Rozsudok – Ostatné ,
Zmeňujúce Rozhodnutie bolo vynesené dňa štvrtok 14. august 2025

Súd: Najvyšší správny súd SR
Spisová značka: 8Sfk/52/2024

Identifikačné číslo súdneho spisu: 4020200274
Dátum vydania rozhodnutia: 14. 08. 2025
Meno a priezvisko sudcu, VSÚ: JUDr. Anita Filová

ECLI: ECLI:SK:NSSSR:2025:4020200274.1

ROZSUDOK V MENE

SLOVENSKEJ REPUBLIKY

Najvyšší správny súd Slovenskej republiky v senáte zloženom z predsedníčky senátu JUDr. Anity Filovej

(sudkyňa spravodajkyňa), sudkyne Mgr. Kristíny Babiakovej a sudcu JUDr. Rastislava Dlugoša, PhD.,
vo veci žalobcu (sťažovateľ): Richard Tóth, dátum narodenia: XX.XX.XXXX, D. XXXX/XX, XXX XX
N., IČO: 34 761 543, právne zastúpený: JUDr. Ivo Babjak, advokát, so sídlom Sovietskych hrdinov
200/33,08901Svidník,protižalovanému:FinančnériaditeľstvoSlovenskejrepubliky,sosídlomLazovná
63, 974 01 Banská Bystrica, o preskúmanie zákonnosti rozhodnutia žalovaného č. 100762895/2020
z 8. apríla 2020, v konaní o kasačnej sťažnosti žalobcu rozsudku Správneho súdu v Bratislave č. k.
NR-15S/35/2020-69 zo 4. júla 2024, takto

r o z h o d o l :

I. Najvyšší správny súd Slovenskej republiky rozsudok Správneho súdu v Bratislave č. k.
NR-15S/35/2020-69 zo 4. júla 2024 mení tak, že rozhodnutie žalovaného č. 100762895/2020 z 8. apríla
2020 a rozhodnutie Daňového úradu Nitra č. 102730493/2019 z 26. novembra 2019 zrušuje a vec
vracia Daňovému úradu Nitra na ďalšie konanie.

II. Žalobcovi priznáva právo na úplnú náhradu dôvodne vynaložených trov kasačného konania ako aj
konania pred správnym súdom.

o d ô v o d n e n i e :

I.

Priebeh administratívneho konania
1. Daňový úrad Nitra (ďalej len „správca dane“) vykonal u žalobcu daňovú kontrolu na zistenie
oprávnenosti nároku na vrátenie nadmerného odpočtu za zdaňovacie obdobie január 2015. Daňová
kontrola sa začala 10. apríla 2015, v lehote na vrátenie nadmerného odpočtu, v dôsledku čoho správca
dane vrátenie nadmerného odpočtu pozdržal podľa § 79 ods. 6 zákona č. 222/2004 Z. z. o dani z
pridanej hodnoty v znení neskorších predpisov (ďalej len „zákon o DPH“). Daňová kontrola sa skončila
12. decembra 2016. Správca dane vrátil žalobcovi sumu zadržiavaného nadmerného odpočtu dňa 7.

januára 2019.
2. Rozhodnutím č. 102730493/2019 z 26. novembra 2019 (ďalej len „prvostupňové rozhodnutie“)
správca dane priznal žalobcovi náhradu za zadržanie nadmerného odpočtu za obdobie od 15.10.2015
do 07.01.2019 vo výške 3 578,40 eur vypočítanú podľa § 79a ods. 2 zákona o DPH v znení ku dňu
vydania rozhodnutia, pričom vychádzal z úrokovej sadzby vo výške 1,5 % ako minimálnej sadzby podľa
uvedeného ustanovenia, keďže dvojnásobok základnej úrokovej sadzby Európskej centrálnej banky
nedosiahol túto hodnotu.

3. Žalovaný rozhodnutím č. 100762895/2020 z 8. apríla 2020 (ďalej len „napadnuté rozhodnutie“)
prvostupňové rozhodnutie správcu dane potvrdil. Žalovaný odmietol argument žalobcu, že úrok mal byť
priznaný podľa ustanovenia § 79 ods. 3 zákona č. 563/2009 Z. z. o správe daní (daňový poriadok) a
o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení neskorších predpisov (ďalej len „Daňový poriadok“)argumentujúc tým, že kompenzácia vo forme úroku zo sumy zadržaného nadmerného odpočtu počas
vykonávania daňovej kontroly nemôže mať povahu sankcie pre správcu dane. Zadržanie finančných
prostriedkov po dobu nevyhnutnú na vykonanie daňovej kontroly je aj podľa judikatúry Súdneho

dvora Európskej únie (ďalej len „Súdny dvor EÚ“) oprávnené a legitímne, nakoľko slúži na preverenie
skutočností potrebných pre správne určenie dane a na predchádzanie a odhaľovanie daňových
podvodov. Túto kompenzáciu, ktorá bola do zákona o DPH zakomponovaná s účinnosťou od 01.01.2017
(§79a), je nutné odlíšiť od úroku z nadmerného odpočtu podľa § 79 Daňového poriadku, ktorý patrí
platiteľovi pri vrátení nadmerného odpočtu od uplynutia zákonných lehôt, v ktorých je správca dane

povinný nadmerný odpočet vrátiť a nedodržanie týchto lehôt má pre správcu dane povahu sankcie, za
porušenie povinnosti stanovenej zákonom.

II.
Priebeh konania pred správnym súdom a jeho rozhodnutie
4. Proti napadnutému rozhodnutiu žalovaného podal žalobca správnu žalobu z dôvodu nesprávneho

právneho posúdenia veci majúc za to, že správca dane mu nesprávne priznal úrok zo zadržaného a
po vykonaní daňovej kontroly vráteného nadmerného odpočtu nesprávne podľa § 79a zákona o DPH
účinného od 01.01.2017. Uviedol, že vnútroštátna právna úprava je v rozpore s výkladom článku 183
smernice Rady č. 2006/112/ES z 28. novembra 2006 o spoločnom systéme dane z pridanej hodnoty v
znení neskorších predpisov (ďalej aj ako „smernica Rady č. 2006/112/ES“) podanej Súdnym dvorom EÚ

v rozsudku vo veci C-107/10 a nemôže byť aplikovaná na výpočet úrokov zo zadržaného nadmerného
odpočtu počas daňovej kontroly. Tiež argumentoval uznesením Súdneho dvora EÚ vo veci C-120/15 z
21. októbra 2015 Kovozber, z ktorého vyplýva, že výpočet úrokov zo zadržaného nadmerného odpočtu
vráteného po ukončení daňovej kontroly sa má vykonať odo dňa nasledujúceho po uplynutí všeobecnej
lehoty na jeho vrátenie, ak by daňová kontrola nebola začatá dodajúc, že Súdny dvor EÚ uznal, že aj

daňové orgány môžu zadržať nadmerný odpočet počas daňovej kontroly, ale len na primeranú dobu,
ktorá „neprekračuje medze toho, čo je nevyhnutné na riadne vykonanie tejto daňovej kontroly.“ Podľa
žalobcu žalovaný opomína dĺžku primeranej lehoty na vykonanie daňovej kontroly, pričom Súdny dvor
EÚ nepovažuje za primeranú ani šesťmesačnú lehotu určenú Daňovým poriadkom (správne malo byť
uvedené zákonom o DPH - poznámka kasačného súdu), lebo nie je v súlade s požiadavkami zásady

daňovej neutrality.
5. Žalobca poukázal na to, že dňa 16.02.2015 podal daňové priznanie k DPH za zdaňovacie obdobie
január 2015, v ktorom si uplatnil nárok na vrátenie nadmerného odpočtu v sume 73 793,74 eur. Daňová
kontrola, začatá dňa 10. apríla 2015, bola ukončená dňa 12. decembra 2016 doručením protokolu, v
ktoromsprávcadaneuviedolsvojezistenia,ktorénezodpovedaliobjektívnejrealite,záverysprávcudane

sa zakladali na nesprávnom právnom posúdení veci a v priebehu daňovej kontroly sa vyskytla vada,
ktorá mala vplyv na jej zákonnosť. Vyrubovacie konanie bolo ukončené doručením rozhodnutia z 20.
novembra 2018, ktorým správca dane daňové konanie podľa § 62 ods. 1 písm. h) Daňového poriadku
zastavil. Zadržaný nadmerný odpočet v sume 73 793,74 eur bol vrátený dňa 7. januára 2019. Obdobie
zadržania nadmerného odpočtu bolo teda preukázateľne od 14.04.2015 do 07.01.2019, pričom v zmysle

judikatúry Súdneho dvora EÚ a NS SR patrí žalobcovi úrok podľa § 79 ods. 3 Daňového poriadku.
6. Žalobca tvrdil, že podľa Súdneho dvora EÚ sa musí výpočet úrokov z nadmerného odpočtu vráteného
po daňovej kontrole odvíjať odo dňa, kedy mal byť nadmerný odpočet vrátený, ak by daňová kontrola
nebola začatá. V tejto súvislosti poukázal na viaceré rozsudky Najvyššieho súdu Slovenskej republiky
(ďalej len „NS SR“), v ktorých sa riešilo obdobie, za ktoré patrí daňovému subjektu úrok zo zadržaného

