Rozsudok – Žaloby proti právoplatným… ,
Zrušené Rozhodnutie bolo vynesené dňa piatok 13. marec 2026

Súd: Správny súd v Bratislave
Spisová značka: BA-2S/209/2021

Identifikačné číslo súdneho spisu: 1021201273
Dátum vydania rozhodnutia: 13. 03. 2026
Meno a priezvisko sudcu, VSÚ: JUDr. Michaela Machová, Ph.D.

ECLI: ECLI:SK:SpSBA:2026:1021201273.4

ROZSUDOK V MENE

SLOVENSKEJ REPUBLIKY

BA-2S/209/2021

:

Správny súd v Bratislave v senáte zloženom z predsedníčky senátu JUDr. Michaely Machovej, Ph.D.
(spravodajkyne) a členov senátu JUDr. Lukáša Galla a JUDr. Natálie Stahovcovej, v právnej veci
žalobcu: AUTOCENTRUM AAA AUTO a.s., so sídlom Panónska cesta 39, 851 04 Bratislava, IČO:
47 918 101, zastúpeného: JUDr. Emília Kosibová, advokátka, so sídlom Hraničná 13, 821 05 Bratislava,
IČO: 45 240 213, proti žalovanému: Finančné riaditeľstvo Slovenskej republiky, so sídlom Lazovná 63,

974 01 Banská Bystrica, o preskúmanie zákonnosti rozhodnutia žalovaného č. 100946815/2021 zo dňa
01.06.2021, takto

r o z h o d o l :

BA-2S/209/2021
:

I.SprávnysúdrozhodnutiežalovanéhoFinančnéhoriaditeľstvaSlovenskejrepublikyč.100946815/2021
zo dňa 01.06.2021 z r u š u j e a vec v r a c i a žalovanému na ďalšie konanie.

II. Súd p r i z n á v a žalobcovi voči žalovanému právo na úplnú náhradu trov konania.

o d ô v o d n e n i e :

BA-2S/209/2021
:

I. Priebeh administratívneho konania a dôvody napadnutého rozhodnutia

1. U žalobcu bola vykonaná daňová kontrola na dani z pridanej hodnoty (ďalej aj ako „DPH“) za
zdaňovacie obdobia apríl – september 2009, november a december 2009, ktorá začala dňa 15.07.2013

a skončila dňa 19.11.2015 doručením protokolu žalobcovi. Daňová kontrola bola prerušená z dôvodu
zaslania žiadosti o medzinárodnú výmenu informácií (ďalej aj ako „MVI“) z 13.12.2013 ohľadom
preverenia obchodov s ojazdenými motorovými vozidlami žalobcu so spoločnosťou KAPITAL SYSTEM
s.r.o. za preverované obdobie 09-12/2009, a to od 23.12.2013 do 15.06.2015, kedy pominuli prekážky
prerušenia daňovej kontroly, keďže správca dane obdržal odpoveď na žiadosť o MVI. Správca dane
priebežne zaslal päť urgencií na žiadosť o MVI z dní: 29.04.2014, 30.07.2014, 31.10.2014, 02.02.2015,
06.05.2015.

2. Správca dane zistil na základe vykonanej daňovej kontroly, že žalobca tým, že neodviedol daň z dvoch
odberateľských faktúr týkajúcich sa dodania ojazdených osobných motorových vozidiel jednotlivým
odberateľom vo výške 2 367,17 Eur (odviedol daň len vo výške 781,14 Eur) v preskúmavanomzdaňovacom období máj 2009, porušil § 69 ods. 1 zákona č. 222/2004 Z. z. o dani z pridanej hodnoty v
relevantnomznení(ďalejlen„zákonoDPH“)vnadväznostina§19ods.1ana§22ods.1zákonaoDPH.
Zároveň správca dane zistil, že žalobca nadobudol dané osobné motorové vozidlá od zahraničného

dodávateľa BCA Autoauktionen GmbH, ktorý na faktúrach uviedol DPH 0 % a poznámku, že ide
o oslobodenú dodávku v rámci EÚ podľa čl. 6 (1) UStG, a tento dodávateľ deklaroval intrakomunitárne
dodanie tovaru pre platiteľa – žalobcu aj v súhrnnom výkaze, ktoré sa premietli do systému VIES.
Z informácií získaných v rámci MVI od zahraničnej daňovej správy správca dane zistil, že spoločnosť
BCA Autoauktionen GmbH dodala v roku 2009 žalobcovi tovar – autá v celkovej hodnote 152 850,- Eur,

pričom uskutočnené transakcie nepodliehali osobitnej úprave uplatňovania dane pri použitom tovare.
Zuvedenýchskutočnostímalsprávcadanezato,žepridodaníuvedenýchmotorovýchvozidielžalobcovi
použil dodávateľ BCA Autoauktionen GmbH tzv. bežný režim zdanenia, teda žalobca nadobudol
predmetné osobné motorové vozidlá v tuzemsku z iného členského štátu v súlade s § 11 zákona o DPH,
preto pri následnom predaji týchto vozidiel nemohol uplatniť osobitný režim zdanenia podľa § 66 zákona
o DPH, ale bežný režim zdanenia.

3. Na základe výsledkov daňovej kontroly v nadväzujúcom vyrubovacom konaní Daňový úrad pre
vybrané daňové subjekty ako správca dane prvým rozhodnutím č. 576299/2016 zo dňa 27.04.2016
vyrubil žalobcovi rozdiel dane v sume 1 586,03 Eur na DPH za zdaňovacie obdobie máj 2009, a to
s odôvodnením, že žalobca neodviedol z vyššie uvedených dvoch odberateľských faktúr daň v správnej

výške, čím porušil § 69 ods. 1 v nadväznosti na § 19 ods. 1 a na § 22 ods. 1 zákona o DPH. Uvedené
rozhodnutie bolo následne potvrdené rozhodnutím žalovaného č. 1401226/2016 zo dňa 03.08.2016.

