanej hodnoty za zdaňovacie obdobie
júl 2014, v ktorom si vyčíslil nadmerný odpočet dane z pridanej hodnoty vo výške XX XXX,XX eur. Vo
vyrubovacom konaní správca dane v poradí tretím rozhodnutím č. 101023186/2024 zo dňa 03.04.2024

(právoplatné dňa 03.04.2024) určil daňovému subjektu rozdiel vo výške X,XX eur na dani z pridanej
hodnoty za zdaňovacie obdobie júl 2014 a priznal nadmerný odpočet na DPH vo výške XX XXX,XX
eur. Správca dane vrátil žalobcovi dňa 12.04.2024 časť nadmerného odpočtu za zdaňovacie obdobie
júl 2014 vo výške XX XXX,XX eur a časť vo výške XX XXX,XX eur použil v zmysle § 79 ods. 1 a ods.
7 zákona č. 563/2009 Z. z. o správe daní (daňový poriadok) a o zmene a doplnení niektorých zákonov
(ďalej len „daňový poriadok“) na čiastočnú úhradu daňového nedoplatku na dani z pridanej hodnoty
za zdaňovacie obdobie marec 2015 vzniknutého na základe rozhodnutia č. 102033086/2021 zo dňa

27.10.2021, o čom bol žalobca upovedomený.
3. Správca dane priznal rozhodnutím č. 101717187/2024 zo dňa 17.6.2024 (ďalej len „prvostupňové
rozhodnutie“) žalobcovi podľa § 79a ods. 3 o DPH úrok z nadmerného odpočtu za zdaňovacie obdobie
júl 2014 v sume X XXX,XX eur. Úrok bol vypočítaný za obdobie z ročnej úrokovej sadzby 1,5 % ( v rokoch2014 – 2022) , 2,5 % v r. 2023 a 4,5% v r. 2024 zo sumy vráteného nadmerného odpočtu XX.XXX,XX eur.
Úrok priznal za každý deň zadržania nadmerného odpočtu od 11.04.2015 (deň nasledujúci po uplynutí
šiestich mesiacov od posledného dňa lehoty na vrátenie nadmerného odpočtu podľa § 79a ods. 1, 2

zákona o DPH) do 12.4.2024 (deň vrátenia nadmerného odpočtu), t. j. za 3290 dní jeho zadržania.
4. Žalovaný rozhodnutím č. 102458908/2024 zo dňa 26.08.2024 (ďalej len „druhostupňové rozhodnutie“)
potvrdil prvostupňové rozhodnutie správcu dane. Žalovaný odmietol argument žalobcu, že úrok mal byť
priznaný podľa ustanovenia § 79 ods. 3 daňového poriadku argumentujúc tým, že kompenzácia vo forme
úroku zo sumy zadržaného nadmerného odpočtu počas vykonávania daňovej kontroly nemôže mať

povahu sankcie pre správcu dane. Zadržanie finančných prostriedkov po dobu nevyhnutnú na vykonanie
daňovej kontroly je aj podľa judikatúry Súdneho dvora Európskej únie (ďalej len „Súdny dvor EÚ“)
oprávnené a legitímne, nakoľko slúži na preverenie skutočností potrebných pre správne určenie dane a
na predchádzanie a odhaľovanie daňových podvodov. Túto kompenzáciu, ktorá bola do zákona o DPH
zakomponovaná s účinnosťou od 01.01.2017 (§79a), je nutné odlíšiť od úroku z nadmerného odpočtu
podľa § 79 Daňového poriadku, ktorý patrí platiteľovi pri vrátení nadmerného odpočtu od uplynutia

zákonných lehôt, v ktorých je správca dane povinný nadmerný odpočet vrátiť a nedodržanie týchto lehôt
má pre správcu dane povahu sankcie, za porušenie povinnosti stanovenej zákonom.
II.
Žaloba

5. Žalobca sa včas podanou správnou žalobou doručenou súdu dňa 10.10.2024 domáhal preskúmania
zákonnosti prvostupňového aj napadnutého rozhodnutia, ich zrušenia a vrátenia veci orgánu verejnej
správy prvého stupňa na ďalšie konanie; uplatnil si nárok na náhradu trov konania.
6. Žalobca namietal, že obe rozhodnutia boli vydané v rozpore so zákonom na základe nesprávneho
právneho posúdenia veci. Uviedol, že si v administratívnom konaní uplatnil priznať úrok z nadmerného

odpočtu zadržaného správcom dane počas daňovej kontroly ( od 9.10.2014 do 29.10.2016). V krátkosti
zhrnul, že nadmerný odpočet vo výške XX XXX,XX eur mu zadržal správca dane bez právneho dôvodu
89mesiacov,od11.10.2014do18.04.2024,t.j.nadobvyklúlehotupodľa§79ods.1,2a5zákonaoDPH.
Tým sa dostal do finančnej nevýhody oproti tým daňovým subjektom, ktorým bol vrátený (uplatnený)
nadmernýodpočetvobvyklejlehote.Potvrdil,žepodaldaňovépriznaniekDPHdňa20.8.2014,uplatnilsi

nárok na vrátenie nadmerného odpočtu v sume XX.XXX,XX eur, lehota na vrátenie nadmerného odpočtu
v zmysle § 79 ods. 1 zákona o DPH uplynula dňa 11.10.2014, správca dane vykonal u neho daňovú
kontrolu od 09.10.2014 do 29.10.2016. Dňa 03.04.2024 vydal správca dane rozhodnutie, ktorým mu
okrem iného priznal nadmerný odpočet v sume XX XXX,XX eur. Časť vo výške 41 140,79 eur mu bola
vrátená dňa 18.04.2024 a zvyšná časť v sume XX XXX,XX eur bola dňa 04.04.2024 preúčtovaná na

úhradu daňových nedoplatkov.
7. Žalobca namieta nesprávnosť aplikácie § 79a ods. 3 zákona o DPH pri výpočte úrokov zo zadržaného
nadmerného odpočtu počas daňovej kontroly, lebo je to v rozpore s výkladom článku 183 Smernice
Rady 2006/112/ES, ktorý uviedol Súdny dvor EÚ v rozsudku vo veci C-107/10, osobitne v uznesení
vo veci C-120/15 zo dňa 21.10.2015 ( Kovozber), body 22, 38 až 58. Namieta použitie § 79a ods.

3 zákona o DPH aj z dôvodu, že daňová kontrola bola vykonávaná pred účinnosťou tohto zákonného
ustanovenia. Vzhľadom na zásadu zákazu retroaktivity ani prípadný súlad § 79a zákona o DPH s
článkom 183 Smernice nie je možné aplikovať na výpočet úrokov zo zadržaného nadmerného odpočtu
pri daňových kontrolách, ktoré boli ukončené do 31.12.2016. Aj v zmysle rozsudku Súdneho dvora EÚ
( ďalej len „Súdny dvor“) vo veci zn. C-107/10 Enel Marica Iztok 3 AD sa musia úroky z nadmerného

odpočtu vráteného po daňovej kontrole vypočítať odo dňa, kedy mal byť nadmerný odpočet vrátený
podľa podaného daňového priznania, ak by daňová kontrola nebola začatá. Otázku všeobecnej lehoty
na vrátenie nadmerného odpočtu riešil aj NS SR v konaní pod sp. zn. 5 Sžfk/33/2017 zo dňa 28.03.2019.
8. Žalobca pripustil možnosť zadržať nadmerný odpočet počas daňovej kontroly správcom dane, čím
sa predĺži všeobecná lehota podľa § 79 ods. 1 a 2, alebo ods. 5 zákona o DPH, ale len na primeranú