nadmerného odpočtu, sp. zn. 8Sžf/115/2013, spojené veci sp. zn. 4Sžf/65/2014, sp. zn. 4Sžf/68/2014,
sp. zn. 3Sžf/34/2016, sp. zn. 4Sžf/57/2016, sp. zn. 5Sžfk/33/2017, bod 55, sp. zn. 2Sžfk/20/2017 bod 38.
7. Žalobca tvrdil, že správne kolégium NS SR nebolo oprávnené prijať stanovisko Snj 36/2019 z 30.
októbra 2019 (ďalej aj ako „Zjednocujúce stanovisko“), nakoľko § 79a zákona o DPH je v rozpore s
eurokonformným výkladom komunitárnej právnej normy a správne súdy sa ním nemajú riadiť. Zastal

názor, že § 79 ods. 3 Daňového poriadku v nadväznosti na § 79 ods. 7 Daňového poriadku upravuje aj
výšku úrokov z nadmerného odpočtu vráteného po uplynutí všeobecnej lehoty na jeho vrátenie dodajúc,
že smernica Rady č. 2006/112/ES má prednosť pred zákonom o DPH v platnom znení, pričom výklad
jednotlivých článkov tejto smernice podáva Súdny dvor EÚ, ktorého rozsudky majú priamy účinok. V
súvislosti s priznanou výškou úroku žalobca poukázal aj na uznesenie Súdneho dvora EÚ vo veci Delphi

Hungary Autóalkatrész Gyártó C-654/13 (body 30,35).
8. Žalovaný vo vyjadrení k správnej žalobe zotrval na výroku napadnutého rozhodnutia vrátane jeho
odôvodnenia.9. Žalobca v replike naviac uviedol, že daňové konanie bolo ukončené rozhodnutím o zastavení konania
podľa § 62 ods. 1 písm. h) Daňového poriadku z dôvodu nezákonnosti daňovej kontroly, čo znamená,
že zastavením daňového konania sa vec vrátila do stavu po podanom daňovom priznaní za zdaňovacie

obdobie január 2015, v ktorom žalobca vykázal nadmerný odpočet v sume 73 793,74 eur. V súlade
s ustanovením § 79 ods. 1 zákona o DPH bol tento nadmerný odpočet prenesený do zdaňovacieho
obdobia február 2015, pričom žalobca v daňovom priznaní k DPH za zdaňovacie obdobie február 2015
vykázal tiež nadmerný odpočet a daňové priznanie za toto zdaňovacie obdobie podal dňa 15.03.2015.
To znamená, že od 16.03.2015 mu začala plynúť 30-dňová lehota na vrátenie nadmerného odpočtu

vykázaného v daňovom priznaní za zdaňovacie obdobie január 2015. Správca dane bol teda povinný
vrátiť žalobcovi nadmerný odpočet v sume 73 793,74 eur najneskoršie dňa 14.04.2015, avšak k vráteniu
došlo až dňa 7. januára 2019. Z dôvodu, že daňová kontrola bola vykonaná nezákonným spôsobom,
nemohla mať za následok zákonné následky zadržania nadmerného odpočtu počas daňovej kontroly
podľa § 79 ods. 6 zákona o DPH. Z uvedeného dôvodu mal žalobca za to, že správca dane sa dostal do
omeškaniasvrátenímnadmernéhoodpočtu,pretožehonevrátilvlehotepodľa§79ods.1zákonaoDPH

a preto bol správca dane povinný zaplatiť úrok v zmysle § 79 ods. 3 Daňového poriadku v nadväznosti
na § 79 ods. 7 Daňového poriadku zo sumy 73 793,74 eur za obdobie od 14.04.2015 do 07.01.2019.
10. Správny súd v Bratislave (ďalej len správny súd“) správnu žalobu rozsudkom č. k.
NR-15S/35/2020-69 zo 4. júla 2024 (ďalej len „napadnutý rozsudok“) ako nedôvodnú zamietol.
11. Správny súd ako nedôvodnú vyhodnotil námietku žalobcu, že daňové orgány nesprávne posúdili

vec použijúc pri rozhodovaní § 79a zákona o DPH namiesto § 79 Daňového poriadku. Vychádzal pritom
aj z uznesenia Súdneho dvora EÚ vo veci C-120/15 Kovozber, v ktorom sa riešila vnútroštátna úprava
v kontexte s článkom 183 smernice Rady č. 2006/112/ES a na základe ktorého bolo do slovenského
právneho poriadku zavedené ustanovenie § 79a zákona o DPH účinné od 01.01.2017, ktorého aplikácia
je predmetom tohto súdneho konania. K stanovisku správneho kolégia NS SR Snj 36/2019 správny súd

uviedol, že toto taktiež reflektovalo na závery uznesenia Súdneho dvora EÚ vo veci C-120/15 Kovozber.
V publikovanom stanovisku bol uvedený aj záver, že § 85ke, druhá veta zákona o DPH („o neuplatnení
§ 79a, ak daňová kontrola v lehote na vrátenie nadmerného odpočtu bola skončená do 31. decembra
2016“) nie je v súlade s právom Európskej únie, a to najmä s uznesením Súdneho dvora EÚ vo veci
Kovozber C-120/15. Preto na zabezpečenie súladu s právom Európskej únie sú orgány verejnej správy

a súdy povinné zdržať sa aplikácie tohto ustanovenia, čo bolo aj v tomto prípade potrebné aplikovať,
keďže daňová kontrola bola skončená 12. decembra 2016.
12. Správny súd mal za to, že ani z ostatnej judikatúry Súdneho dvora EÚ, ktorú uvádzal žalobca,
nevyplývajú závery, že by práve § 79a zákona o DPH bol v rozpore s článkom 183 smernice Rady č.
2006/112/ES,právomEÚalebojudikatúrouSúdnehodvoraEÚ.Ztýchtoprameňovprávavyplývalinajmä

zásady, ktoré musia členské štáty EÚ pri stanovovaní podmienok vrátenia nadmerného odpočtu DPH
rešpektovať, ako napríklad zásadu daňovej neutrality, zásadu ekvivalencie a efektivity, pričom Súdny
dvor EÚ zreteľne uvádza, že je vecou vnútroštátnych právnych poriadkov, ako si v nich štáty stanovia
konkrétny podmienky, za akých sa majú platiť úroky z omeškania (vec Kovozber C-120/15, bod 30).
Stanovenie nejakej doby na vykonanie daňovej kontroly, počas ktorej nemá daňový subjekt nárok na

úrok zo zadržaného nadmerného odpočtu, je v súlade so zásadou ekvivalencie a efektivity, v opačnom
prípade by bol obmedzený výkon práva štátu na zabezpečenie riadneho výberu daní prostredníctvom
daňovej kontroly. V tejto súvislosti správny súd poukázal na to, že v danom prípade je zaručené aj
dodržiavanie zásady daňovej neutrality, keďže zdaniteľnej osobe, ktorá nemôže dočasne disponovať s
finančnými prostriedkami, ktoré sú jej zadržiavané vo výške nadmerného odpočtu DPH a je postihovaná

hospodárskym znevýhodnením, je toto kompenzované práve zaplatením úrokov. Správny súd poukázal
aj na najnovšie uznesenie Súdneho dvora EÚ vo veci C-151/23 Elektrárne s.r.o.
13. Za nedôvodnú správny súd označil aj námietku žalobcu, že sa žalovaný v napadnutom rozhodnutí
nevysporiadal s námietkou, že § 79a zákona o DPH je v rozpore s výkladom článku 183 smernice Rady
č. 2006/112/ES majúc za to, že žalovaný sa s touto námietkou riadne a dostatočne vysporiadal.