4. Na podklade podanej správnej žaloby rozhodoval vo veci Krajský súd v Bratislave (ďalej aj ako
„krajský súd“), ktorý rozsudkom sp. zn. 5S/205/2016 zo dňa 10.07.2018 (ďalej len „rozsudok KS

BA“) zrušil uvedené rozhodnutia žalovaného a správcu dane a vrátil vec na ďalšie konanie z dôvodu
podstatného porušenia ustanovení v konaní pred orgánom verejnej správy, ktoré mohlo mať za následok
vydanie nezákonného rozhodnutia, ktoré spočívalo v nerešpektovaní maximálnej dĺžky trvania daňovej
kontroly správcom dane, a tým porušení § 46 ods. 10 zákona č. 563/2009 Z. z. o správe daní (daňový
poriadok) a o zmene a doplnení niektorých zákonov v relevantnou znení (ďalej len „daňový poriadok“),

ale aj zásady primeranosti a zákonnosti v daňovom konaní (§ 3 ods. 1 a 2 daňového poriadku), pričom
poukázalajnalehotystanovenénaposkytnutieinformáciínazákladežiadostioMVIvzmyslesmerniceč.
2011/16/EÚz15.02.2011oadministratívnejspoluprácivoblastidaní(ďalejlen„smernicač.2011/16/EÚ“)
a nariadenia č. 904/2010 z 07.10.2010 o administratívnej spolupráci a boji proti podvodom v oblasti dane
z pridanej hodnoty (ďalej len „nariadenie č. 904/2010“). Krajský súd uviedol, že daňová kontrola nebola

vykonaná v súlade so zákonom a protokol z nej nadobudol povahu nezákonne získaného dôkazného
prostriedku, ktorý v daňovom konaní nemožno použiť (a contrario § 24 ods. 4 daňového poriadku).

5. Rozsudok KS BA bol potvrdený rozsudkom Najvyššieho súdu Slovenskej republiky (ďalej aj
ako „najvyšší súd“) sp. zn. 10Sžfk/56/2019 zo dňa 24.11.2020 (ďalej len „rozsudok NS SR“), ktorý

zamietol kasačnú sťažnosť žalovaného a v odôvodnení konštatoval, že správca dane nepostupoval
v preskúmavanej veci v súlade s uvedenými zásadami daňového konania, teda výkon daňovej kontroly
nezodpovedal zásade zákonnosti ani požiadavke primeranosti (proporcionality) zásahov správcu dane
smerujúcich voči daňovému subjektu. Uviedol, že dĺžka daňovej kontroly prekročila zákonom stanovenú
maximálnu dĺžku jej trvania, preto protokol z takejto daňovej kontroly predstavuje nezákonne získaný

dôkazný prostriedok, ktorý v daňovom konaní nesmie byť použitý. Konkrétne kasačný súd uviedol,
ževdanomprípadezodpovedenažiadosťoMVInevyplynuližiadnenovéskutočnosti,ktorébyovplyvnili
výšku daňových povinností žalobcu uvedených v daňových priznaniach, ďalej že nemôže byť na ťarchu
žalobcu, ak správca dane nevykoná medzinárodné výmeny informácií v lehote určenej nariadením č.
904/2010.

6. V nadväznosti na uvedené rozhodnutia Úrad pre vybrané hospodárske subjekty (ďalej len „správca
dane“) následne vydal druhé rozhodnutie č. 73929/2021 zo dňa 17.02.2021 (ďalej len „prvostupňové
rozhodnutie“), ktorým správca dane podľa § 68 ods. 5 daňového poriadku opätovne vyrubil žalobcovi
rozdiel dane v sume 1 586,03 Eur na dani z pridanej hodnoty za zdaňovacie obdobie máj 2009. Správca

dane v prvostupňovom rozhodnutí po skopírovaní obsahu celého prvého prvostupňového rozhodnutia
z 27.04.2016 a uvedení, že koná v nadväznosti na zrušujúce rozsudky krajského súdu a najvyššieho
súdu, navyše dodal, že lehota na vykonanie daňovej kontroly podľa § 46 ods. 10 daňového poriadku
v súvislosti s dĺžkou prerušenia daňovej kontroly bola zachovaná. Zároveň dodal, že počas prerušeniadaňovej kontroly lehoty podľa § 61 ods. 5 daňového poriadku neplynú, t. j. lehota na vykonanie
daňovej kontroly sa predlžuje o čas jej prerušenia, a tiež keďže daňová kontrola sa týkala viacerých
zdaňovacích období, prerušenie len kvôli niektorým z nich je legitímne (s poukazom na rozsudok

Najvyššieho súdu Slovenskej republiky sp. zn. 3Sžf/24/2012 z 13.11.2012). Správca dane s poukazom
na rozsudky Najvyššieho súdu Slovenskej republiky sp. zn. 3Sžf/46/2015, 6Sžfk/16/2019, 2Sžf/18/2014
argumentoval tým, že prerušenie výkonu daňovej kontroly za účelom realizácie MVI má za následok
neplynutielehotynavykonaniedaňovejkontrolyaprerušenímdaňovejkontrolysprávcadanenevstupuje
do súkromnej autonómie daňového subjektu, neuplatňuje voči nemu svoje práva a nepožaduje od neho

plnenie povinností vyplývajúcich zo zákona na účel výkonu daňovej kontroly, teda ide o legitímnu činnosť
správcu dane. Poukázal tiež na to, že nedodržanie lehoty podľa článku 10 nariadenia č. 904/2010
nespôsobuje nezákonnosť prerušenia daňovej kontroly, ide o procesnú poriadkovú lehotu, ktorá je
zakotvená vo vzťahu k žiadajúcemu orgánu. Správca dane zotrval na svojich záveroch z daňovej
kontroly uvedených v protokole a to aj po opakovanom vyhodnotení všetkých skutočností rozhodujúcich
pre správne určenie dane a po zrušujúcich rozsudkoch krajského súdu a najvyššieho súdu.