dobu, ktorá podľa Súdneho dvoru neprekračuje medze toho, čo je nevyhnutné na riadne vykonanie
tejto daňovej kontroly. Podľa vyjadrenia žalobcu výška úroku by zodpovedala zásadám ekvivalencie a
efektivity,akbybolaurčenávnadväznostinaustanovenie§79ods.3daňovéhoporiadku.Podľažalobcu
sa týmto právnym názorom riadil aj Najvyšší súd SR vo svojich rozsudkoch sp. zn. 8Sžf/71/2016 zo dňa
31.01.2019 (bod 6,26), sp. zn. 5Sžfk/33/2017 zo dňa 28.03.2019 (bod 59), sp. zn. 5Sžfk/60/2018 zo

dňa 19.06.2019 (bod 54), sp. zn. 1Sžfk/75/2017 zo dňa 27.06.2019 (bod 45), sp. zn. 2Sžfk/20/2017 zo
dňa 31.07.2019 (bod 44). Na podporu dôvodnosti svojej žaloby odkázal na mnohé rozhodnutia Súdneho
dvora, pr. : C-151/23 ZSE Elektrárne, C-286/94 Garage Molenheide, C-25/07 E. F., C-431/12 Rafinaria
Steaua Romana.III.
Vyjadrenie žalovaného

9. Žalovaný v písomnom vyjadrení k žalobe navrhol žalobu ako bezdôvodnú zamietnuť. Reagujúc na
žalobné námietky žalobcu uviedol, že z článku 183 Smernice 2006/112/ES vyplýva, že ak vznikne
nadmerný odpočet, členské štáty ho môžu preniesť do nasledujúceho obdobia alebo ho vrátiť v súlade s
podmienkami, ktoré si tieto členské štáty ustanovia vo svojej vnútroštátnej právnej úprave DPH. Článok
183 bol do zákona č. 222/2004 Z. z. prevzatý cez § 79. Z rozhodnutí Súdneho dvora vo veciach C-107/10

z 12.05.2011 (Enel Marica Iztok 3 AD) a C-120/15 z 21.10.2015 (Kovozber) mu nevyplýva, že § 79a
zákona o DPH by bol v rozpore s čl. 183 Smernice Rady č. 2006/112/ES, právom EÚ alebo judikatúrou
Súdneho dvora. Nárok na finančnú náhradu za zadržanie nadmerného odpočtu bol doplnený do zákona
o DPH zákonom č. 297/2016 Z. z. s účinnosťou od 01.01.2017 cez § 79a. Z § 79a ods. 1 zákona o DPH
vyplýva, že štát si ponecháva šesť mesiacov od posledného dňa lehoty na vrátenie nadmerného odpočtu
podľa § 79 ods. 1, 2 alebo ods. 5, aby uplatnil svoju právomoc kontrolovať správnosť výšky uplatneného

nadmerného odpočtu bez toho, aby sa na toto obdobie vzťahoval nárok na úrok z nadmerného odpočtu.
Zadržanie finančných prostriedkov po dobu nevyhnutnú na vykonanie daňovej kontroly je oprávnené.
Kompenzáciu danú § 79a zákona o DPH je nutné odlíšiť od úroku z nadmerného odpočtu podľa § 79
daňového poriadku, ktorý patrí platiteľovi pri vrátení nadmerného odpočtu od uplynutia zákonných lehôt,
v ktorých je správca dane povinný nadmerný odpočet vrátiť.

IV.
Replika žalobcu

10. Žalobca v replike zo dňa 08.05.2025 zotrval na žalobe odvolávajúc sa na jej obsah. Zhrnul svoje
žalobné námietky: 1) vnútroštátna právna úprava § 79a zákona o DPH účinná od 01.01.2017 je v

rozpore s výkladom článku 183 Smernice Rady 2006/112/ES podaným Súdnym dvorom v rozsudku
vo veci C-107/10 a nemôže byť aplikovaná na výpočet úrokov zo zadržaného nadmerného odpočtu
počas daňovej kontroly; 2) § 79a zákona o DPH účinný od 01.01.2017 nemôže byť aplikovaný na jeho
konkrétny prípad, pretože daňová kontrola bola zrealizovaná pred účinnosťou § 79a zákona o DPH (od
09.10.2014 do 29.10.2016). NA podporu svojich tvrdení poukázal na uznesenie Najvyššieho správneho

súdu SR sp. zn. 2Sžfk/42/2020 zo dňa 28.03.2024.

11. Žalovaný sa k replike žalobcu nevyjadril.

V.

Relevantná právna úprava

12. Podľa čl. 7 ods. 2 zákona č. 460/1992 Zb. v znení neskorších predpisov (ďalej len „Ústavy SR“),
Slovenská republika môže medzinárodnou zmluvou, ktorá bola ratifikovaná a vyhlásená spôsobom
ustanoveným zákonom, alebo na základe takej zmluvy preniesť výkon časti svojich práv na Európske

spoločenstvá a Európsku úniu. Právne záväzné akty Európskych spoločenstiev a Európskej únie
majú prednosť pred zákonmi Slovenskej republiky. Prevzatie právne záväzných aktov, ktoré vyžadujú
implementáciu, sa vykoná zákonom alebo nariadením vlády podľa čl. 120 ods. 2.
13. Podľa článku 183 Smernice Rady 2006/112/ES z 28. novembra 2006 o spoločnom systéme dane
z pridanej hodnoty ak za dané zdaňovacie obdobie výška odpočítanej dane prevyšuje výšku splatnej

DPH, členské štáty môžu rozdiel buď preniesť do nasledujúceho obdobia, alebo ho vrátiť v súlade s
podmienkami, ktoré určia. Členské štáty však môžu odmietnuť preniesť alebo vrátiť rozdiel, ak výška
nadmerného odpočtu predstavuje zanedbateľnú sumu.

14. Podľa § 6 ods. 1 zákona č. 162/2015 Z. z. Správny súdny poriadok v znení neskorších predpisov

( ďalej len „SSP“), správne súdy v správnom súdnictve preskúmavajú na základe žalôb zákonnosť
rozhodnutí orgánov verejnej správy, opatrení orgánov verejnej správy a iných zásahov orgánov verejnej
správy, poskytujú ochranu pred nečinnosťou orgánov verejnej správy a rozhodujú v ďalších veciach
ustanovených týmto zákonom.

15. Podľa § 119, prvá veta SSP, správny súd vychádza zo skutkového stavu zisteného orgánom verejnej
správy, ak tento zákon neustanovuje inak.16. Podľa § 134 ods. 1 SSP, správny súd je viazaný rozsahom a dôvodmi žaloby, ak nie je ďalej
ustanovené inak.

17. Podľa § 135 ods. 1 SSP, na rozhodnutie správneho súdu je rozhodujúci stav v čase právoplatnosti
rozhodnutia orgánu verejnej správy alebo v čase vydania opatrenia orgánu verejnej správy.

18. Podľa § 44 ods. 1 zákona č. 563/2009 Z. z. o správe daní a o zmene a doplnení niektorých zákonov
( ďalej len „daňový poriadok“ alebo „DP“), daňovou kontrolou správca dane zisťuje alebo preveruje

skutočnosti rozhodujúce pre správne určenie dane alebo dodržiavanie ustanovení osobitných predpisov.
Daňová kontrola sa vykonáva v rozsahu, ktorý je nevyhnutne potrebný na dosiahnutie jej účelu.