14. Ďalej podľa názoru správneho súdu argumentácia žalobcu o všeobecnej subsidiarite § 79 ods.
3 Daňového poriadku a jeho použiteľnosti na predmetnú vec nezohľadňuje právo štátu na vykonanie
daňovej kontroly v primeranej lehote, navyše žalobca nesprávne stotožňuje inštitút nadmerný odpočet s
inštitútom daňový preplatok a tiež dobu zákonného preverovania údajov uvedených v daňovom priznaní
s oneskoreným vrátením nadmerného odpočtu. Úrok z nadmerného odpočtu zadržaného počas daňovej

kontroly nemožno stotožniť so žiadnym sankčným úrokom, nakoľko nejde o žiadne porušenie povinnosti
zo strany správcu dane, ale o plnenie si zákonných povinností - kontrolovať správne vyberanie dane.
Správny súd mal za to, že lehota na vrátenie nadmerného odpočtu a rovnako okamih, od ktorého
sa majú platiť úroky zo zadržaného nadmerného odpočtu, mohli byť v zásade predĺžené na účelyvykonania daňovej kontroly bez toho, aby tieto bolo nutné považovať za neprimerané, ak toto predĺženie
neprekračuje medze toho, čo je nevyhnutné na riadne vykonanie daňovej kontroly. Kompenzácia vo
forme úroku zo zadržaných finančných prostriedkov po bodu trvania daňovej kontroly však nemôže mať

povahu sankcie pre kontrolujúci daňový orgán, pretože počas daňovej kontroly ešte nie je jasné, či
bude táto ukončená bez nálezu a nadmerný odpočet bude vrátený (bod 47 rozsudku NS SR sp. zn.
8Sžfk/48/2019 z 28. mája 2020, ktorý bol publikovaný v Zbierke stanovísk najvyššieho súdu a rozhodnutí
súdov Slovenskej republiky pod R 28/2021).
15. Správny súd sa zamýšľal aj nad tým (aj s poukazom na námietky žalobcu), či stanovenie obdobia

šiestichmesiacovboloprimeranéačizákonodarcanemalurčiťkratšieobdobie,zaktorébysprávcadane
nebol povinný zaplatiť platiteľovi dane úrok z nadmerného odpočtu resp. či pri výpočte úrokov nemal
zobrať do úvahy ako počiatočný okamih deň, v kontexte štandardnej (všeobecnej) lehoty na vrátenie
nadmerného odpočtu, tzv. zákonnej lehoty, v akej by bol nadmerný odpočet vrátený, ak by daňová
kontrola nebola zahájená. V tejto súvislosti zastal názor, že je potrebné v posudzovanej veci vychádzať
zo znenia ustanovenia § 79a zákona o DPH, a to aj s prihliadnutím na skutočnosť, že pri správe daní sú

daňové orgány povinné postupovať v súlade s daňovými zákonmi v zmysle zásady zákonnosti a postupu
v zmysle čl. 2 ods. 2 Ústavy SR. Preto daňové orgány nie sú oprávnené priznávať úrok z nadmerného
odpočtu v inej výške a za iné obdobie, ako je stanovené zákonom o DPH.
16. Správny súd na podporu svojej argumentácie poukázal aj na rozsudok NS SR sp. zn. 1Sžfk/34/2019
z 30. júna 2020 (bod 36) a rozsudky Najvyššieho správneho súdu Slovenskej republiky (ďalej aj

ako „Najvyšší správny súd“ alebo „NSS SR“) sp. zn. 10Sžfk/35/2021 z 30. novembra 2022, sp. zn.
6Sžfk/29/2020 z 24. februára 2022, sp. zn. 2Sžfk/66/2019 zo 14. decembra 2021.
17. Správny súd mal za to, že v danom prípade nejde o oneskorené vrátenie nadmerného odpočtu,
keďže daňová kontrola začala v lehote na vrátenie nadmerného odpočtu, trvala od 10.04.2015 do
12.12.2016. Správca dane nezistil nadmerný odpočet, ale súc viazaný názorom odvolacieho orgánu

rozhodnutím dňa 20. novembra 2018 zastavil daňové konanie podľa § 62 ods. 1 písm. h) Daňového
poriadku a priznal nadmerný odpočet vo výške 73 793,74 eur. Toto rozhodnutie nadobudlo právoplatnosť
dňa 2. januára 2019 a dňa 7. januára 2019, postupom podľa § 79 ods. 6 veta tretia zákona o
DPH bol nadmerný odpočet vrátený. Následne správca dane postupom podľa § 79a zákona o DPH
správne vypočítal úroky z nadmerného odpočtu za každý deň od uplynutia šiestich mesiacov odo

dňa nasledujúceho po uplynutí lehoty na vrátenie nadmerného odpočtu (§ 79a ods. 2 zákona o
DPH). Lehota na vrátenie nadmerného odpočtu uplynula vzhľadom na daňové priznanie žalobcu
dňa 14.04.2015 a preto bol úrok správne priznaný od 15.10.2015 do 07.01.2019. S poukazom na
uvedené správny súd ako nedôvodnú vyhodnotil aj námietku žalobcu o neprimeranosti doby, po ktorú
mu bol zadržiavaný nadmerný odpočet (45 mesiacov). Správny súd vychádzal z toho, že dĺžka doby

zadržiavaného nadmerného odpočtu je viazaná v tomto konkrétnom prípade na zákonnú úpravu § 79
ods. 6 veta tretia zákona o DPH, v zmysle ktorej mal správca dane povinnosť vrátiť nadmerný odpočet
až po právoplatnosti rozhodnutia, v ktorom bol nadmerný odpočet uvedený. Správny súd sa súčasne
nestotožnil s tvrdením žalobcu, že by bolo daňové konanie ukončené „z dôvodu nezákonnosti daňovej
kontroly“, keď daňové konanie bolo zastavené podľa § 62 ods. 1 písm. h) Daňového poriadku, teda z

dôvodu, že odpadol dôvod daňového konania, keďže zákonná lehota na výkon daňovej kontroly bola
prekročená.
18. Správny súd neprihliadal na ďalší žalobný dôvod, ktorý žalobca predostrel až pri ústnom prednese na
pojednávaní, konkrétne, že došlo k prekročeniu zákonom stanovenej maximálnej doby trvania daňovej
kontroly a preto bola daňová kontrola nezákonná. V tejto súvislosti uviedol, že táto žalobná námietka

nebola v správnej žalobe uvedená, pričom bola uplatnená až po uplynutí lehoty na podanie správnej
žaloby [§ 183 zákona č. 162/2015 Z. z. Správny súdny poriadok v znení neskorších predpisov (ďalej len
„SSP“ alebo „Správny súdny poriadok“)].
III.
Kasačná sťažnosť a priebeh konania na kasačnom súde

19. Proti napadnutému rozsudku správneho súdu podal žalobca (ďalej len „sťažovateľ“) kasačnú
sťažnosť, v ktorej uplatňuje dôvod podľa § 440 ods. 1 písm. g) Správneho súdneho poriadku, teda
nesprávne právne posúdenie veci navrhujúc kasačnému súdu zmenu napadnutého rozsudku v podobe
zrušenia napadnutého rozhodnutia žalovaného vrátane prvostupňového rozhodnutia správcu dane a
vrátenia veci správcovi dane na ďalšie konanie.

20. Sťažovateľ zotrval na svojom názore, že ustanovenie § 79a zákona o DPH nie je možné aplikovať
z dôvodu jeho nesúladu s výkladom článku 183 smernice Rady č. 2006/112/ES podaného Súdnym
dvorom EÚ. Mal za to, že správne kolégium NS SR sa v Zjednocujúcom stanovisku nevyjadrovalo k
súladu či nesúladu znenia § 79a zákona o DPH s výkladom Súdneho dvora EÚ vo vzťahu k článku183 predmetnej smernice. V tejto súvislosti ale sťažovateľ zastáva názor, že ak by ustanovenie §
79a zákona o DPH bolo súladné s výkladom prezentovaným Súdnym dvorom EÚ, potom by bolo
v pomere špeciality k ustanoveniu § 79 ods. 3 Daňového poriadku. Dôvodom je tá skutočnosť, že

úrok zo zadržaného nadmerného odpočtu počas daňovej kontroly má mať kompenzačný charakter na
zmiernenie hospodárskeho znevýhodnenia kontrolovaného daňového subjektu, ku ktorému došlo tým,
že počas daňovej kontroly nemôže disponovať svojimi peňažnými prostriedkami vo výške nadmerného
odpočtu, zatiaľ čo ustanovenie § 79 ods. 3 Daňového poriadku je určitým druhom sankcie správcu dane
za to, že sa tento dostal do omeškania s plnením svojej zákonnej povinnosti.

21. Podľa sťažovateľa, ak by ustanovenie § 79a zákona o DPH bolo súladné s výkladom článku 183
smernice Rady č. 2006/112/ES, bolo by ho možné aplikovať až odo dňa 01.01.2017, kedy nadobudlo
účinnosť a nie spätne aj na daňové kontroly, ktoré boli ukončené do 31.12.2016 a to s poukazom
na zásadu zákazu retroaktivity. V práve posudzovanej veci bola daňová kontrola ukončená dňa 12.
decembra 2016 a preto ustanovenie § 79a zákona o DPH nie je možné použiť. Naviac sťažovateľ trvá
na svojej žalobnej námietke o nesúlade § 79a zákona o DPH s výkladom článku 183 smernice Rady č.