7. Na podklade žalobcom podaného odvolania rozhodoval žalovaný v odvolacom konaní a
vydal rozhodnutie č. 100946815/2021 zo dňa 01.06.2021, právoplatné dňa 07.06.2021 (ďalej len
„napadnuté rozhodnutie“ a spolu s prvostupňovým rozhodnutím aj ako „napadnuté rozhodnutia“),
ktorým potvrdil prvostupňové rozhodnutie. Žalovaný v napadnutom rozhodnutí konštatoval správnosť

záverov prvostupňového rozhodnutia, zároveň uviedol, že správca dane len neskopíroval prvé
prvostupňové rozhodnutie ale v druhom prvostupňovom rozhodnutí doplnil zistené skutočnosti
o rozsudky Najvyššieho súdu Slovenskej republiky sp. zn. 3Sžf/24/2012, 2Sžf/18/2014, 3Sžf/46/2015,
6Sžf/16/2016 a 3Sžfk/12/2018. Zdôraznil, že prerušenie daňovej kontroly bolo súladné s daňovým
poriadkom, počas prerušenia daňovej kontroly lehoty neplynú, a teda daňová kontrola bola správcom

dane vykonaná v zákonnej lehote jedného roku v súlade s § 46 ods. 10 daňového poriadku. Ohľadom
prekročenia maximálnej dĺžky daňovej kontroly poukázal na rozsudky Najvyššieho súdu Slovenskej
republiky sp. zn. 3Sžf/46/2015, 6Sžfk/16/2019 a 2Sžf/18/2014, z ktorých vyplýva, že lehota upravená
nariadením č. 904/2010 sa vzťahuje na medzinárodnú výmenu informácií a nie na výkon daňovej
kontroly podľa vnútroštátnych predpisov členského štátu. Poukázal na to, že zaslanie žiadosti o MVI bolo

dôvodné, pretože na základe odpovede zistil skutočnosti potrebné pre správne a úplné určenie dane
a bez požadovaných informácií nemohol v daňovej kontrole pokračovať, zároveň správca dane nebol
nečinný, ale zaslal až 5 urgencií na urýchlené vybavenie podanej žiadosti.

8. Ďalej žalovaný uviedol, že krajský súd v rozsudku KS síce poukázal na smernicu č. 2011/16 EÚ, táto

sa však neuplatňuje na daň z pridanej hodnoty, ale lehota na poskytovanie informácií pri žiadosti o MVI je
upravená v čl. 10 nariadenia č. 904/2010, v zmysle ktorého je potrebné poskytovať informácie tak rýchlo,
ako je to len možné, najneskôr 3 mesiace po prijatí žiadosti, pričom nariadenie výslovne predpokladá,
že vybavenie dožiadania môže trvať aj dlhšie, ako sú stanovené lehoty. Zároveň poukázal na rozsudok
Najvyššieho súdu Slovenskej republiky sp. zn. 3Sžfk/12/2018, v ktorom je uvedené, že nedodržanie

trojmesačnej lehoty podľa čl. 10 nariadenia č. 904/2010 nespôsobuje nezákonnosť prerušenia daňovej
kontroly. Žalovaný zhrnul, že správca dane postupoval v súlade so závermi uvedenými v rozsudku NS
SRavrozsudkuKSBA,vnadväznostinazistenýskutkovýstavopakovanevyhodnotilvšetkyskutočnosti
rozhodujúce pre správne určenie dane v súlade s ustanoveniami zákona DPH a zároveň uvedené
skutočnosti doplnil o závery z vyššie uvedených rozsudkov Najvyššieho súdu Slovenskej republiky.

9. Ďalej sa žalovaný poznamenal, že podľa § 69 daňového poriadku nedošlo k zániku práva vyrubiť daň,
pretože daňová kontrola bola prerušená zákonným spôsobom a vtedy lehota neplynie, a teda správcovi
dane nezaniklo právo vyrubiť rozdiel dane na DPH uplynutím 5 ročnej lehoty uvedenej v § 69 ods.
1 daňového poriadku, ani k zániku práva na vyrubenie rozdielu dane na DPH v dôsledku uplynutia

objektívnejlehotyvtrvaní10rokovkudňu31.12.2019.Dodal,žepriprerušenídaňovejkontrolysprávcovi
dane neplynú všetky lehoty tak, ako je uvedené v § 61 ods. 1 daňového poriadku, teda v tomto prípade
ani lehota pre zánik práva vyrubiť daň ani lehota na ukončenie daňovej kontroly.

II. Správna žaloba

10. Žalobca sa žalobou zo dňa 09.08.2021, doručenou Krajskému súdu v Bratislave toho istého
dňa, domáhal preskúmania zákonnosti a zrušenia napadnutého rozhodnutia spolu s prvostupňovým
rozhodnutím, a tiež aby vec bola vrátená na ďalšie konanie, a to z dôvodov podľa § 191 ods.1 písm.c), d), f) a g) zákona č. 162/2015 Z. z. Správny súdny poriadok v relevantnom znení (ďalej len „SSP“).
Žalobca namietal, že napadnuté rozhodnutia sú napriek zrušujúcemu rozsudku KS BA a potvrdzujúcemu
rozsudku NS SR vydanými v tejto konkrétnej veci totožné čo do skutkového a právneho stavu s prvými

rozhodnutiami týchto správnych orgánov, ktoré boli uvedenými rozsudkami zrušené.

11. Žalobca namietal vydanie napadnutých rozhodnutí správnymi orgánmi, z dôvodu nerešpektovania
záväzného právneho názoru krajského súdu v rozsudku KS BA, ako aj názoru kasačného súdu
v rozsudku NS SR, z ktorých jasne vyplýva, že maximálna dĺžka daňovej kontroly nebola dodržaná,

bol porušený § 46 ods. 10 daňového poriadku, aj zásada primeranosti a zákonnosti v daňovom
konaní a protokol tak predstavuje nezákonne získaný dôkazný prostriedok, ktorý v daňovom konaní
nemožno použiť. Správca dane i žalovaný sú právnym názorom uvedeným v rozsudku KS BA viazaní,
preto nemôžu/nemohli vydať napadnuté rozhodnutia, ktoré vychádzajú zo záverov daňovej kontroly,
z protokolu, pretože tento bol súdmi označený ako nezákonný dôkazný prostriedok. Odvolávanie sa
správcu dane a žalovaného na rozhodnutia najvyššieho súdu v iných prípadoch, keď v tomto prípade

je daná právna záväznosť rozsudkov správnych súdov vydaných v tomto správnom súdnom konaní,
je bez právneho významu, pričom daňové orgány sa nijako relevantne so záväznosťou právnym
názorom vysloveným v súdnych rozsudkoch nevysporiadali. Podotkol, že jeden z rozsudkov (sp.
zn. 2Sžf/18/2014), o ktoré sa v napadnutých rozhodnutiach ohľadom prerušenia kontroly daňové
orgány opierajú, žalovaný uviedol už v kasačnej sťažnosti a kasačný súd túto argumentáciu odmietol.