19. Podľa § 79 ods. 3 daňového poriadku v znení účinnom do 31.12.2016, ak správca dane vráti
daňový preplatok po lehote ustanovenej v odseku 2, je povinný v lehote do 15 dní od vrátenia daňového
preplatku rozhodnúť o priznaní úroku zo sumy daňového preplatku, ak jeho výška presiahne sumu 5

eur. Pri výpočte úroku sa použije trojnásobok základnej úrokovej sadzby Európskej centrálnej banky
platnej v posledný deň lehoty, v ktorej mala byť suma daňového preplatku podľa tohto zákona vrátená;
ak trojnásobok základnej úrokovej sadzby Európskej centrálnej banky nedosiahne 10%, pri výpočte
úroku sa namiesto trojnásobku základnej úrokovej sadzby Európskej centrálnej banky použije ročná
úroková sadzba 10%. Úrok sa priznáva za každý deň omeškania. Správca dane tento úrok zaplatí do

15 dní od doručenia rozhodnutia o priznaní úroku. Ak správca dane eviduje voči daňovému subjektu
daňový nedoplatok, použije tento úrok alebo jeho časť v lehote na jeho zaplatenie podľa § 55 ods.
6 a 7. Rovnako správca dane zaplatí daňovému subjektu úrok aj v prípadoch oneskoreného vrátenia
nadmerného odpočtu a spotrebnej dane, na ktorú bolo uplatnené jej vrátenie, ak sa nadmerný odpočet
a spotrebná daň nepoužijú podľa § 55 ods. 6 a 7.

20. Podľa § 79 ods. 1 zákona o DPH účinný do 31.12.2016, ak v zdaňovacom období vznikne platiteľovi
nadmerný odpočet, odpočíta platiteľ nadmerný odpočet od vlastnej daňovej povinnosti v nasledujúcom
zdaňovacom období s výnimkou podľa odseku 2. Ak platiteľ nemôže odpočítať nadmerný odpočet
od vlastnej daňovej povinnosti v nasledujúcom zdaňovacom období, daňový úrad vráti neodpočítaný

nadmerný odpočet alebo jeho neodpočítanú časť do 30 dní od podania daňového priznania za
zdaňovacie obdobie nasledujúce po zdaňovacom období, v ktorom nadmerný odpočet vznikol alebo
do 30 dní od uplynutia lehoty na podanie daňového priznania, ak platiteľ nebol povinný po dať daňové
priznanie (§ 78 ods. 1) za zdaňovacie obdobie nasledujúce po zdaňovacom období, v ktorom nadmerný
odpočet vznikol. Ak platiteľovi vznikne nadmerný odpočet v poslednom zdaňovacom období, v ktorom

prestal byť platiteľom, nadmerný odpočet daňový úrad vráti do 30 dní od uplynutia lehoty na podanie
daňového priznania za toto zdaňovacie obdobie. Na účely tohto zákona sa nadmerným odpočtom
rozumie prevýšenie celkovej výšky odpočítateľnej dane za príslušné zdaňovacie obdobie nad celkovou
výškou dane za príslušné zdaňovacie obdobie okrem dane pri dovoze tovaru.
21. Podľa § 79 ods. 2 zákona o DPH účinnom do 31.12.2016, daňový úrad vráti nadmerný odpočet

do 30 dní od uplynutia lehoty na podanie daňového priznania za zdaňovacie obdobie, v ktorom
nadmerný odpočet vznikol, ak zdaňovacím obdobím platiteľa je kalendárny mesiac (písm. a/), platiteľ
bol platiteľom najmenej 12 kalendárnych mesiacov pred skončením kalendárneho mesiaca, v ktorom
nadmernýodpočetvznikol(písm.b/),aplatiteľnemalvobdobí6kalendárnychmesiacovpredskončením
kalendárneho mesiaca, v ktorom nadmerný odpočet vznikol, daňové nedoplatky a colné nedoplatky voči

daňovému úradu a colnému úradu a nedoplatky na povinných odvodoch poistného podľa osobitných
predpisov v súhrne viac ako 1 000 eur (písm. c/).
22. Podľa § 79a ods. 1 zákona o DPH v znení účinnom od 1.1.2017, ak daňový úrad začal daňovú
kontrolu v lehote na vrátenie nadmerného odpočtu podľa § 79 ods. 1, 2 alebo ods. 5 a nadmerný odpočet
nebolvrátenýdouplynutiašiestichmesiacovodposlednéhodňalehotynavrátenienadmernéhoodpočtu

podľa § 79 ods. 1, 2 alebo ods. 5, platiteľ má nárok na náhradu za zadržanie nadmerného odpočtu (ďalej
len "úrok z nadmerného odpočtu") podľa odseku 2.
23. Podľa § 79a ods. 2 zákona o DPH v znení účinnom od 1.1.2017, platiteľ má nárok na úrok z
nadmerného odpočtu vo výške dvojnásobku základnej úrokovej sadzby Európskej centrálnej banky
platnej prvý deň kalendárneho roka, za ktorý sa úrok počíta, a ak tento dvojnásobok základnej úrokovej

sadzby nedosiahne 1,5%, pri výpočte úroku z nadmerného odpočtu sa použije ročná úroková sadzba vo
výške 1,5%. Úrok sa vypočíta zo sumy vráteného nadmerného odpočtu, a to za každý deň od uplynutia
šiestich mesiacov odo dňa nasledujúceho po uplynutí lehoty na vrátenie nadmerného odpočtu podľa §
79 ods. 1, 2 alebo ods. 5 do dňa jeho vrátenia vrátane.24. Podľa § 79a ods. 3 zákona o DPH v znení účinnom od 1.1.2017, o priznaní úroku z nadmerného
odpočtu podľa odsekov 1 a 2 daňový úrad rozhodne do 15 dní od vrátenia nadmerného odpočtu a úrok
z nadmerného odpočtu platiteľovi zaplatí do 15 dní odo dňa nadobudnutia právoplatnosti rozhodnutia

o priznaní úroku z nadmerného odpočtu.
25. Podľa § 85ke prechodných ustanovení zákona o DPH k úpravám účinným od 1. januára 2017 má
platiteľ nárok na úrok z nadmerného odpočtu podľa § 79a, aj keď daňová kontrola v lehote na vrátenie
nadmerného odpočtu podľa § 79 ods. 1, 2 alebo ods. 5 začala pred 1. januárom 2017 a k 1. januáru 2017
nebola skončená. Ustanovenie § 79a sa neuplatní, ak daňová kontrola v lehote na vrátenie nadmerného

odpočtu podľa § 79 ods. 1, 2 alebo ods. 5 bola skončená do 31. decembra 2016 vrátane.

VI.
Konanie na správnom súde

26. Správny súd ako súd príslušný na konanie, po vyhodnotení, že správna žaloba je prípustná (§ 6, § 7

SSP), bola podaná včas, oprávnenou osobou, zastúpenou advokátom, obsahovala zákonom stanovené
náležitosti, po oboznámení sa s obsahom spisového materiálu a administratívneho spisu, preskúmal v
medziach žalobného návrhu a podstatných žalobných bodov (§ 134 ods. 1 SSP v spojení s § 183 SSP)
napadnuté rozhodnutia, ako aj postup predchádzajúci ich vydaniu, vychádzajúc zo stavu existujúceho v
čase právoplatnosti rozhodnutia (§ 135 ods. 1 SSP) a zo skutkového stavu zisteného orgánom verejnej

správy (§ 119 SSP), za splnenia procesných podmienok (§ 107 ods. 1 písm. a/ SSP) vec prejednal dňa
29. januára 2026 na pojednávaní a po preskúmaní veci dospel k záveru, že žaloba je dôvodná.