2006/112/ES podaným Súdnym dvorom EÚ.
22. Sťažovateľ ďalej argumentoval, že právo kontrolovaných daňových subjektov na úroky zo
zadržaného nadmerného odpočtu počas daňovej kontroly je neoddeliteľnou súčasťou práva Európskej
únie, a to bez ohľadu na to, či sú alebo nie sú vytvorené vnútroštátne pravidlá ich priznávania. Mal za to,
vychádzajúc z uznesenia Súdneho dvora EÚ C-120/15 Kovozber, že ustanovenie § 79a zákona o DPH

nerešpektuje zásadu efektivity, keďže za obdobie do uplynutia šiestich mesiacov od posledného dňa
lehoty na vrátenie nadmerného odpočtu nepriznáva právo na úrok zo zadržaného nadmerného odpočtu,
t.j.zatotoobdobieznemožňujevýkonprávakontrolovanéhodaňovéhosubjektunaúrokyzozadržaného
nadmerného odpočtu. Rovnako mal za to, že ustanovenie § 79a zákona o DPH nerešpektuje ani zásadu
ekvivalencie, keďže výška úroku uvedená v tomto ustanovení (1,5%) je zjavne nevýhodnejšia, než

akýkoľvek iný úrok pri podobných nárokoch založených na ustanoveniach vnútroštátneho práva. Výška
úroku 1,5 % nepokrýva ani len úrokovú sadzbu za krátkodobé úvery, ktoré poskytujú peňažné inštitúcie
a už vôbec nezohľadňuje infláciu, t. j. znehodnotenie peňazí počas doby zadržania (rozsudok Súdneho
dvora EÚ v spojených veciach C-13/18 a C-126/18 Sole-Mizo a Dalmandi).
23. Sťažovateľ sa nestotožnil ani s právnym posúdením námietky o nemožnosti aplikácie § 79a zákona

o DPH z dôvodu, že daňová kontrola nebola vykonaná zákonným spôsobom, po jej skončení nebolo
vydané meritórne rozhodnutie, pričom vec sa vrátila do právneho stavu po podaní daňového priznania
za zdaňovacie obdobie január 2015. Sťažovateľ poukázal na to, že daňové konanie bolo ukončené
procesným rozhodnutím správcu dane o zastavení konania podľa § 62 ods. 1 písm. h) Daňového
poriadku, pričom vzhľadom na ustanovenie § 119 SSP predpokladal, že sa správny súd náležitým

spôsobom oboznámi so skutkovým stavom zaznamenaným v administratívnom spise. Zo stanoviska
správneho súdu uvedeného v bode 55 napadnutého rozsudku mal sťažovateľ za to, že správnemu súdu
bol veľmi dobre známy dôvod, pre ktorý bolo daňové konanie zastavené. Správny súd na jednej strane
tvrdí, že k zastaveniu daňového konania došlo z dôvodu nedodržania lehoty na výkon daňovej kontroly
a súčasne dodáva, že to neznamená, že daňová kontrola bola nezákonná.

24. Sťažovateľ v súvislosti s nedodržaním zákonnej lehoty na vykonanie daňovej kontroly uviedol,
že táto skutočnosť nemôže mať za následok zákonné zadržanie nadmerného odpočtu podľa § 79
ods. 6 zákona o DPH. Teda pokiaľ správca dane nevrátil sťažovateľovi nadmerný odpočet v zákonom
stanovenejlehote,dostalsadoomeškaniaapretozadobuododňauplynutiazákonnejlehotynavrátenie
nadmerného odpočtu, t. j. odo dňa 15.04.2015 až do dňa jeho vrátenia, t. j. do 07.01.2019, je povinný

zaplatiť sťažovateľovi úrok z omeškania podľa § 79 ods. 3 Daňového poriadku. Aplikácia § 79a zákona
o DPH, a to aj keby jeho znenie bolo súladné s výkladom článku 183 smernice Rady č. 2006/112/
ES Súdnym dvorom EÚ, je v danom prípade vylúčená, pretože neboli splnené zákonné podmienky
zadržania nadmerného odpočtu - daňová kontrola bola nezákonná.
25. V súvislosti s uvedenou námietku sťažovateľ namieta, že by na pojednávaní dňa 4. júla 2024 túto

predniesol ako novú námietku majúc za to, že uvedené tvrdil aj v písomnom vyhotovení žaloby zo dňa
5. júna 2020, pričom na pojednávaní sa vo svojom prednese snažil len upriamiť pozornosť správneho
súdu práve na túto skutočnosť.
26. Žalovaný vo vyjadrení ku kasačnej sťažnosti navrhol kasačnému súdu túto ako nedôvodnú
zamietnuť.

27. Vec bola predložená Najvyššiemu správnemu súdu Slovenskej republiky 25. októbra 2024. Vec bola
náhodným spôsobom pridelená do ôsmeho senátu Najvyššieho správneho súdu, ktorý koná v zložení
JUDr. Anita Filová, Mgr. Kristína Babiaková a JUDr. Rastislav Dlugoš, PhD. a v tomto senáte bola
pridelená ako sudkyni spravodajkyni sudkyni JUDr. Anite Filovej.IV.
Posúdenie kasačného súdu

28. Najvyšší správny súd Slovenskej republiky ako súd kasačný (§ 438 ods. 2 SSP), po zistení, že
kasačná sťažnosť sťažovateľa bola podaná včas (§ 443 SSP), oprávnenou osobou (§ 442 ods. 1 SSP)
a je prípustná (§ 439 ods. 1 SSP), preskúmal napadnutý rozsudok správneho súdu spolu s konaním,
ktoré predchádzalo jeho vydaniu a dospel k názoru, že kasačná sťažnosť je dôvodná.
29.Kľúčovýmiprávnymiotázkami,kvyriešeniuktorýchbolkasačnýsúdsťažovateľomvyzvaný,boli,(i)či

žalobná námietka týkajúca sa vplyvu nezákonnosti daňovej kontroly na potrebu aplikácie ustanovenia §
79 ods. 3 Daňového poriadku bola uplatnená včas, t. j. v rámci lehoty na podanie správnej žaloby; (ii) aká
právna úprava má byť aplikovaná v prípade uplatneného nároku na náhradu za zadržanie nadmerného
odpočtu DPH v prípade daňovej kontroly ukončenej do 31. decembra 2016; (iii) v akej výške a za akú
dobu vzniká sťažovateľovi nárok na náhradu za zadržanie nadmerného odpočtu v prípade realizovanej
daňovej kontroly. Sporným medzi účastníkmi konania nebolo, že sťažovateľ má nárok na náhradu za

zadržanie nadmerného odpočtu DPH.
30. V prvom rade sa kasačný súd zaoberal dôvodnosťou kasačnej námietky týkajúcej sa včasnosti
uplatnenia žalobnej námietky o nemožnosti aplikácie ustanovenia § 79a zákona o DPH z dôvodu
nezákonnosti daňovej kontroly. Správny súd túto námietku vyhodnotil, ako námietku neuplatnenú v
zákonnej lehote na podanie správnej žaloby (§ 183 SSP) uplatňujúc prísnu koncentračnú zásadu (bod

56 napadnutého rozsudku). Sťažovateľ brojil proti tomuto záveru správneho súdu tvrdiac, že v správnej
žalobe zrozumiteľne poukázal na to, že daňové konanie bolo ukončené procesným rozhodnutím správcu
dane o zastavení konania podľa § 62 ods. 1 písm. h) Daňového poriadku a že vzhľadom na ustanovenie
§ 119 SSP predpokladal, že sa správny súd náležitým spôsobom oboznámi so skutkovým stavom
zaznamenaným v administratívnom spise.

31. Kasačný súd preto vyhodnocoval obsah správnej žaloby s dôrazom na to, či sťažovateľ tvrdenú
skutočnosť uplatnil v rámci zákonnej lehoty na podanie správnej žaloby, respektíve či je táto skutočnosť
obsiahnutá v správnej žalobe. Po podrobnom oboznámení sa so správnou žalobou kasačný súd
konštatuje, že argumentácia sťažovateľa o nemožnosti aplikácie ustanovenia § 79a zákona o DPH
práve z dôvodu nezákonnosti daňovej kontroly v správnej žalobe absentuje. Je pravdou, že sťažovateľ

v správnej žalobe na strane 10 poukázal aj na to, že (i) závery správcu dane uvedené v protokole sa
zakladali na nesprávnom právnom posúdení veci a že v priebehu daňovej kontroly sa vyskytla vada,
ktorá mala vplyv na jej zákonnosť; (ii) obdobie zadržania nadmerného odpočtu bolo preukázateľne od
04.04.2015 do 07.01.2019 a (iii) v zmysle judikatúry Súdneho dvora EÚ a NS SR mu patrí úrok podľa §
79 ods. 3 Daňového poriadku, avšak konkrétna argumentácia o vplyve nezákonnosti daňovej kontroly

na zákonnosť zadržania nadmerného odpočtu počas daňovej kontroly podľa § 79 ods. 6 zákona o
DPH v správnej žalobe absentovala. Túto argumentáciu sťažovateľ doplnil až v replike na vyjadrenie
žalovaného doručenej Krajskému súdu v Nitre dňa 26. januára 2022, a následne na pojednávaní
konanom dňa 4. júla 2024 (kasačný súd sa oboznámil so zvukovou nahrávkou z daného pojednávania),
čo znamená, že túto žalobnú námietku skutočne uplatnil až po uplynutí lehoty na podanie správnej