Žalobca uviedol, že zároveň v ďalších šiestich prípadoch vydaných rozhodnutí na podklade protokolu
z 13.11.2015 postupovali správne súdy rovnakým spôsobom a skonštatovali, že daňová kontrola
bola prerušená nezákonne a protokol predstavuje nezákonne získaný dôkazný prostriedok, ktorý
nie je možné pri vydaní rozhodnutia o daňovej povinnosti žalobcu použiť (napr. rozhodnutia sp. zn.
4Sžfk/29/2019, 4Sžfk/37/2019).

12. K prerušeniu konania z dôvodu podanej žiadosti o MVI žalobca dal do pozornosti, že z napadnutého
rozhodnutia vyplýva, že správca dane najskôr podal dve žiadosti o MVI do Rakúskej republiky ohľadom
dodávky vozidiel od spoločnosti BCA Autoauktionen GmBH, ktoré súviseli so zisťovaním vykonaným
správcom dane ešte v roku 2010, dávno pred konaním daňovej kontroly, pričom výsledky tejto odpovede

buď nevyužil alebo ich použil až počas daňovej kontroly začatej o dva a pol roka neskôr. K prerušeniu
daňovej kontroly kvôli tretej žiadosti o MVI adresovanej do Českej republiky ohľadom obchodov
s KAPITAL SYSTEM s.r.o. žalobca uviedol, že pre zdaňovacie obdobie máj 2009 správca dane pre
ustálenie daňovej povinnosti žalobcu nepotreboval odpoveď z tejto žiadosti o MVI. Uviedol, že pokiaľ sa
správca dane dozvedel v roku 2010 skutočnosť (aj prostredníctvom miestneho zisťovania), na základe

ktorejžalobcanesprávneurčildaň(DPH),bolpovinnýbezodkladnekonaťvsúlades§3ods.2daňového
poriadku. Poukázal na to, že správca dane svoj názor na nesprávny režim DPH pri obchodoch s BCA
Autoauktionen GmBH vyjadril až v zápisnici z 01.10.2015, t. z. že až po 808 dňoch po začatí daňovej
kontroly; mal tiež za to, že pri výkone daňovej kontroly nebola správcom dane dodržaná zásada úzkej
súčinnosti. Okrem toho žalobca mal za to, že žiadosť o MVI nebola potrebná, bola účelová, pričom

poukázal na svoje vyjadrenie z 06.12.2013, v ktorom sa podrobne vyjadril k obchodom s KAPITAL
SYSTEM s.r.o., pričom pochybenie tejto spoločnosti nemohlo nič zmeniť na skutočnosti, že žalobca
správne vykázal nadobudnutie tovaru v režime osobitného zdanenia, t. j. v tom istom režime, v akom
bol tovar predtým dodaný spoločnosti KAPITAL SYSTEMS, s.r.o., čo bolo správcovi dane známe už
pred podaním žiadosti o MVI. Napokon namietal, že z napadnutých rozhodnutí (ani protokolu) vôbec

nevyplýva, aký bol výsledok a odpovede na žiadosť o MVI a v akom rozsahu táto ovplyvnila výšku
daňovej povinnosti žalobcu. Dôvodnosť prerušenia daňovej kontroly tak podľa žalobcu nemá oporu
v administratívnych spisoch ani z nich vôbec nevyplýva, ani to, v akom rozsahu sa informácie získané
z MVI použili pri vydaní napadnutých rozhodnutí. Napokon poukázal na to, že zákonnosť prerušenia
daňovej kontroly v tejto veci právoplatne vyriešili správne súdy a ich právny záver je pre správcu dane a

žalovaného záväzný, napadnuté rozhodnutia vychádzajúce z protokolu o daňovej kontrole z 13.11.2015
predstavujúceho nezákonný dôkazný prostriedok, sú taktiež nezákonné.

III. Vyjadrenia žalovaného a žalobcu, ďalší priebeh súdneho konania

13. Žalovaný vo svojom písomnom vyjadrení k žalobe zo dňa 17.05.2022 zotrval na svojich záveroch
uvedených v napadnutom rozhodnutí a navrhol žalobu zamietnuť. Zároveň zopakoval závery zo
svojho odôvodnenia napadnutého rozhodnutia, napr. že sa stotožnil so závermi správcu dane, z
ktorých vyplýva, že žalobca nadobudol v zdaňovacom období máj 2009 osobné motorové vozidláv tuzemsku z iného členského štátu v súlade s § 11 zákona o DPH, preto pri následnom predaji
týchto vozidiel nemohol uplatniť osobitný režim zdaňovania podľa ustanovenia § 66 zákona o DPH.
K žalobnej námietke o nedodržaní viazanosti právnym názorom vysloveným v zrušujúcom rozsudku