VII.
Právne posúdenie veci správnym súdom

27. Predmetom konania bolo preskúmať zákonnosť napadnutého rozhodnutia žalovaného, ktorým
potvrdil prvostupňové rozhodnutie správcu dane o priznaní úroku z nadmerného odpočtu za zdaňovacie
obdobie júl 2014 v sume X XXX,XX eur podľa § 79a ods. 3 o DPH.

28. Súd sa oboznámil z obsahom administratívneho spisu a zistil, že zistený skutkový stav v napadnutom
i prvostupňovom rozhodnutí korešponduje s obsahom administratívneho spisu a skutkový stav nebol
medzi stranami sporný. Sporným medzi účastníkmi konania nebolo, že žalobca má nárok na náhradu
za zadržanie nadmerného odpočtu DPH.

29.Vzhľadomnaobsahžalobnýchbodovanamietanienesprávnehoprávnehoposúdeniavecižalobcom
si súd ustálil kľúčové právne otázky: 1) aká právna úprava má byť aplikovaná v prípade uplatneného
nároku na náhradu za zadržanie nadmerného odpočtu DPH v prípade daňovej kontroly ukončenej do
31. decembra 2016; 2 ) v akej výške a za akú dobu vzniká sťažovateľovi nárok na náhradu za zadržanie
nadmerného odpočtu v prípade realizovanej daňovej kontroly. Najvyšší správny súdu SR sa s rovnakými

právnymi otázkami už skôr zaoberal vo veci rozsudku sp. zn. 8Sfk/52/2024 zo dňa 14.08.2025, v ktorom
sa riešila obdobná situácia s tým istým žalobcom, len odlišným obdobím trvania daňovej kontroly.

30. Správny súd sa so závermi rozsudku NSS SR sp. zn. 8Sfk/52/2024 zo dňa 14.08.2025 v predmetnej
veci stotožňuje, preto odkazuje jeho časti:

„36. ................. Ústavný súd Slovenskej republiky nálezom vo veci ZSE Elektrárne, s.r.o. - sp. zn. II. ÚS
152/2025 z 12. júna 2025 (ďalej ako „nález“) rozhodol, že na stanovisko Snj 36/2019 z 30. októbra 2019
(ďalej aj ako „Zjednocujúce stanovisko“) je potrebné nahliadať iba ako na odporúčanie alebo návod na
úvahy pre jednotlivé vnútroštátne orgány, ktoré sú vo svojej rozhodovacej činnosti povinné zabezpečiť

plný účinok smernice Rady č. 2006/112/ES so zohľadnením aktuálnej judikatúry Súdneho dvora EÚ aj
napriek absencii relevantnej vnútroštátnej právnej úpravy v rozhodnom období (bod 35 nálezu). Podľa
ústavného súdu výkladové Zjednocujúce stanovisko najvyššieho súdu nemá normotvornú silu a nemôže
účinnezabezpečiťčisnáďpriamozaložiťretroaktívnuaplikáciuprávnejnormydaňovéhoprávavprípade
daňovej kontroly ukončenej do 31. decembra 2016 (bod 33 nálezu), a preto priama retroaktívna aplikácia

§ 79a zákona o DPH bez zákonného zmocnenia len na základe Zjednocujúceho stanoviska najvyššieho
súdu na tieto daňové kontroly je ústavne neakceptovateľná (bod 34 nálezu). Ústavný súd preto uzavrel,
že pri rozhodovaní o veciach úrokov v prípade daňových kontrol ukončených do 31. decembra 2016je potrebné vychádzať z judikatúry Súdneho dvora EÚ a skúmať, či bola daňová kontrola vykonaná v
primeranej lehote s ohľadom na konkrétne okolnosti veci (bod 35 nálezu).
37. V súvislosti s citovaným súd konštatuje, že na prípad žalobcu, keďže daňová kontrola bola

ukončená pred 31. decembrom 2016 (konkrétne dňa 12. decembra 2016), nie je možné priamo aplikovať
ustanovenie § 79a zákona o DPH, ale je potrebné pri stanovení výšky ako aj doby, za ktorú sa má
náhrada poskytovať, vychádzať priamo z článku 183 smernice Rady č. 2006/112/ES, a to v rámci
aktuálnej judikatúry Súdneho dvora EÚ. Právne závery žalovaného ako aj správneho súdu boli preto v
tomto smere nesprávne, keď priamo aplikovali ustanovenie § 79a zákona o DPH na prípad sťažovateľa.

Súčasne je ale potrebné pripomenúť, že až do nálezu Ústavného súdu SR bola rozhodovacia prax
správnych súdov, s poukazom na Zjednocujúce stanovisko vo vzťahu k aplikácii ustanovenia § 79a
zákona o DPH aj na daňové kontroly skončené do 31. decembra 2016, ustálená.
38. Vychádzajúc z aktuálnej rozhodovacej činnosti Súdneho dvora EÚ tento opakovane uznal, že
lehota na vrátenie nadmerného odpočtu môže byť v zásade predĺžená na účely vykonania daňovej
kontroly (rozsudok vo veci Molenheide a i. z 18. decembra 1997, spojené veci C-289/94, C-340/95,

C-401/95, C-47/96, bod 41). Súdny dvor EÚ však súčasne zdôraznil, že keďže zdaniteľná osoba
dočasne nemôže disponovať finančnými prostriedkami vo výške nadmerného odpočtu, je postihnutá
hospodárskym znevýhodnením, ktoré by malo byť kompenzované zaplatením úrokov, čím je zaručené
dodržanie zásady daňovej neutrality (uznesenie vo veci Kovozber z 21. októbra 2015, C-120/15, bod 23,
a tam citovaná judikatúra; tiež rozsudky vo veci technoRent International a i. z 12. mája 2021, C-844/19,

body 39 a 40, a vo veci HUMDA z 13. októbra 2022, C-397/21, bod 37).
39. Súdny dvor EÚ ďalej uviedol, že hoci v prípade neexistencie právnej úpravy Únie prináleží
vnútroštátnemu právnemu poriadku každého členského štátu stanoviť podmienky, za ktorých majú
byť takéto úroky zaplatené, najmä úrokovú sadzbu a spôsob výpočtu týchto úrokov, tieto podmienky
musia dodržiavať zásady ekvivalencie a efektivity, ako aj zásadu daňovej neutrality (rozsudok vo veci