žaloby, teda oneskorene. Správny súd preto nebol oprávnený na túto argumentáciu prihliadať. Pokiaľ
sťažovateľ poukazuje na ustanovenie § 119 SSP, tak toto sa uplatňuje v rámci dokazovania, ktoré je
naviazané na právnu argumentáciu. Teda, pokiaľ sťažovateľ konkrétnu skutočnosť netvrdil, správny súd
nemal dôvod nad rozsah a dôvody správnej žaloby vyhľadávať za sťažovateľa dôkazy s argumentáciou
nesúvisiace. Sťažovateľ v rámci celej správnej žaloby tvrdil nesúlad vnútroštátnej právnej úpravy účinnej

od 01.01.2017 s článkom 183 smernice Rady č. 2006/112/ES a to s poukazom na konkrétne rozhodnutia
Súdneho dvora EÚ a netvrdil, že aplikácia ustanovenia § 79a zákona o DPH je vylúčená práve z dôvodu
nezákonnosti daňovej kontroly. Preto kasačný súd túto námietku vyhodnotil ako nedôvodnú.
32. Kasačný súd následne pristúpil k posudzovaniu meritórnych kasačných námietok.
33. Podľa § 79a ods. 1 zákona o DPH v znení účinnom od. 1. januára 2017 ak daňový úrad začal daňovú

kontrolu v lehote na vrátenie nadmerného odpočtu podľa § 79 ods. 1, 2 alebo ods. 5 a nadmerný odpočet
nebolvrátenýdouplynutiašiestichmesiacovodposlednéhodňalehotynavrátenienadmernéhoodpočtu
podľa § 79 ods. 1, 2 alebo ods. 5, platiteľ má nárok na náhradu za zadržanie nadmerného odpočtu (ďalej
len „úrok z nadmerného odpočtu“) podľa odseku 2.
34. Podľa § 79a ods. 2 zákona o DPH v znení účinnom od. 1. januára 2017 platiteľ má nárok na úrok

z nadmerného odpočtu vo výške dvojnásobku základnej úrokovej sadzby Európskej centrálnej banky
platnej prvý deň kalendárneho roka, za ktorý sa úrok počíta, a ak tento dvojnásobok základnej úrokovej
sadzby nedosiahne 1,5 %, pri výpočte úroku z nadmerného odpočtu sa použije ročná úroková sadzba vo
výške 1,5 %. Úrok sa vypočíta zo sumy vráteného nadmerného odpočtu, a to za každý deň od uplynutiašiestich mesiacov odo dňa nasledujúceho po uplynutí lehoty na vrátenie nadmerného odpočtu podľa §
79 ods. 1, 2 alebo ods. 5 do dňa jeho vrátenia vrátane.
35. Podľa § 85ke zákona o DPH v znení účinnom od. 1. januára 2017 platiteľ má nárok na úrok z

nadmerného odpočtu podľa § 79a, aj keď daňová kontrola v lehote na vrátenie nadmerného odpočtu
podľa § 79 ods. 1, 2 alebo ods. 5 začala pred 1. januárom 2017 a k 1. januáru 2017 nebola skončená.
Ustanovenie § 79a sa neuplatní, ak daňová kontrola v lehote na vrátenie nadmerného odpočtu podľa §
79 ods. 1, 2 alebo ods. 5 bola skončená do 31. decembra 2016 vrátane.
36. V prípade druhej nastolenej spornej právnej otázky kasačný súd sumarizuje, že správny súd v

napadnutom rozsudku prijal záver, že v prípade daňových kontrol ukončených do 31. decembra 2016,
aj napriek absencii právnej úpravy v súlade so Zjednocujúcim stanoviskom, nemožno aplikovať § 85ke
zákona o DPH a náhradu je potrebné vypočítať podľa § 79a zákona o DPH. Ústavný súd Slovenskej
republiky nálezom vo veci ZSE Elektrárne, s.r.o. - sp. zn. II. ÚS 152/2025 z 12. júna 2025 (ďalej ako
„nález“) poskytol jasné odpovede na uvedenú otázku, keď rozhodol, že na Zjednocujúce stanovisko, z
ktorého vychádzal aj správny súd v napadnutom rozsudku, je potrebné nahliadať iba ako na odporúčanie

alebo návod na úvahy pre jednotlivé vnútroštátne orgány, ktoré sú vo svojej rozhodovacej činnosti
povinné zabezpečiť plný účinok smernice Rady č. 2006/112/ES so zohľadnením aktuálnej judikatúry
Súdneho dvora EÚ aj napriek absencii relevantnej vnútroštátnej právnej úpravy v rozhodnom období
(bod 35 nálezu). Podľa ústavného súdu výkladové Zjednocujúce stanovisko najvyššieho súdu nemá
normotvornú silu a nemôže účinne zabezpečiť či snáď priamo založiť retroaktívnu aplikáciu právnej

normy daňového práva v prípade daňovej kontroly ukončenej do 31. decembra 2016 (bod 33 nálezu),
a preto priama retroaktívna aplikácia § 79a zákona o DPH bez zákonného zmocnenia len na základe
Zjednocujúceho stanoviska najvyššieho súdu na tieto daňové kontroly je ústavne neakceptovateľná (bod
34 nálezu). Ústavný súd preto uzavrel, že pri rozhodovaní o veciach úrokov v prípade daňových kontrol
ukončených do 31. decembra 2016 je potrebné vychádzať z judikatúry Súdneho dvora EÚ a skúmať,

či bola daňová kontrola vykonaná v primeranej lehote s ohľadom na konkrétne okolnosti veci (bod 35
nálezu).
37. V súvislosti s citovaným preto kasačný súd konštatuje, že na prípad sťažovateľa, keďže daňová
kontrola bola ukončená pred 31. decembrom 2016 (konkrétne dňa 12. decembra 2016), nie je možné
priamo aplikovať ustanovenie § 79a zákona o DPH, ale je potrebné pri stanovení výšky ako aj doby,

za ktorú sa má náhrada poskytovať, vychádzať priamo z článku 183 smernice Rady č. 2006/112/ES,
a to v rámci aktuálnej judikatúry Súdneho dvora EÚ. Právne závery žalovaného ako aj správneho
súdu boli preto v tomto smere nesprávne, keď priamo aplikovali ustanovenie § 79a zákona o DPH na
prípad sťažovateľa. Súčasne je ale potrebné pripomenúť, že až do nálezu Ústavného súdu SR bola
rozhodovacia prax správnych súdov, s poukazom na Zjednocujúce stanovisko vo vzťahu k aplikácii

ustanovenia § 79a zákona o DPH aj na daňové kontroly skončené do 31. decembra 2016, ustálená.
38. Vychádzajúc z aktuálnej rozhodovacej činnosti Súdneho dvora EÚ tento opakovane uznal, že
lehota na vrátenie nadmerného odpočtu môže byť v zásade predĺžená na účely vykonania daňovej
kontroly (rozsudok vo veci Molenheide a i. z 18. decembra 1997, spojené veci C-289/94, C-340/95,
C-401/95, C-47/96, bod 41). Súdny dvor EÚ však súčasne zdôraznil, že keďže zdaniteľná osoba

dočasne nemôže disponovať finančnými prostriedkami vo výške nadmerného odpočtu, je postihnutá
hospodárskym znevýhodnením, ktoré by malo byť kompenzované zaplatením úrokov, čím je zaručené
dodržanie zásady daňovej neutrality (uznesenie vo veci Kovozber z 21. októbra 2015, C-120/15, bod 23,
a tam citovaná judikatúra; tiež rozsudky vo veci technoRent International a i. z 12. mája 2021, C-844/19,
body 39 a 40, a vo veci HUMDA z 13. októbra 2022, C-397/21, bod 37).

39. Súdny dvor EÚ ďalej uviedol, že hoci v prípade neexistencie právnej úpravy Únie prináleží
vnútroštátnemu právnemu poriadku každého členského štátu stanoviť podmienky, za ktorých majú byť
takéto úroky zaplatené, najmä úrokovú sadzbu a spôsob výpočtu týchto úrokov, tieto podmienky musia
dodržiavať zásady ekvivalencie a efektivity, ako aj zásadu daňovej neutrality (rozsudok vo veci Sole-
Mizo a Dalmandi Mezőgazdasági z 23. apríla 2020, spojené veci C-13/18 a C-126/18, body 30 a 37 a

tam citovaná judikatúra; uznesenie vo veci ZSE Elektrárne z 5. októbra 2023, C-151/23, bod 29). Pod
zásadou ekvivalencie sa rozumie, že uvedené vnútroštátne ustanovenia nesmú byť menej priaznivé než
pravidlá, ktoré upravujú podobné situácie podliehajúce vnútroštátnemu právu a pod zásadou efektivity
sa zase rozumie to, že takéto vnútroštátne ustanovenia nesmú prakticky znemožniť alebo nadmerne
sťažiť výkon práv, ktoré priznáva právo Únie [rozsudok vo veci Varhoven administrativen sad (Zrušenie

napadnutého ustanovenia) z 24. novembra 2022, C-289/21, bod 33 a tam citovaná judikatúra]. Prináleží
však vnútroštátnym súdom, ktoré majú ako jediné priame poznatky o vnútroštátnom práve, aby overili,
či podmienky zabezpečujúce vo vnútroštátnom práve ochranu práv, ktoré osobám podliehajúcim súdnej
právomoci vyplývajú z práva Únie, sú v súlade so zásadami ekvivalencie a efektivity a aby preskúmalipredmet a podstatné náležitosti údajne podobných prostriedkov vnútroštátnej povahy. Z tohto dôvodu
musia tieto vnútroštátne súdy overiť podobnosť dotknutých prostriedkov z pohľadu ich predmetu, príčiny
a podstatných prvkov (rozsudok vo veci Sole-Mizo a Dalmandi Mezőgazdasági, už citovaný, bod 40).