žalovaný opakovane uviedol, že v súlade so závermi z týchto rozsudkov v nadväznosti na zistený
skutkový stav opakovane vyhodnotil všetky skutočnosti rozhodujúce pre správne určenie dane v súlade
s ustanoveniami zákona o DPH, zároveň uvedené skutočnosti doplnil o závery ďalších rozsudkov
Najvyššieho súdu Slovenskej republiky. Poukázal aj na záver rozsudku Súdneho dvora Európskej únie
vo veci C-186/20 HYDINA SK z 30.09.2021 (ďalej len rozsudok SD EÚ vo veci Hydina“), z ktorého

vyplýva, že čl. 10 nariadenia č. 904/2010 nestanovuje lehoty, ktorých prekročenie môže ovplyvniť
zákonnosť prerušenia daňovej kontroly stanoveného právom žiadajúceho členského štátu dovtedy,
kým žiadaný členský štát neposkytne požadované informácie. Žalovaný obhajoval dôvodnosť žiadosti
o MVI s uvedením, že na jej základe zistil, že dodávateľ spoločnosť KAPITAL SYSTEM s.r.o. vykázala
dodávky ojazdených automobilov kontrolovanému daňovému v súhrnnom výkaze ako intrakomunitárne
dodanie tovaru, pričom ale kontrolovaný daňový subjekt – žalobca nevykázal nákup týchto vozidiel

ako intrakomunitárne nadobudnutie tovaru, ale ako nákup tovaru v osobitnom režime zdaňovania (a že
skutočnosti týkajúce sa spoločnosti KAPITAL SYSTEM s.r.o. sú uvedené v prvostupňovom rozhodnutí
na str. 15 a rovnako sú aj predmetom protokolu). Dodal, že nedošlo ani k zániku práva vyrubiť daň alebo
rozdiel dane ani k porušeniu § 69 daňového poriadku.

14. V replike zo dňa 02.06.2022 žalobca uviedol, že sa pridržiava svojich predchádzajúcich vyjadrení, z
ktorýchniektorézopakoval.uviedol,žežalovanýsadoteraznijakýmspôsobomnevysporiadalsozávermi
správnych súdov uvedených pre toto súdne konanie, ktoré označili protokol za nezákonne získaný
dôkazný prostriedok, ktorý nemožno v daňovom konaní použiť. Uvedená skutočnosť bránila správcovi
dane vydať nové prvostupňové rozhodnutie na podklade uvedeného protokolu. Táto samotná okolnosť

predstavuje podľa žalobcu hrubú nezákonnosť konania a napadnutých rozhodnutí. Opätovne poukázal
na potrebu konať správcu dane bezodkladne v roku 2010, kedy vykonal trikrát miestne zisťovanie. Tiež
zopakoval, že z napadnutých rozhodnutí nevyplýva, aký bol výsledok na žiadosť o MVI. K rozsudku SD
EÚ vo veci HYDINA uviedol, že bol vydaný až po vydaní napadnutých rozhodnutí a po podaní správnej
žaloby a podľa neho nie je aplikovateľný na túto prejednávanú vec.

15. Žalovaný nevyužil právo vyjadriť sa duplikou v súdom stanovenej lehote.

IV. Relevantná právna úprava

16. Podľa prechodného ustanovenia § 493e SSP v aktuálne platnom a účinnom znení, „Konania začaté
a neskončené do 30. júna 2023 sa dokončia podľa tohto zákona v znení účinnom do 30. júna 2023;
ustanovenie § 493f tým nie je dotknuté.“

17. Podľa § 119 ods. 1 SSP, „Správny súd vychádza zo skutkového stavu zisteného orgánom

verejnej správy, ak tento zákon neustanovuje inak. Správny súd môže vykonať dôkazy nevyhnutné na
preskúmanie zákonnosti napadnutého rozhodnutia alebo opatrenia alebo na rozhodnutie vo veci.“

18. Podľa § 135 ods. 1 SSP, „Na rozhodnutie správneho súdu je rozhodujúci stav v čase právoplatnosti
rozhodnutia orgánu verejnej správy alebo v čase vydania opatrenia orgánu verejnej správy.“

19. Podľa § 191 ods. 1 písm. c) a d) SSP, „Správny súd rozsudkom zruší napadnuté rozhodnutie orgánu
verejnej správy alebo opatrenie orgánu verejnej správy, ak
c) vychádzalo z nesprávneho právneho posúdenia veci,
d) je nepreskúmateľné pre nezrozumiteľnosť alebo nedostatok dôvodov.“

20. Podľa § 191 ods. 6 SSP, „Právnym názorom, ktorý vyslovil správny súd v zrušujúcom rozsudku, je
orgán verejnej správy v ďalšom konaní viazaný. Ak orgán verejnej správy v ďalšom konaní nepostupoval
v súlade s právnym názorom správneho súdu a správny súd opätovne zrušil rozhodnutie orgánu verejnej
správy alebo opatrenie orgánu verejnej správy z tých istých dôvodov, môže správny súd i bez návrhu v

zrušujúcom rozsudku uložiť orgánu verejnej správy pokutu.“

21.Podľa§469SSP,„Akdôjdekzrušeniunapadnutéhorozhodnutiaakvráteniuvecinaďalšiekonaniea
nové rozhodnutie, správny súd aj orgán verejnej správy sú viazaní právnym názorom kasačného súdu.“22. Podľa § 71 ods. 1 SSP, „Ak osobitný predpis upravujúci priestupky, kárne, disciplinárne a iné správne
delikty (ďalej len „správny delikt“) určuje lehoty na zánik zodpovednosti, prípadne na výkon rozhodnutia,

tieto lehoty počas konania podľa tohto zákona neplynú. Obdobne to platí o lehotách na zánik práva vo
veciach daní, cla, poplatkov a odvodov, ktoré sú príjmami štátneho rozpočtu, rozpočtu Európskej únie,
verejných fondov, rozpočtov obcí, miest, mestských častí a samosprávnych krajov.“

23. Podľa § 46 ods. 10, prvé dve vety daňového poriadku (v znení účinnom ku dňu právoplatnosti

napadnutého rozhodnutia 01.06.2021): „Lehota na vykonanie daňovej kontroly je najviac jeden rok odo
dňa jej začatia. Na prerušenie daňovej kontroly sa primerane použije § 61.“