Sole-Mizo a G. H. z 23. apríla 2020, spojené veci C-13/18 a C-126/18, body 30 a 37 a tam citovaná
judikatúra; uznesenie vo veci ZSE Elektrárne z 5. októbra 2023, C-151/23, bod 29). Pod zásadou
ekvivalencie sa rozumie, že uvedené vnútroštátne ustanovenia nesmú byť menej priaznivé než pravidlá,
ktoré upravujú podobné situácie podliehajúce vnútroštátnemu právu a pod zásadou efektivity sa zase
rozumie to, že takéto vnútroštátne ustanovenia nesmú prakticky znemožniť alebo nadmerne sťažiť

výkon práv, ktoré priznáva právo Únie [rozsudok vo veci Varhoven administrativen sad (Zrušenie
napadnutého ustanovenia) z 24. novembra 2022, C-289/21, bod 33 a tam citovaná judikatúra]. Prináleží
však vnútroštátnym súdom, ktoré majú ako jediné priame poznatky o vnútroštátnom práve, aby overili,
či podmienky zabezpečujúce vo vnútroštátnom práve ochranu práv, ktoré osobám podliehajúcim súdnej
právomoci vyplývajú z práva Únie, sú v súlade so zásadami ekvivalencie a efektivity a aby preskúmali

predmet a podstatné náležitosti údajne podobných prostriedkov vnútroštátnej povahy. Z tohto dôvodu
musia tieto vnútroštátne súdy overiť podobnosť dotknutých prostriedkov z pohľadu ich predmetu, príčiny
a podstatných prvkov (rozsudok vo veci Sole-Mizo a G. H., už citovaný, bod 40).
40. Súdny dvor EÚ zdôraznil, že na účely stanovenia spôsobu úročenia je potrebné prihliadať na zásadu
neutrality systému DPH tak, aby nebola narušená tým, že daňovník by znášal celé bremeno tejto dane

alebo jeho časť. Opatrenia prijaté členskými štátmi musia najmä umožniť zdaniteľnej osobe získať
za primeraných podmienok späť celú sumu pohľadávky vyplývajúcu z nadmerného odpočtu DPH, čo
znamená, že vrátenie musí byť vykonané v primeranej lehote, a že prijatý spôsob vrátenia nesmie
v žiadnom prípade vystaviť zdaniteľnú osobu žiadnemu finančnému riziku (uznesenie vo veci Delphi
Hungary Autóalkatrész Gyártó zo 17. júla 2014, C-654/13, bod 31).

41. V rozsudku v spojených veciach Sole-Mizo Zrt. (C-13/18), G. H. I.. (C-126/18) z 23. apríla 2020
v bode 51 Súdny dvor EÚ uviedol, že právo Únie a osobitne zásada efektivity a daňovej neutrality
sa majú vykladať v tom zmysle, že bránia praxi členského štátu spočívajúcej vo výpočte úrokov z
nadmerného odpočtu odpočítateľnej DPH, zadržaného týmto členským štátom nad rámec primeranej
lehoty v rozpore s právom Únie, uplatnením sadzby, ktorá zodpovedá základnej sadzbe vnútroštátnej

centrálnej banky, ak na jednej strane táto sadzba je nižšia než sadzba, ktorú by zdaniteľná osoba,
ktorá nie je úverovou inštitúciou, musela zaplatiť za požičanie sumy rovnajúcej sa uvedenej sume, a na
druhej strane úroky z dotknutého nadmerného odpočtu DPH sa počítajú za dané zdaňovacie obdobie,
pričom sa neuplatní úrok, ktorého cieľom je kompenzovať zdaniteľnej osobe zníženie peňažnej hodnoty
spôsobené uplynutím času od tohto zdaňovacieho obdobia až do skutočného zaplatenia týchto úrokov.

Okrem toho, takáto prax nie je spôsobilá kompenzovať hospodársku záťaž neoprávnene zadržaných
súm dane, čo je v rozpore so zásadou daňovej neutrality (uznesenie vo veci SOLE- MiZo z 20. júna
2023, C-426/22, bod 48).42. Je potrebné zdôrazniť, že Súdny dvor EÚ sa k existencii práva na úročenie za zadržaný nadmerný
odpočet vyjadril i v situáciách, keď išlo o regulárne daňové kontroly (rozsudok vo veci technoRent
International a i., už citovaný, bod 39; rovnako rozsudok vo veci Kovozber, už citovaný alebo vo veci

HUMDA z 13. októbra 2022, C-397/21, bod 37), teda aj keď nebol nadmerný odpočet zadržaný v rozpore
s právom Únie (ako to bolo v spojených veciach Sole- Mizo Zrt. (C-13/18), G. H. I.. (C-126/18) z 23.
apríla 2020 a vo veci SOLE-MiZo z 20. júna 2023), ale keď nebol nadmerný odpočet DPH vrátený v
primeranej lehote.
43. K dobe, počas ktorej by sa zadržaný nadmerný odpočet mal úročiť, Súdny dvor EÚ uviedol, že

v prípade neexistencie právnej úpravy Únie patrí do procesnej autonómie členských štátov určenie
dátumu, od ktorého sú úroky dlhované, za rešpektovania zásad ekvivalencie a efektivity (uznesenie vo
ZSE Elektrárne, už citované, bod 30).
44. K otázke dĺžky tejto primeranej lehoty sa Súdny dvor EÚ vyjadril v rozsudku vo veci Kovozber,
už citovanom, kde v bode 26 uviedol: „Treba však konštatovať, že taká vnútroštátna právna úprava
nie je v súlade s požiadavkami vyplývajúcimi zo zásady daňovej neutrality pripomenutej v bode 21

tohto uznesenia, podľa ktorej vrátenie nadmerného odpočtu DPH sa musí uskutočniť v primeranej
lehote, keďže v prípade začatia daňovej kontroly má za následok zadržanie finančných prostriedkov
zodpovedajúce nadmernému odpočtu DPH zdaniteľnej osobe počas podstatného obdobia, ktoré môže
byť šesť- až dvanásťkrát dlhšie, ako je zdaňovacie obdobie jedného mesiaca“.
45. Lehotu 180 dní na vrátenie dane stanovenej pre nových platiteľov DPH označil Súdny dvor EÚ

rovnako za neprijateľnú v rozsudku vo veci E. F. C-25/07 z 10. júla 2008 v bode 27. Naopak v rozsudku
vo veci Enel Maritsa Iztok 3 AD C-107/10 z 12. mája 2011 v bode 49 odobril vnútroštátnu právnu úpravu,
ktorá umožňovala prenesenie DPH do troch zdaňovacích období nasledujúcich po zdaňovacom období,
v ktorom k predmetnému nadmernému odpočtu došlo.
46. Ďalej Súdny dvor EÚ v rozsudku vo veci Enel Maritsa Iztok 3 AD C-107/10 z 12. mája 2011 v

bode 53 uzavrel, že lehota na vrátenie nadmerného odpočtu DPH môže byť v zásade predĺžená na
účely vykonania daňovej kontroly bez toho, aby bolo nutné považovať túto lehotu za neprimeranú, ak
toto predĺženie neprekračuje medze toho, čo je nevyhnutné na riadne vykonanie tejto daňovej kontroly.
Súčasne dodal, že keďže zdaniteľná osoba nemôže dočasne disponovať finančnými prostriedkami vo
výške nadmerného odpočtu, jej hospodárske znevýhodnenie by malo byť kompenzované zaplatením

úrokov, čím je zaručené dodržanie zásady daňovej neutrality,
47.VoveciZSEElektrárnes.r.o.C-151/23SúdnydvorEÚtiežuviedol,žezjudikatúrySúdnehodvoraEÚ
vyplýva, že hoci členské štáty majú určitú slobodu pri stanovovaní podmienok uvedených v článku 183
smernice Rady č. 2006/112/ES, tieto podmienky nemôžu spochybňovať zásadu daňovej neutrality tým,
že zdaniteľná osoba bude povinná znášať túto daňovú záťaž v celom rozsahu alebo sčasti (rozsudok

z 12. mája 2021, technoRent International a i., C-844/19, EU:C:2021:378, bod 37, ako aj citovaná
judikatúra). Uvedené podmienky musia najmä umožniť, aby mohla byť zdaniteľnej osobe za primeraných
podmienok vrátená celá suma vyplývajúca z nadmerného odpočtu DPH, čo znamená, že vrátenie sa
uskutoční v primeranej lehote vyplatením finančnej hotovosti alebo porovnateľným spôsobom a prijatý
spôsob vrátenia v nijakom prípade nesmie pre zdaniteľnú osobu predstavovať finančné riziko. Ak by