40. Súdny dvor EÚ zdôraznil, že na účely stanovenia spôsobu úročenia je potrebné prihliadať na zásadu
neutrality systému DPH tak, aby nebola narušená tým, že daňovník by znášal celé bremeno tejto dane
alebo jeho časť. Opatrenia prijaté členskými štátmi musia najmä umožniť zdaniteľnej osobe získať
za primeraných podmienok späť celú sumu pohľadávky vyplývajúcu z nadmerného odpočtu DPH, čo
znamená, že vrátenie musí byť vykonané v primeranej lehote, a že prijatý spôsob vrátenia nesmie

v žiadnom prípade vystaviť zdaniteľnú osobu žiadnemu finančnému riziku (uznesenie vo veci Delphi
Hungary Autóalkatrész Gyártó zo 17. júla 2014, C-654/13, bod 31).
41. V rozsudku v spojených veciach Sole-Mizo Zrt. (C-13/18), Dalmandi Mezögazdasági Zrt. (C-126/18)
z 23. apríla 2020 v bode 51 Súdny dvor EÚ uviedol, že právo Únie a osobitne zásada efektivity a daňovej
neutrality sa majú vykladať v tom zmysle, že bránia praxi členského štátu spočívajúcej vo výpočte úrokov
z nadmerného odpočtu odpočítateľnej DPH, zadržaného týmto členským štátom nad rámec primeranej

lehoty v rozpore s právom Únie, uplatnením sadzby, ktorá zodpovedá základnej sadzbe vnútroštátnej
centrálnej banky, ak na jednej strane táto sadzba je nižšia než sadzba, ktorú by zdaniteľná osoba, ktorá
nie je úverovou inštitúciou, musela zaplatiť za požičanie sumy rovnajúcej sa uvedenej sume, a na druhej
straneúrokyzdotknutéhonadmernéhoodpočtuDPHsapočítajúzadanézdaňovacieobdobie,pričomsa
neuplatníúrok,ktoréhocieľomjekompenzovaťzdaniteľnejosobezníženiepeňažnejhodnotyspôsobené

uplynutím času od tohto zdaňovacieho obdobia až do skutočného zaplatenia týchto úrokov. Okrem toho,
takáto prax nie je spôsobilá kompenzovať hospodársku záťaž neoprávnene zadržaných súm dane, čo
je v rozpore so zásadou daňovej neutrality (uznesenie vo veci SOLE-MiZo z 20. júna 2023, C-426/22,
bod 48).
42. Je potrebné zdôrazniť, že Súdny dvor EÚ sa k existencii práva na úročenie za zadržaný nadmerný

odpočet vyjadril i v situáciách, keď išlo o regulárne daňové kontroly (rozsudok vo veci technoRent
International a i., už citovaný, bod 39; rovnako rozsudok vo veci Kovozber, už citovaný alebo vo veci
HUMDA z 13. októbra 2022, C-397/21, bod 37), teda aj keď nebol nadmerný odpočet zadržaný v rozpore
s právom Únie (ako to bolo v spojených veciach Sole-Mizo Zrt. (C-13/18), Dalmandi Mezögazdasági Zrt.
(C-126/18) z 23. apríla 2020 a vo veci SOLE-MiZo z 20. júna 2023), ale keď nebol nadmerný odpočet

DPH vrátený v primeranej lehote.
43. K dobe, počas ktorej by sa zadržaný nadmerný odpočet mal úročiť, Súdny dvor EÚ uviedol, že
v prípade neexistencie právnej úpravy Únie patrí do procesnej autonómie členských štátov určenie
dátumu, od ktorého sú úroky dlhované, za rešpektovania zásad ekvivalencie a efektivity (uznesenie vo
ZSE Elektrárne, už citované, bod 30).

44. K otázke dĺžky tejto primeranej lehoty sa Súdny dvor EÚ vyjadril v rozsudku vo veci Kovozber,
už citovanom, kde v bode 26 uviedol: Treba však konštatovať, že taká vnútroštátna právna úprava
nie je v súlade s požiadavkami vyplývajúcimi zo zásady daňovej neutrality pripomenutej v bode 21
tohto uznesenia, podľa ktorej vrátenie nadmerného odpočtu DPH sa musí uskutočniť v primeranej
lehote, keďže v prípade začatia daňovej kontroly má za následok zadržanie finančných prostriedkov

zodpovedajúce nadmernému odpočtu DPH zdaniteľnej osobe počas podstatného obdobia, ktoré môže
byť šesť- až dvanásťkrát dlhšie, ako je zdaňovacie obdobie jedného mesiaca.
45. Lehotu 180 dní na vrátenie dane stanovenej pre nových platiteľov DPH označil Súdny dvor EÚ
rovnakozaneprijateľnúvrozsudkuvoveciAlicjaSosnowskaC-25/07z10.júla2008vbode27.Naopakv
rozsudkuvoveciEnelMaritsaIztok3ADC-107/10z12.mája2011vbode49odobrilvnútroštátnuprávnu

úpravu, ktorá umožňovala prenesenie DPH do troch zdaňovacích období nasledujúcich po zdaňovacom
období, v ktorom k predmetnému nadmernému odpočtu došlo.
46. Ďalej Súdny dvor EÚ v rozsudku vo veci Enel Maritsa Iztok 3 AD C-107/10 z 12. mája 2011 v
bode 53 uzavrel, že lehota na vrátenie nadmerného odpočtu DPH môže byť v zásade predĺžená na
účely vykonania daňovej kontroly bez toho, aby bolo nutné považovať túto lehotu za neprimeranú, ak

toto predĺženie neprekračuje medze toho, čo je nevyhnutné na riadne vykonanie tejto daňovej kontroly.
Súčasne dodal, že keďže zdaniteľná osoba nemôže dočasne disponovať finančnými prostriedkami vo
výške nadmerného odpočtu, jej hospodárske znevýhodnenie by malo byť kompenzované zaplatením
úrokov, čím je zaručené dodržanie zásady daňovej neutrality.
47.VoveciZSEElektrárnes.r.o.C-151/23SúdnydvorEÚtiežuviedol,žezjudikatúrySúdnehodvoraEÚ

vyplýva, že hoci členské štáty majú určitú slobodu pri stanovovaní podmienok uvedených v článku 183
smernice Rady č. 2006/112/ES, tieto podmienky nemôžu spochybňovať zásadu daňovej neutrality tým,
že zdaniteľná osoba bude povinná znášať túto daňovú záťaž v celom rozsahu alebo sčasti (rozsudok
z 12. mája 2021, technoRent International a i., C-844/19, EU:C:2021:378, bod 37, ako aj citovanájudikatúra). Uvedené podmienky musia najmä umožniť, aby mohla byť zdaniteľnej osobe za primeraných
podmienok vrátená celá suma vyplývajúca z nadmerného odpočtu DPH, čo znamená, že vrátenie sa
uskutoční v primeranej lehote vyplatením finančnej hotovosti alebo porovnateľným spôsobom a prijatý

spôsob vrátenia v nijakom prípade nesmie pre zdaniteľnú osobu predstavovať finančné riziko. Ak by
zdaniteľnáosobanemalanároknaúrokyzomeškaniavprípade,žekvráteniunadmernéhoodpočtuDPH
nedôjde v primeranej lehote, vznikla by jej tým ujma, čo je v rozpore so zásadou daňovej neutrality (pozri
v tomto zmysle rozsudok z 12. mája 2021, technoRent International a i., C-844/19, EU:C:2021:378, body
38 a 39, ako aj citovanú judikatúru). V tejto súvislosti Súdny dvor EÚ už rozhodol, že lehota na vrátenie

nadmerného odpočtu DPH môže byť v zásade predĺžená na účely vykonania daňovej kontroly bez toho,
aby bolo nutné považovať túto lehotu za neprimeranú, ak toto predĺženie neprekračuje medze toho,
čo je nevyhnutné na riadne vykonanie tejto daňovej kontroly (uznesenie z 21. októbra 2015, Kovozber,
C-120/15, EU:C:2015:730, bod 23). Ak teda v takom prípade dôjde k vráteniu nadmerného odpočtu
DPH zdaniteľnej osobe v primeranej lehote, právo Únie nevyžaduje kompenzáciu dočasnej nemožnosti
disponovať s peňažnými sumami zaplatením úrokov z omeškania (pozri v tomto zmysle uznesenie z 21.