24. Podľa § 61 ods. 5 daňového poriadku, „Ak je daňové konanie prerušené, lehoty podľa tohto zákona
neplynú.“

25. Podľa § 64 ods. 1 a 2 písm. c) a d) daňového poriadku,
„(1) Na účely správy daní sa za nulitné rozhodnutie považuje rozhodnutie vydané podľa tohto zákona
uvedené v odseku 2. Také rozhodnutie nemá právne účinky a hľadí sa naň, akoby nebolo vydané.
(2) Pri správe daní je nulitným rozhodnutím rozhodnutie,
c) ktorým bola vyrubená daň po zániku práva vyrubiť daň,

d) ktoré nadväzuje na nulitné rozhodnutie.“

26. Podľa § 69 ods. 1 prvá veta, 2 a 3 daňového poriadku, zánik práva vyrubiť daň,
„(1) Ak tento zákon alebo osobitný predpis neustanovuje inak, nemožno vyrubiť daň ani rozdiel dane
alebo uplatniť nárok na sumu podľa osobitných predpisov po uplynutí piatich rokov od konca roka, v

ktorom vznikla povinnosť podať daňové priznanie alebo v ktorom bol daňový subjekt povinný daň zaplatiť
bez povinnosti podať daňové priznanie, alebo v ktorom daňovému subjektu vznikol nárok na uplatnenie
sumy podľa osobitných predpisov.
(2) Ak bol pred uplynutím lehoty vykonaný úkon smerujúci na vyrubenie dane alebo rozdielu dane alebo
uplatnenie nároku na sumu podľa osobitných predpisov, plynú lehoty podľa odseku 1 znovu od konca

roka, v ktorom bol daňový subjekt o tomto úkone vyrozumený. Vyrubiť daň alebo rozdiel dane alebo
uplatniť nárok na sumu podľa osobitných predpisov možno najneskôr do desiatich rokov od konca roka,
v ktorom vznikla povinnosť podať daňové priznanie alebo v ktorom bol daňový subjekt povinný daň
zaplatiť bez povinnosti podať daňové priznanie, alebo v ktorom daňovému subjektu vznikol nárok na
uplatnenie sumy podľa osobitných predpisov.

(3) Za úkon smerujúci na vyrubenie dane alebo rozdielu dane alebo uplatnenie nároku na sumu podľa
osobitných predpisov sa považuje doručenie
a) protokolu z daňovej kontroly,
b) protokolu o určení dane podľa pomôcok.“

V. Právne posúdenie veci správnym súdom

27. Na základe § 3 ods. 1, ods. 3 zákona č. 151/2022 Z. z. o zriadení správnych súdov a o zmene
a doplnení niektorých zákonov v znení neskorších predpisov začal od 1. júna 2023 činnosť Správny
súd v Bratislave a súčasne výkon súdnictva prešiel z Krajského súdu v Bratislave, Krajského súdu v

Nitre a Krajského súdu v Trnave na Správny súd v Bratislave vo všetkých veciach, v ktorých je od 1.
júna 2023 daná právomoc správnych súdov. Predmetná vec bola preto zo zákonných dôvodov podľa
predchádzajúcej vety dňa 6. júna 2023 náhodným výberom pridelená na prejednanie a rozhodnutie
senátu 5S Správneho súdu v Bratislave (ďalej len „súd“, príp. „správny súd“) a následne v súlade s
Rozvrhom práce Správneho súdu v Bratislave na rok 2025 v znení Dodatku č. 3 účinného od 01.07.2025

bola vec náhodným výberom pridelená na prejednanie a rozhodnutie do novovzniknutého senátu 10S
správneho súdu.

28. Správny súd ako súd príslušný na konanie, po vyhodnotení, že správna žaloba je prípustná, bola
podaná včas (§ 181 ods. 1 SSP), oprávnenou osobou (§ 178 ods. 1 SSP), zastúpenou advokátom

(§ 49 ods. 1 SSP), obsahovala zákonom stanovené náležitosti (§ 57, § 182 SSP), po oboznámení sa
s obsahom spisového materiálu a administratívneho spisu, preskúmal v medziach žalobného návrhu
a podstatných žalobných bodov (§ 134 ods. 1 SSP v spojení s § 183 SSP) napadnuté rozhodnutie,
ako aj postup predchádzajúci jeho vydaniu, vychádzajúc zo stavu existujúceho v čase právoplatnostirozhodnutia (§ 135 ods. 1 SSP v znení účinnom do 30.06.2023) a zo skutkového stavu zisteného
orgánom verejnej správy (§ 119 SSP), za splnenia procesných podmienok vec prejednal dňa 13.03.2026
napojednávaní(§107ods.1písm.a/SSP),apopreskúmanívecidospelkzáveru,žežalobajedôvodná.

29. Predmetom konania pred správnym súdom bolo preveriť zákonnosť napadnutého rozhodnutia
žalovaného, ako aj postup predchádzajúci jeho vydaniu, a to v medziach žalobných bodov, v rámci
ktorých žalobca primárne napádal nerešpektovanie záväzných právnych záverov vyplývajúcich
z rozsudku NS SR a rozsudku KS BA vydaných v tejto veci daňovými orgánmi, ako aj s tým súvisiacu

nezákonnosť daňovej kontroly a jej prerušenia.

30. Správny súd z administratívneho spisu a napadnutých rozhodnutí a súdnych rozhodnutí zistil, že
daňové orgány boli v tejto konkrétnej veci po vrátení veci na nové konanie viazané právnym názorom
vysloveným Krajským súdom v Bratislave v rozsudku sp. zn. 5S/205/2016 z 10.07.2018 (rozsudok
KS BA), potvrdeným rozsudkom Najvyššieho súdu Slovenskej republiky sp. zn. 10Sžfk/56/2019 z

24.11.2020 (rozsudok NS SR), v zmysle ktorých vyplývalo, že daňová kontrola nebola vykonaná v súlade
so zákonom, keďže dĺžka daňovej kontroly prekročila zákonom stanovenú maximálnu dĺžku jej trvania, a
protokol z nej nadobudol povahu nezákonne získaného dôkazného prostriedku, ktorý v daňovom konaní
nemožno použiť.