zdaniteľnáosobanemalanároknaúrokyzomeškaniavprípade,žekvráteniunadmernéhoodpočtuDPH
nedôjde v primeranej lehote, vznikla by jej tým ujma, čo je v rozpore so zásadou daňovej neutrality (pozri
v tomto zmysle rozsudok z 12. mája 2021, technoRent International a i., C-844/19, EU:C:2021:378, body
38 a 39, ako aj citovanú judikatúru). V tejto súvislosti Súdny dvor EÚ už rozhodol, že lehota na vrátenie
nadmerného odpočtu DPH môže byť v zásade predĺžená na účely vykonania daňovej kontroly bez toho,

aby bolo nutné považovať túto lehotu za neprimeranú, ak toto predĺženie neprekračuje medze toho,
čo je nevyhnutné na riadne vykonanie tejto daňovej kontroly (uznesenie z 21. októbra 2015, Kovozber,
C-120/15, EU:C:2015:730, bod 23). Ak teda v takom prípade dôjde k vráteniu nadmerného odpočtu
DPH zdaniteľnej osobe v primeranej lehote, právo Únie nevyžaduje kompenzáciu dočasnej nemožnosti
disponovať s peňažnými sumami zaplatením úrokov z omeškania (pozri v tomto zmysle uznesenie z 21.

októbra 2015, Kovozber, C-120/15, EU:C:2015:730, bod 24) [body 23 až 26].
48. Súdny dvor EÚ tiež argumentuje, že vnútroštátnemu súdu prináleží všetko, čo patrí do jeho
právomoci, aby zabezpečil plný účinok citovaného článku 183 tak, že podá výklad vnútroštátneho práva,
ktorý je v súlade s právom Únie (uznesenie vo veci ZSE Elektrárne, už citované, bod 29). Súdny
dvor EÚ však rovnako uviedol, a to v kontexte smernice Rady č. 2006/112/ES a jej článku 183, že z

ustálenej judikatúry vyplýva, že vnútroštátny súd, ktorý je zodpovedný za uplatňovanie ustanovení práva
Únie v rámci svojej právomoci, je povinný zabezpečiť plný účinok týchto ustanovení v prípade potreby
tým, že z vlastnej právomoci neuplatní akékoľvek vnútroštátne ustanovenie, ktoré je v rozpore s týmto
ustanovením (rozsudok vo veci Delphi Hungary Autóalkatrész Gyártó, už citovaný, bod 38).49. Podľa záverov Súdneho dvora EÚ vo veci ZSE Elektrárne, C-151/23 z 5. októbra 2023, bod 28
prináleží vnútroštátnemu súdu, aby najmä vzhľadom na zásady neutrality, efektivity a ekvivalencie,
ako aj na všetky osobitosti veci, o ktorej rozhoduje, určil, či sa v prejednávanej veci má vrátenie

nadmerného odpočtu DPH považovať za uskutočnené v primeranej lehote, a pokiaľ zistí, že k tomuto
vráteniu v primeranej lehote nedošlo, určiť okamih, od ktorého sa úroky z omeškania pripočítajú k sume
nadmerného odpočtu.
50. V súlade s vyššie uvedenými východiskami Súdny dvor EÚ tiež konštatoval, že je prvoradou úlohou
vnútroštátneho súdu pri aplikácii práva únie zohľadniť celé vnútroštátne právo a primárne pristúpiť k

analogickému uplatneniu ustanovení vnútroštátneho práva (vec C- 844/19 z 12. mája 2021 technoRent
bod 54 a 55), ak také existujú. Správny súd v súlade s vyššie citovanou rozhodovacou činnosťou
Súdneho dvora EÚ preto najprv posudzoval (keďže v relevantnom čase neexistovala právna úprava
priamoupravujúcanároknanáhraduzazadržanienadmernéhoodpočtuDPH),čivslovenskomprávnom
poriadku existuje ustanovenie, ktoré by bolo analogicky uplatniteľné pre danú situáciu. Vzhľadom na
závery ústavného súdu o neaplikácii ustanovenia § 79a zákona o DPH, ktoré nadobudlo účinnosť až od

1. januára 2017, teda po ukončení daňovej kontroly vo veci žalobcu, správny súd skúmal, či existovala v
tom čase taká iná právna úprava, podľa ktorej by náhrada za zadržiavanie nadmerného odpočtu čo do
výšky úroku, ako aj doby, za ktorú sa má náhrada poskytovať, zodpovedala článku 183 smernice Rady
č. 2006/112/ES, konkrétne, či táto právna úprava zodpovedala zásadám daňovej neutrality, ekvivalencie
a efektivity v zmysle vyššie citovanej judikatúry Súdneho dvora EÚ.

51. Zákon o DPH upravoval v znení účinnom do 31. decembra 2016 lehoty na vrátenie nadmerného
odpočtu v § 79 ods. 1, 2 a 5. Ide o lehoty, v ktorých sa nadmerný odpočet zdaniteľnej osobe vráti
bez vykonania kontrolného mechanizmu, teda bez vykonania daňovej kontroly. Tieto lehoty sú však
neaplikovateľné na tu posudzovaný prípad, keďže Súdny dvor EÚ umožnil „bezúročné“ predĺženie lehoty
na vrátenie nadmerného odpočtu DPH za účelom vykonania daňovej kontroly za podmienky, že takéto

predĺženie neprekračuje medze toho, čo je nevyhnutné na riadne vykonanie daňovej kontroly (vec Enel
Maritsa C-107/10 body 52 a 53, vec Kovozber C-151/23 bod 26). Práve z uvedeného dôvodu lehoty
upravené v § 79 ods. 1, 2 a 5 zákona o DPH nie je možné pre daný prípad analogicky použiť, keďže
by aplikáciou daného ustanovenia došlo prakticky k popretiu rozhodovacou činnosťou Súdneho dvora
EÚ prípustného predĺženia lehoty na vrátenie nadmerného odpočtu z dôvodu realizácie kontrolného

mechanizmu – daňovej kontroly.
52. Ustanovenie § 79 ods. 6 zákona o DPH v znení účinnom do 31. decembra 2016 upravuje ďalšiu
lehotu na vrátenie nadmerného odpočtu, ktorá sa viaže na vykonanie daňovej kontroly. Podľa tohto
ustanovenia sa nadmerný odpočet zdaniteľnej osobe vráti v lehote 10 dní od skončenia daňovej
kontroly. Daňová kontrola má zákonom stanovený strop jedného roka. Práve z dôvodu zákonom

stanoveného jednoročného trvania daňovej kontroly analogická aplikácia daného ustanovenia pre daný
prípad rovnako neprichádza do úvahy. Naviac Súdny dvor EÚ práve v už spomínanej veci Kovozber
vyslovil, že článok 183 prvý odsek smernice Rady č. 2006/112/ES sa má vykladať v tom zmysle, že bráni
takej vnútroštátnej právnej úprave, ktorá upravuje výpočet úrokov z omeškania pri vrátení nadmerného
odpočtu DPH až od uplynutia lehoty 10 dní po skončení daňovej kontroly.