októbra 2015, Kovozber, C-120/15, EU:C:2015:730, bod 24) [body 23 až 26].
48. Súdny dvor EÚ tiež argumentuje, že vnútroštátnemu súdu prináleží všetko, čo patrí do jeho
právomoci, aby zabezpečil plný účinok citovaného článku 183 tak, že podá výklad vnútroštátneho práva,
ktorý je v súlade s právom Únie (uznesenie vo veci ZSE Elektrárne, už citované, bod 29). Súdny
dvor EÚ však rovnako uviedol, a to v kontexte smernice Rady č. 2006/112/ES a jej článku 183, že z

ustálenej judikatúry vyplýva, že vnútroštátny súd, ktorý je zodpovedný za uplatňovanie ustanovení práva
Únie v rámci svojej právomoci, je povinný zabezpečiť plný účinok týchto ustanovení v prípade potreby
tým, že z vlastnej právomoci neuplatní akékoľvek vnútroštátne ustanovenie, ktoré je v rozpore s týmto
ustanovením (rozsudok vo veci Delphi Hungary Autóalkatrész Gyártó, už citovaný, bod 38).
49. Podľa záverov Súdneho dvora EÚ vo veci ZSE Elektrárne, C-151/23 z 5. októbra 2023, bod 28

prináleží vnútroštátnemu súdu, aby najmä vzhľadom na zásady neutrality, efektivity a ekvivalencie,
ako aj na všetky osobitosti veci, o ktorej rozhoduje, určil, či sa v prejednávanej veci má vrátenie
nadmerného odpočtu DPH považovať za uskutočnené v primeranej lehote, a pokiaľ zistí, že k tomuto
vráteniu v primeranej lehote nedošlo, určiť okamih, od ktorého sa úroky z omeškania pripočítajú k sume
nadmerného odpočtu.

50. V súlade s vyššie uvedenými východiskami Súdny dvor EÚ tiež konštatoval, že je prvoradou úlohou
vnútroštátneho súdu pri aplikácii práva únie zohľadniť celé vnútroštátne právo a primárne pristúpiť k
analogickému uplatneniu ustanovení vnútroštátneho práva (vec C-844/19 z 12. mája 2021 technoRent
bod 54 a 55), ak také existujú. Kasačný súd v súlade s vyššie citovanou rozhodovacou činnosťou
Súdneho dvora EÚ preto najprv posudzoval (keďže v relevantnom čase neexistovala právna úprava

priamoupravujúcanároknanáhraduzazadržanienadmernéhoodpočtuDPH),čivslovenskomprávnom
poriadku existuje ustanovenie, ktoré by bolo analogicky uplatniteľné pre danú situáciu. Vzhľadom na
závery ústavného súdu o neaplikácii ustanovenia § 79a zákona o DPH, ktoré nadobudlo účinnosť až
od 1. januára 2017, teda po ukončení daňovej kontroly vo veci sťažovateľa, kasačný súd skúmal, či
existovala v tom čase taká iná právna úprava, podľa ktorej by náhrada za zadržiavanie nadmerného

odpočtu čo do výšky úroku, ako aj doby, za ktorú sa má náhrada poskytovať, zodpovedala článku
183 smernice Rady č. 2006/112/ES, konkrétne, či táto právna úprava zodpovedala zásadám daňovej
neutrality, ekvivalencie a efektivity v zmysle vyššie citovanej judikatúry Súdneho dvora EÚ.
51. Zákon o DPH upravoval v znení účinnom do 31. decembra 2016 lehoty na vrátenie nadmerného
odpočtu v § 79 ods. 1, 2 a 5. Ide o lehoty, v ktorých sa nadmerný odpočet zdaniteľnej osobe vráti

bez vykonania kontrolného mechanizmu, teda bez vykonania daňovej kontroly. Tieto lehoty sú však
neaplikovateľné na tu posudzovaný prípad, keďže Súdny dvor EÚ umožnil „bezúročné“ predĺženie lehoty
na vrátenie nadmerného odpočtu DPH za účelom vykonania daňovej kontroly za podmienky, že takéto
predĺženie neprekračuje medze toho, čo je nevyhnutné na riadne vykonanie daňovej kontroly (vec Enel
Maritsa C-107/10 body 52 a 53, vec Kovozber C-151/23 bod 26). Práve z uvedeného dôvodu lehoty

upravené v § 79 ods. 1, 2 a 5 zákona o DPH nie je možné pre daný prípad analogicky použiť, keďže
by aplikáciou daného ustanovenia došlo prakticky k popretiu rozhodovacou činnosťou Súdneho dvora
EÚ prípustného predĺženia lehoty na vrátenie nadmerného odpočtu z dôvodu realizácie kontrolného
mechanizmu - daňovej kontroly.
52. Ustanovenie § 79 ods. 6 zákona o DPH v znení účinnom do 31. decembra 2016 upravuje ďalšiu

lehotu na vrátenie nadmerného odpočtu, ktorá sa viaže na vykonanie daňovej kontroly. Podľa tohto
ustanovenia sa nadmerný odpočet zdaniteľnej osobe vráti v lehote 10 dní od skončenia daňovej
kontroly. Daňová kontrola má zákonom stanovený strop jedného roka. Práve z dôvodu zákonom
stanoveného jednoročného trvania daňovej kontroly analogická aplikácia daného ustanovenia pre danýprípad rovnako neprichádza do úvahy. Naviac Súdny dvor EÚ práve v už spomínanej veci Kovozber
vyslovil, že článok 183 prvý odsek smernice Rady č. 2006/112/ES sa má vykladať v tom zmysle, že bráni
takej vnútroštátnej právnej úprave, ktorá upravuje výpočet úrokov z omeškania pri vrátení nadmerného

odpočtu DPH až od uplynutia lehoty 10 dní po skončení daňovej kontroly.
53. Rovnako vo vzťahu k zásade ekvivalencie a výške náhrady kasačný súd uvádza, že použitie
ustanovenia § 79 ods. 3 Daňového poriadku, ktorého sa dovoláva sťažovateľ, a teda vztiahnutie výšky
úroku v ňom uvedenom na celé obdobie, počas ktorého sa úročí suma zadržaného nadmerného
odpočtu, neprichádza do úvahy. Ustanovenie § 79 ods. 3 Daňového poriadku zakotvuje výšku úroku pre

omeškanie na strane správcu dane, pričom v prípade zadržiavaného nadmerného odpočtu pri výkone
daňovej kontroly, nie je správca dane pri jeho vrátení v omeškaní, do tohto sa dostane až na 11. deň
po dni ukončenia daňovej kontroly (§ 79a ods. 6 zákona o DPH). Úrok z omeškania podľa § 79 ods. 3
Daňového poriadku má charakter sankcie za nesplnenie povinností správcu dane, pričom náhrada za
zadržiavanie nadmerného odpočtu tento sankčný charakter nemá. Nesankcionuje totiž správcu dane
za porušenie jeho povinností, ale kompenzuje daňovému subjektu, že dočasne nemôže disponovať

finančnými prostriedkami (ktoré zadržanie je zákonom predpokladané). Preto zásada ekvivalencie by
vyžadovala použitie § 79 ods. 3 Daňového poriadku na vec sťažovateľa iba v prípade, ak by bol
správca dane práve v takomto omeškaní. V už citovanom rozsudku v spojených veciach Sole-Mizo
a Dalmandi Mezőgazdasági Súdny dvor EÚ v bodoch 40 až 42 odmietol pomeriavať výšku úroku za
zadržaný nadmerný odpočet práve s poukazom na zásadu ekvivalencie, keď sa mu nejavilo, že by

nároky podľa vnútroštátneho práva boli ekvivalentné nároku podľa práva Európskej únie, pričom tvrdený
výhodnejší nárok podľa vnútroštátneho práva bol založený práve na omeškaní správcu dane, a nie
na ochrane daňového subjektu, podobne ako v práve rozhodovanej veci. Podobne výlučne z pohľadu
zásady efektivity, a nie zásady ekvivalencie, posudzoval Súdny dvor EÚ výšku úrokov v už citovanom
rozsudku vo veci HUMDA (bod 40).