31. Ďalej správny súd zistil, že po vrátení veci na základe uvedených rozsudkov, daňové orgány vydali
nové rozhodnutia – napadnuté prvostupňové rozhodnutie a druhostupňové napadnuté rozhodnutie,
v ktorých bol opätovne žalobcovi vyrubený rovnaký rozdiel dane na DPH za dané zdaňovacie obdobie,
v ktorých správca dane aj žalovaný reagovali na zrušujúci rozsudok KS BA a potvrdzujúci rozsudok NS
SR tým, že v súlade so závermi z týchto rozsudkov v nadväznosti na zistený skutkový stav opakovane

vyhodnotili všetky skutočnosti rozhodujúce pre správne určenie dane v súlade s ustanoveniami
zákona o DPH, zároveň uvedené skutočnosti doplnili o závery ďalších rozsudkov Najvyššieho súdu
Slovenskej republiky sp. zn. 3Sžf/24/2012, 2Sžf/18/2014, 3Sžf/46/2015, 6Sžf/16/2016 a 3Sžfk/12/2018
a konštatovali, že lehota na vykonanie daňovej kontroly podľa § 46 ods. 10 daňového poriadku v
súvislosti s dĺžkou prerušenia daňovej kontroly bola zachovaná.

32. Správny súd má za to, že z uvedeného postupu správcu dane a žalovaného vyplýva, že daňové
orgány nielen že nerešpektovali záväzný právny názor krajského súdu a najvyššieho súdu vyslovený
v rozsudkoch pre túto konkrétnu vec v zmysle § 191 ods. 6 SSP aj § 469 SSP, keďže neaplikovali záver
o nezákonnosti daňovej kontroly, protokolu z nej a nemožnosti jeho použitia, ale možnosť odkloniť sa od

záväzného názoru krajského súdu a najvyššieho súdu ani nijako relevantne neodôvodnili. Dôvody na
odklon od vysloveného záväzného názoru v konkrétnej veci sú pomerne prísne a výnimočné (ako napr.
zmena rozhodnej skutkovej a právnej situácie), pričom daňové orgány žiadny takýto dôvod neuviedli
ani nevysvetlili legitimitu svojho postupu. Rozhodnutia najvyššieho súdu, na ktoré poukázali v nových
rozhodnutiach nepredstavovali zmenu ustálenej judikatúry (ani to netvrdili), práveže išlo o rozhodnutia

staršieho charakteru, pričom niektorými už aj argumentovali v rámci konania pred kasačným súdom
(napr. rozsudok NS SR sp. zn. 2Sžf/18/2014), a napriek argumentácii týmto rozsudkom bol vydaný
potvrdzujúci rozsudok NS SR, preto opieranie sa žalovaného opäť oň pri vydaní nového napadnutého
rozhodnutia protichodného k záverom z rozsudku NS SR je nepriliehavé a nijako neodôvodňujúce
možnosť potupovať v rozpore so závermi krajského súdu a najvyššieho súdu v tejto veci.

33. Všeobecné konštatovanie žalovaného, že postupoval v súlade so závermi z uvedených rozsudkov
KS BA a NS SR a zistený skutkový stav opakovane vyhodnotil a doplnil o závery ďalších rozsudkov
Najvyššieho súdu Slovenskej republiky nie je relevantným ani dostatočným odôvodnením jeho postupu,
prečo nerešpektoval, resp. mohol nerešpektovať, záväzný právny názor súdov vyslovený v tejto veci,

a tiež sám osebe nevysvetľuje, či sa malo jednať o nejakú významnú zmenu v skutkovej alebo právnej
situácii alebo judikatúre v danom čase.

34. V tejto súvislosti správny súd poukazuje na názor najvyššieho súdu v súvislosti s viazanosťou orgánu
verejnej správy právnym názorom správneho súdu, ktorý viackrát zdôraznil, že nie je úlohou orgánu

verejnej správy polemizovať s právnym názorom správneho súdu ani ho spochybňovať, ale je jeho
povinnosťou ho rešpektovať, najmä ak bol jasne a zrozumiteľne vyslovený. A tiež, že nie je nevyhnutné,
aby sa orgán verejnej správy s právnym názorom správneho súdu stotožnil, je však povinný sa s ním
riadiť (pozri rozsudok NS SR sp. zn. 5Sž/7/2013, sp. zn. 5Sžo/25/2013).35. Pre úplnosť súd uvádza, že napriek tomu, že neskôr – až po vydaní napadnutých rozhodnutí
a skončení zopakovaného administratívneho konania – došlo skutočne k zmene resp. k ustáleniu

judikatúry (rozsudok Súdneho dvora EÚ C186/20 vo veci HYDINA SK z 30. septembra 2021 a najmä
rozsudok veľkého senátu Najvyššieho súdu Slovenskej republiky rozsudok sp. zn. 19SVs/4/2023 z
27.03.2024), a to s opačným názorom ohľadom niektorých otázok týkajúcich sa prerušenia daňovej
kontroly (napr. že pri vyhodnocovaní dôvodnosti a dĺžky prerušenia daňovej kontroly sa má prihliadať
na obsah žiadosti o MVI nie na obsah odpovede, že trvanie prerušenia daňovej kontroly nie je viazané

na lehoty podľa čl. 10 nariadenia č. 904/2010), ako bol vyjadrený súdmi v rozsudkoch v tejto veci, avšak
podľa správneho súdu na tieto skutočnosti v danom prípade nemožno prihliadať a to z nasledovných
dôvodov. K času rozhodovania daňových orgánov tieto nové uvedené rozsudky neexistovali, teda
v danom čase nemali nimi možnosť daňové orgány argumentovať a odklon od záväzného právneho
názoru súdov bol z ich strany neodôvodnený a hrubo porušujúci § 191 ods. 6 SSP v spojení s § 469 SSP,
tým aj porušujúci základné právo účastníka konania na súdnu a inú právnu ochranu, narúšajúci princíp

právnejistoty,keďsažalobcapoúspechuvsúdnychkonaniachdočkalprekvapivéhoaneodôvodneného
„neúspechu“ v opakovanom administratívnom konaní. Zmyslom správneho súdneho konania (§ 2 SSP)
je poskytnúť práve ochranu subjektívnym právam účastníkom konania. Zároveň v zmysle § 135 ods.
1 SSP aj pre rozhodovanie správneho súdu je rozhodujúci stav v čase právoplatnosti rozhodnutia
orgánu verejnej správy, teda správny súd posudzuje vec spätne k času rozhodovania žalovaného, t. j.

k 07.06.2021, kedy podľa názoru správneho súd žalovaný nemal (ani nepomenoval) dôvod na odklon od
záväzného názoru súdov vyjadreného v tejto veci, a teda mal v danom čase postupovať a rozhodovať
jednoznačne v súlade s rozsudkom KS BA a NS SR i predpismi daňového práva.