53. Rovnako vo vzťahu k zásade ekvivalencie a výške náhrady správny súd uvádza, že použitie
ustanovenia § 79 ods. 3 Daňového poriadku, ktorého sa dovoláva žalobca, a teda vztiahnutie výšky
úroku v ňom uvedenom na celé obdobie, počas ktorého sa úročí suma zadržaného nadmerného
odpočtu, neprichádza do úvahy. Ustanovenie § 79 ods. 3 Daňového poriadku zakotvuje výšku úroku pre
omeškanie na strane správcu dane, pričom v prípade zadržiavaného nadmerného odpočtu pri výkone

daňovej kontroly, nie je správca dane pri jeho vrátení v omeškaní, do tohto sa dostane až na 11. deň
po dni ukončenia daňovej kontroly (§ 79a ods. 6 zákona o DPH). Úrok z omeškania podľa § 79 ods. 3
Daňového poriadku má charakter sankcie za nesplnenie povinností správcu dane, pričom náhrada za
zadržiavanie nadmerného odpočtu tento sankčný charakter nemá. Nesankcionuje totiž správcu dane
za porušenie jeho povinností, ale kompenzuje daňovému subjektu, že dočasne nemôže disponovať

finančnými prostriedkami (ktoré zadržanie je zákonom predpokladané). Preto zásada ekvivalencie by
vyžadovala použitie § 79 ods. 3 Daňového poriadku na vec žalobcu iba v prípade, ak by bol správca
dane práve v takomto omeškaní. V už citovanom rozsudku v spojených veciach Sole-Mizo a Dalmandi
Mezőgazdasági Súdny dvor EÚ v bodoch 40 až 42 odmietol pomeriavať výšku úroku za zadržaný
nadmerný odpočet práve s poukazom na zásadu ekvivalencie, keď sa mu nejavilo, že by nároky podľa

vnútroštátneho práva boli ekvivalentné nároku podľa práva Európskej únie, pričom tvrdený výhodnejší
nárok podľa vnútroštátneho práva bol založený práve na omeškaní správcu dane, a nie na ochrane
daňového subjektu, podobne ako v práve rozhodovanej veci. Podobne výlučne z pohľadu zásadyefektivity, a nie zásady ekvivalencie, posudzoval Súdny dvor EÚ výšku úrokov v už citovanom rozsudku
vo veci HUMDA (bod 40).
54. Správny súd tak v právnych predpisoch upravujúcich režim DPH, konkrétne v zákone o DPH,

Daňovom poriadku a ani v iných predpisoch upravujúcich iné druhy daní, nenašiel ustanovenie, ktoré
by bolo analogicky (zásada ekvivalencie) použiteľné pri určení okamihu, od ktorého sa má náhrada za
zadržiavanie nadmerného odpočtu v dôsledku daňovej kontroly počítať ako ani pri stanovení jej výšky.
Ustanovenie, ktoré by určovalo začiatok tejto lehoty a výšku náhrady, neobsahuje ani právna úprava
Únie, ktorá skutočnosť vyplýva z už vyššie citovanej judikatúry Súdneho dvora EÚ.

55. Správnemu súdu tak v práve posudzovanej veci prináležalo určiť okamih, od ktorého žalobcovi
vzniká nárok na náhradu za zadržiavaný nadmerný odpočet DPH, a to podľa zásad, ktoré vyplývajú z
práva Únie. Konkrétne z už vyššie citovanej rozhodovacej činnosti Súdneho dvora EÚ, ktorá ako už bolo
uvedené, stanovila mantinely pre lehotu, počas ktorej za zadržiavanie nadmerného odpočtu z dôvodu
uskutočnenej daňovej kontroly nevzniká nárok na náhradu.
56. Najvyšší správny súd Slovenskej republiky obdobnú otázku riešil aj vo veci sp. zn. 2Sžfk/42/2020 a

rozhodnutím zo dňa 21. júla 2025 prijal závery, s ktorými sa správny súd stotožnil aj v tu posudzovanej
veci.
57.ZrozhodovacejčinnostiSúdnehodvoraEÚpodľasúduvsúvislostislehotounavrátenienadmerného
odpočtu DPH vyplýva jednak, že (i) lehota pre vrátenie nadmerného odpočtu DPH môže byť v zásade
predĺžená na účely vykonania daňovej kontroly, (ii) predĺženie na účely preverenia oprávnenia na

vrátenie odpočtu DPH, s ktorým je spojený nárok na úroky z omeškania zo sumy, ktorá sa má vrátiť,
však musí byť primerané (lehotu 180 dní, respektíve šesť mesiacov od podania daňového priznania k
DPH za zdaňovacie obdobie, v ktorom nadmerný odpočet DPH vznikol, už za primeranú nepovažuje) a
(iii) v prípade, že k vráteniu nadmerného odpočtu dôjde po uplynutí primeranej lehoty, zásada daňovej
neutrality vyžaduje, aby sa zdaniteľnej osobe nahradili finančné straty zapríčinené tým, že nemohla

počas obdobia, za ktoré nebola požadovaná suma nadmerného odpočtu DPH vrátená, s touto sumou
disponovať, a to práve prostredníctvom úroku z omeškania (vec Nidera BV C-387/16, bod 37, vec Enel
Maritsa Iztok 3 AD C-107/10 z 12. mája 2011 bod 53).“

31. Správny súd v súlade s vyššie uvedenými východiskami zastáva názor, že zadržiavanie nadmerného

odpočtu DPH bez náhrady na účely výkonu daňovej kontroly je v súlade s rozhodovacou činnosťou
Súdneho dvora EÚ, ak lehota na vrátenie nadmerného odpočtu DPH, po ktorej uplynutí vzniká nárok na
náhradu,niejevprípadezačatiadaňovejkontrolydlhšiaakoštyrimesiaceoduplynutialehotynapodanie
daňového priznania za zdaňovacie obdobie, v ktorom mohol byť nadmerný odpočet odpočítaný v zmysle
§79ods.1zákonaoDPH.Správnysúdsúčasnenavyšepripomína,žezužcitovanejjudikatúrySúdneho

dvora EÚ, ako aj z ostatného rozhodnutia Ústavného súdu SR vo veci ZSE Elektrárne, s.r.o. vyplýva, že
posudzovanie primeranosti lehoty zadržiavania nadmerného odpočtu bude vždy závisieť od okolností
konkrétneho prípadu (postup a zistenia daňových orgánov v konkrétnom momente, súčinnosť účastníka
konania a pod.) s potenciálom úpravy doby zadržiavania nadmerného odpočtu DPH bez náhrady počas
prebiehajúcej daňovej kontroly.

32. V ďalšom konaní preto bude úlohou správcu dane posúdiť na základe obsahu administratívneho
spisu z daňovej kontroly týkajúcej sa oprávnenosti nároku na vrátenie nadmerného odpočtu za
zdaňovacie obdobie júl 2014 aj samotný priebeh daňovej kontroly so zameraním na úkony v určenom
období (bod 58 tohto rozsudku). Pôjde o úkony vykonané v rámci daňovej kontroly, ktoré spadajú do

obdobiapočítanéhooduplynutialehotynapodaniedaňovéhopriznaniazazdaňovacieobdobie,vktorom
nadmerný odpočet vznikol. Dôraz bude klásť správca dane na to, či nebol určité obdobie pasívny a
umelo tak nepredlžoval dĺžku daňovej kontroly zohľadniac pritom samozrejme aj prípadnú pasivitu/
nesúčinnosť samotného žalobcu. V prípadoch očividnej pasivity správcu dane by totiž prichádzalo do
úvahy aj stanovenie inej, kratšej lehoty ako päť mesiacov od uplynutia lehoty na podanie daňového

priznania za zdaňovacie obdobie, v ktorom nadmerný odpočet vznikol, počas ktorej by bolo namieste
priznanie náhrady zo zadržiavaného nadmerného odpočtu. Správny súd týmto nijako nespochybňuje
Súdnym dvorom EÚ priznanú legitimitu predĺženia lehoty na vrátenie nadmerného odpočtu z dôvodu
uskutočnenia daňovej kontroly, nárok na náhradu za zadržiavaný odpočet však musí vzniknúť tak, aby
boli zachované zásady daňovej neutrality, ekvivalencie a efektivity. Na strane druhej však výkon daňovej