54. Kasačný súd tak v právnych predpisoch upravujúcich režim DPH, konkrétne v zákone o DPH,
Daňovom poriadku a ani v iných predpisoch upravujúcich iné druhy daní, nenašiel ustanovenie, ktoré
by bolo analogicky (zásada ekvivalencie) použiteľné pri určení okamihu, od ktorého sa má náhrada za
zadržiavanie nadmerného odpočtu v dôsledku daňovej kontroly počítať ako ani pri stanovení jej výšky.
Ustanovenie, ktoré by určovalo začiatok tejto lehoty a výšku náhrady, neobsahuje ani právna úprava

Únie, ktorá skutočnosť vyplýva z už vyššie citovanej judikatúry Súdneho dvora EÚ.
55. Kasačnému súdu tak v práve posudzovanej veci prináležalo určiť okamih, od ktorého sťažovateľovi
vzniká nárok na náhradu za zadržiavaný nadmerný odpočet DPH, a to podľa zásad, ktoré vyplývajú z
práva Únie. Konkrétne z už vyššie citovanej rozhodovacej činnosti Súdneho dvora EÚ, ktorá ako už bolo
uvedené, stanovila mantinely pre lehotu, počas ktorej za zadržiavanie nadmerného odpočtu z dôvodu

uskutočnenej daňovej kontroly nevzniká nárok na náhradu.
56. Najvyšší správny súd Slovenskej republiky obdobnú otázku riešil vo veci sp. zn. 2Sžfk/42/2020 a
rozhodnutím zo dňa 21. júla 2025 prijal závery, s ktorými sa kasačný súd stotožňuje aj v tu posudzovanej
veci.
57. Z rozhodovacej činnosti Súdneho dvora EÚ podľa kasačného súdu v súvislosti s lehotou na vrátenie

nadmernéhoodpočtuDPHvyplývajednak,že(i)lehotaprevrátenienadmernéhoodpočtuDPHmôžebyť
v zásade predĺžená na účely vykonania daňovej kontroly, (ii) predĺženie na účely preverenia oprávnenia
na vrátenie odpočtu DPH, s ktorým je spojený nárok na úroky z omeškania zo sumy, ktorá sa má vrátiť,
však musí byť primerané (lehotu 180 dní, respektíve šesť mesiacov od podania daňového priznania k
DPH za zdaňovacie obdobie, v ktorom nadmerný odpočet DPH vznikol, už za primeranú nepovažuje) a

(iii) v prípade, že k vráteniu nadmerného odpočtu dôjde po uplynutí primeranej lehoty, zásada daňovej
neutrality vyžaduje, aby sa zdaniteľnej osobe nahradili finančné straty zapríčinené tým, že nemohla
počas obdobia, za ktoré nebola požadovaná suma nadmerného odpočtu DPH vrátená, s touto sumou
disponovať, a to práve prostredníctvom úroku z omeškania (vec Nidera BV C-387/16, bod 37, vec Enel
Maritsa Iztok 3 AD C-107/10 z 12. mája 2011 bod 53).

58.Kasačnýsúdvsúladesvyššieuvedenýmivýchodiskamizastávanázor,žezadržiavanienadmerného
odpočtu DPH bez náhrady na účely výkonu daňovej kontroly je v súlade s rozhodovacou činnosťou
Súdneho dvora EÚ, ak lehota na vrátenie nadmerného odpočtu DPH, po ktorej uplynutí vzniká nárok
na náhradu, nie je v prípade začatia daňovej kontroly dlhšia ako štyri mesiace od uplynutia lehoty na
podanie daňového priznania za zdaňovacie obdobie, v ktorom mohol byť nadmerný odpočet odpočítaný

v zmysle § 79 ods. 1 zákona o DPH. Konkrétne tak ide o lehotu päť mesiacov od uplynutia lehoty
na podanie daňového priznania za zdaňovacie obdobie, v ktorom nadmerný odpočet vznikol. Kasačný
súd súčasne navyše pripomína, že z už citovanej judikatúry Súdneho dvora EÚ, ako aj z ostatného
rozhodnutia Ústavného súdu SR vo veci ZSE Elektrárne, s.r.o. vyplýva, že posudzovanie primeranostilehoty zadržiavania nadmerného odpočtu bude vždy závisieť od okolností konkrétneho prípadu (postup
azisteniadaňovýchorgánovvkonkrétnommomente,súčinnosťúčastníkakonaniaapod.)spotenciálom
úpravy doby zadržiavania nadmerného odpočtu DPH bez náhrady počas prebiehajúcej daňovej kontroly.

59. V ďalšom konaní preto bude úlohou správcu dane posúdiť na základe obsahu administratívneho
spisu z daňovej kontroly týkajúcej sa oprávnenosti nároku na vrátenie nadmerného odpočtu za
zdaňovacieobdobiejanuár2015ajsamotnýpriebehdaňovejkontrolysozameranímnaúkonyvurčenom
období (bod 58 tohto rozsudku). Pôjde o úkony vykonané v rámci daňovej kontroly, ktoré spadajú do
obdobia piatich mesiacov od uplynutia lehoty na podanie daňového priznania za zdaňovacie obdobie, v

ktorom nadmerný odpočet vznikol. Dôraz bude klásť správca dane na to, či nebol určité obdobie pasívny
a umelo tak nepredlžoval dĺžku daňovej kontroly zohľadniac pritom samozrejme aj prípadnú pasivitu/
nesúčinnosť samotného sťažovateľa. V prípadoch očividnej pasivity správcu dane by totiž prichádzalo
do úvahy aj stanovenie inej, kratšej lehoty ako päť mesiacov od uplynutia lehoty na podanie daňového
priznania za zdaňovacie obdobie, v ktorom nadmerný odpočet vznikol, počas ktorej by bolo namieste
priznanie náhrady zo zadržiavaného nadmerného odpočtu. Kasačný súd týmto nijako nespochybňuje

Súdnym dvorom EÚ priznanú legitimitu predĺženia lehoty na vrátenie nadmerného odpočtu z dôvodu
uskutočnenia daňovej kontroly, nárok na náhradu za zadržiavaný odpočet však musí vzniknúť tak, aby
boli zachované zásady daňovej neutrality, ekvivalencie a efektivity. Na strane druhej však výkon daňovej
kontroly musí byť efektívny, keďže daňový subjekt nemôže po určité obdobie disponovať s finančnými
prostriedkami, ktoré si v podobe DPH uplatnil.

60. K otázke výšky náhrady za zadržanie nadmerného odpočtu kasačný súd v súlade s citovanou
judikatúrou Súdneho dvora EÚ opakuje, že jej stanovenie nesmie viesť k tomu, aby bola zdaniteľná
osoba zbavená primeranej náhrady za stratu spôsobenú vrátením DPH, ktoré nebolo vykonané v
primeranej lehote a pri jej určení je nevyhnutné zohľadňovať kritériá efektivity, t. j. to, čo by zdaniteľná
osoba, ktorá nie je úverovou inštitúciou, musela zaplatiť za požičanie sumy rovnajúcej sa sume

zadržaného nadmerného odpočtu (Sole-Mizo Zrt. (C- 13/18), Dalmandi Mezögazdasági Zrt. (C-126/18)).
Pre určenie náhrady za zadržanie nadmerného odpočtu je tak rozhodujúca úroková sadzba pre
krátkodobé úvery poskytované bankami na území Slovenskej republiky. Správca dane tak bude povinný
skúmať výšku úrokovej sadzby na krátkodobých úveroch poskytovaných bankami na území Slovenskej
republiky nefinančným podnikom v relevantnom období a znovu posúdiť výšku úroku pri náhrade za

zadržiavaný nadmerný odpočet v intenciách právneho názoru kasačného súdu.
61. Kasačný súd súčasne dodáva, že v zmysle uznesenia Súdneho dvora EÚ vo veci SOLE-MiZo z 20.
júna 2023, C-426/22, konkrétne z bodu 48 tiež vyplýva, že v prípade, ak je úrok vyplácaný s časovým
odstupom od vrátenia samotného nadmerného odpočtu (vo veci SOLE-Mizo to bolo 5 až 11 rokov), má
byť úrok zo zadržiavaného nadmerného odpočtu valorizovaný. S touto skutočnosťou sa bude musieť

správca dane v ďalšom konaní rovnako vysporiadať.

V.
Záver
62. Sumarizujúc vyššie uvedené skutočnosti kasačný súd uzatvára, že kasačná sťažnosť sťažovateľa

bola dôvodná a napadnutý rozsudok správneho súdu vychádzal z nesprávneho právneho posúdenia
veci (§ 440 ods. 1 písm. g) SSP). Rovnakou vadou (nezákonnosťou) podľa zistení kasačného súdu trpí
aj rozhodnutie žalovaného a prvostupňové rozhodnutie (§ 191 ods. 1 písm. c) SSP). Keďže správny súd
žalobu sťažovateľa zamietol, kasačný súd postupom podľa § 462 ods. 2 SSP a § 191 ods. 1 písm. c) a
ods. 3 písm. a) SSP zmenil napadnutý rozsudok správneho súdu tak, že zrušil rozhodnutie žalovaného

a prvostupňové rozhodnutie a vec vrátil správcovi dane na ďalšie konanie.
63.Vďalšomkonaníbudúžalovanýasprávcadanepostupovaťspôsobomnačrtnutýmkasačnýmsúdom
najmä v bodoch 58 až 61 tohto rozsudku. Žalovaný a správca dane sú pritom viazaní vyjadreným
právnym názorom kasačného súdu (§ 469 SSP).
64. O nároku na náhradu trov konania rozhodol kasačný súd podľa § 467 ods. 2 v spojení s § 167

ods. 1 SSP tak, že plne úspešnému žalobcovi/sťažovateľovi priznal právo na úplnú náhradu trov
kasačného konania, ako aj trov konania pred správnym súdom (§ 175 ods. 1 SSP). O výške náhrady trov
konania rozhodne správny súd po právoplatnosti rozhodnutia, ktorým sa konanie končí, samostatným
uznesením, ktoré vydá súdny úradník (§ 175 ods. 2 SSP).
65. Toto rozhodnutie prijal senát Najvyššieho správneho súdu Slovenskej republiky pomerom hlasov 3:0

(§ 463 SSP v spojení s § 139 ods. 4 SSP).Poučenie:

Proti tomuto rozhodnutiu opravný prostriedok nie je prípustný.