36. Pre úplnosť súd uvádza, že čo sa týka žalobnej námietky o samotnej nezákonnosti prerušenia

daňovej kontroly, táto otázka bola v tejto veci záväzne vyriešená rozsudkami, KS BA a NS SR, ktoré
v podstate predstavujú v tomto prípade res iudicata, a ktoré žalovaný nerešpektoval – čo je dôvodom
na zrušenie napadnutého rozhodnutia, preto správny súd pre prekážku veci právoplatne rozhodnutej
nemôže nanovo posudzoval vyriešenú otázku ani nie je namieste, aby danú otázku prípadne nanovo
posudzoval podľa neskoršej rozhodovacej praxe súdov. Po vrátení veci sa však bude musieť žalovaný

ako prvé vysporiadať s viazanosťou záväzným právnym názorom súdov vysloveným v rozsudkoch KS
BAaNSSR,prípadeajsjudikatórnymiposunmivdanejveci;tedačisúdanédôvodynanerešpektovanie
záväzného právneho názoru vysloveného v tejto veci alebo nie a zároveň aj s tým súvisiacou existenciou
či zánikom lehôt na vyrubenie rozdielu dane v zmysle § 69 daňového poriadku.

37.Vtejtosúvislostisprávnysúdlenpripomína,žeodkvalityžalobyzávisíajrozsahahĺbkaodôvodnenia
rozsudku správneho súdu, keďže súd viazaný rozsahom a dôvodmi žaloby podľa § 134 ods. 1 SSP
nemôže ísť v rámci posúdenia napadnutého rozhodnutia nad rámec žalobných bodov ani dopĺňať
argumentáciu žaloby. V nadväznosti na žalobné body uplatnené žalobcom správny súd sumarizuje, že
žalobe vyhovel v jednom žalobnom bode o nerešpektovaní záväzného právneho názoru uvedeného

v rozsudkoch súdov a neodôvodnení jeho nerešpektovania, druhý žalobný bod týkajúci sa argumentácie
o nezákonnosti daňovej kontroly vyhodnotil správny súd ako nedôvodný.

38. Súd dal teda za pravdu žalobnej námietke, že zo strany daňových orgánov išlo o hrubé
nerešpektovanie záväzného názoru správneho súdu vyjadreného v rozsudku KS BA v zmysle § 191 ods.

6 SSP, potvrdeného aj rozsudkom NS SR v zmysle § 469 SSP, preto správny súd považoval za potrebné
napadnuté rozhodnutie zrušiť podľa § 191 ods. 1 písm. c) SSP pre jeho nesprávne právne posúdenie
spočívajúce v nerešpektovaní záväzného právneho názoru súdov, ale aj podľa § 191 ods. 1 písm. d)
SSP, keďže odklon od záväzného právneho názoru súdu nebol v napadnutom rozhodnutí relevantne
ani dostatočne zdôvodnený, a tak vec vrátiť žalovanému na ďalšie konanie, ktorý bude mať za úlohu v

ďalšom konaní posúdiť predmetnú vec v kontexte vyššie uvedeného, vysporiadať sa so záväznosťou
vysloveného právneho názoru súdov vyslovených v tejto konkrétnej veci v rozsudkoch KS BA a NS SR,
svoje závery riadne a zrozumiteľne odôvodniť a vo veci opätovne rozhodnúť.

39. O trovách konania rozhodol správny súd podľa § 167 ods. 1 SSP a v zmysle zásady úspechu v

konaní úspešnému žalobcovi priznal nárok na náhradu trov konania v celom rozsahu.

40. Tento rozsudok prijal senát Správneho súdu v Bratislave pomerom hlasov 3:0 (§ 139 ods. 4 SSP).Poučenie:

BA-2S/209/2021
:

Proti tomuto rozsudku je prípustná kasačná sťažnosť, ktorú je možné podať v lehote 30 dní odo dňa
jeho doručenia na Správny súd v Bratislave (§ 443 ods. 2 písm. a/ v spojení s § 145 ods. 2 písm. a/
SSP účinného do 30.06.2023).

V kasačnej sťažnosti sa musí okrem všeobecných náležitostí podania podľa § 57 SSP uviesť a)
označenie napadnutého rozhodnutia, b) údaj, kedy bolo napadnuté rozhodnutie sťažovateľovi doručené,

c) opísanie rozhodujúcich skutočností, aby bolo zrejmé, v akom rozsahu a z akých dôvodov podľa § 440
SSP sa podáva (sťažnostné body) a d) návrh výroku rozhodnutia (sťažnostný návrh). Sťažnostné body
možno meniť len do uplynutia lehoty na podanie kasačnej sťažnosti (§ 445 SSP).

Kasačnú sťažnosť môže podať účastník konania a osoba zúčastnená na konaní podľa § 41 ods. 2 SSP,

ak bolo rozhodnuté v ich neprospech (§ 442 ods. 1 SSP). Sťažovateľ musí byť v konaní o kasačnej
sťažnostizastúpenýadvokátomvzmysle§449ods.1SSP.Kasačnásťažnosťainépodaniasťažovateľa
musia byť spísané advokátom. Povinné zastúpenie advokátom v kasačnom konaní sa nevyžaduje, ak a)
má sťažovateľ, jeho zamestnanec alebo člen, ktorý za neho na kasačnom súde koná alebo ho zastupuje,
vysokoškolské právnické vzdelanie druhého stupňa, alebo b) ide o konania o správnej žalobe podľa §

6 ods. 2 písm. c) a d) SSP, alebo c) je žalovaným Centrum právnej pomoci.