kontroly musí byť efektívny, keďže daňový subjekt nemôže po určité obdobie disponovať s finančnými
prostriedkami, ktoré si v podobe DPH uplatnil.33. K otázke výšky náhrady za zadržanie nadmerného odpočtu správny súd opäť odkazuje na rozsudok
NSS SR sp. zn. 8Sfk/52/2024 zo dňa 14.08.2025. Súd opakuje, že jej stanovenie nesmie viesť k tomu,
abybolazdaniteľnáosobazbavenáprimeranejnáhradyzastratuspôsobenúvrátenímDPH,ktorénebolo

vykonané v primeranej lehote a pri jej určení je nevyhnutné zohľadňovať kritériá efektivity, t. j. to, čo
by zdaniteľná osoba, ktorá nie je úverovou inštitúciou, musela zaplatiť za požičanie sumy rovnajúcej sa
sume zadržaného nadmerného odpočtu (Sole-Mizo Zrt. (C- 13/18), G. H. I.. (C-126/18)). Pre určenie
náhrady za zadržanie nadmerného odpočtu je tak rozhodujúca úroková sadzba pre krátkodobé úvery
poskytované bankami na území Slovenskej republiky. Správca dane tak bude povinný skúmať výšku

úrokovej sadzby na krátkodobých úveroch poskytovaných bankami na území Slovenskej republiky
nefinančným podnikom v relevantnom období a znovu posúdiť výšku úroku pri náhrade za zadržiavaný
nadmerný odpočet v intenciách právneho názoru správneho súdu.

34. Správny súd súčasne dodáva, že v zmysle uznesenia Súdneho dvora EÚ vo veci SOLE- MiZo z 20.
júna 2023, C-426/22, konkrétne z bodu 48 tiež vyplýva, že v prípade, ak je úrok vyplácaný s časovým

odstupom od vrátenia samotného nadmerného odpočtu (vo veci SOLE- Mizo to bolo 5 až 11 rokov), má
byť úrok zo zadržiavaného nadmerného odpočtu valorizovaný. S touto skutočnosťou sa bude musieť
správca dane v ďalšom konaní rovnako vysporiadať.

35. Sumarizujúc vyššie uvedené skutočnosti súd uzatvára, že správna žaloba žalobcu bola

dôvodná a správne orgány vychádzali z nesprávneho právneho posúdenia veci. Rovnakou vadou
(nezákonnosťou) podľa zistení súdu trpí aj rozhodnutie žalovaného a prvostupňové rozhodnutie (§ 191
ods. 1 písm. c) SSP). Preto správny súd zrušil obe rozhodnutia podľa § 191 ods. 1 písm. c) SSP pre
nesprávne právne posúdenie a vec vrátil na ďalšie konanie prvostupňovému správnemu orgánu. V
ďalšomkonaníbudúžalovanýasprávcadanepostupovaťspôsobomnačrtnutýmsúdomnajmävbodoch

31 až 34 tohto rozsudku.

36. Podľa § 191 ods. 6 SSP, právnym názorom, ktorý vyslovil správny súd v zrušujúcom rozsudku, je
orgán verejnej správy v ďalšom konaní viazaný. Ak orgán verejnej správy v ďalšom konaní nepostupoval
v súlade s právnym názorom správneho súdu a správny súd opätovne zrušil rozhodnutie orgánu verejnej

správy alebo opatrenie orgánu verejnej správy z tých istých dôvodov, môže správny súd i bez návrhu v
zrušujúcom rozsudku uložiť orgánu verejnej správy pokutu.

37. Správny súd však v zmysle judikatúry Európskeho súdu pre ľudské práva (ďalej len „ESĽP“) nemusí
dať detailné odpovede na všetky účastníkom konania predostreté otázky, ale len na tie, ktoré sú pre

rozhodnutie vo veci podstatné, prípadne dostatočne objasňujú skutkový a právny základ rozhodnutia
bez toho, aby zachádzal do všetkých detailov sporu (pr.:Ruiz Torija c. Španielsko z 9. decembra 1994,
séria A, č. 303-A, s.12, § 29; Hiro Balani c. Španielsko z 9. decembra 1994, séria A, č. 303-B; Georgiadis
c. Grécko z 29. mája 1997; Higgins c. Francúzsko z 19. februára 1998). Rovnako ESĽP pripomenul, že
súdne rozhodnutia musia v dostatočnej miere uvádzať dôvody, na ktorých sa zakladajú (García Ruiz c.

Španielsko z 21.1.1999). Judikatúra ESĽP teda nevyžaduje, aby na každý argument strany bola daná
odpoveď v odôvodnení rozhodnutia. Obdobne Ústavný súd SR vo svojej ustálenej rozhodovacej praxi
uvádza, že všeobecný súd nemusí dať odpoveď na všetky otázky nastolené účastníkom konania, ale len
na tie, ktoré majú pre vec podstatný význam, prípadne dostatočne objasňujú skutkový a právny základ
rozhodnutia bez toho, aby zachádzali do všetkých detailov sporu uvádzaných účastníkmi konania (viď

rozhodnutie Ústavného súdu SR sp. zn. I. ÚS 241/07).

38.Otrováchkonaniarozhodolsprávnysúdpodľa§167ods.1SSP,podľaktoréhoúspešnémužalobcovi
priznal voči žalovanému právo na úplnú náhradu dôvodne vynaložených trov konania, o ktorej výške
rozhodne správny súd po právoplatnosti tohto rozsudku samostatným uznesením podľa § 175 ods. 2

SSP.

39. Toto rozhodnutie senát Správneho súdu v Bratislave prijal pomerom hlasov 3:0 (§ 139 ods. 4 SSP).

Poučenie:Proti tomuto rozsudku možno podať kasačnú sťažnosť do jedného mesiaca od jeho doručenia na
Správny súd v Bratislave. Ak bolo vydané opravné uznesenie, lehota plynie znovu od doručenia
opravného uznesenia len v rozsahu vykonanej opravy.

V kasačnej sťažnosti sa má popri všeobecných náležitostiach (§ 57 SSP) uviesť označenie napadnutého
rozhodnutia, údaj, kedy bolo napadnuté rozhodnutie doručené sťažovateľovi, opísanie rozhodujúcich
skutočností, aby bolo zrejmé, v akom rozsahu a z akých dôvodov podľa § 440 SSP sa podáva
(sťažnostné body) a návrh výroku rozhodnutia (sťažnostný návrh). Sťažnostné body možno meniť len

do uplynutia lehoty na podanie kasačnej sťažnosti.

V konaní o kasačnej sťažnosti musí byť sťažovateľ alebo opomenutý sťažovateľ v zmysle § 449
ods. 1 SSP zastúpený advokátom. Kasačná sťažnosť a iné podania sťažovateľa alebo opomenutého
sťažovateľa musia byť spísané advokátom. Povinné zastúpenie advokátom v kasačnom konaní sa
nevyžaduje, ak a) má sťažovateľ alebo opomenutý sťažovateľ, jeho zamestnanec alebo člen, ktorý za

neho na kasačnom súde koná alebo ho zastupuje, vysokoškolské právnické vzdelanie druhého stupňa;
b)ideokonaniaosprávnejžalobepodľa 6ods.2písm.c)ad);c)ježalovanýmCentrumprávnejpomoci.