Rozsudok – Žaloby proti právoplatným… ,
Iná povaha rozhodnutia Rozhodnutie bolo vynesené dňa štvrtok 24. október 2024

Súd: Správny súd v Bratislave
Spisová značka: BA-6S/237/2019

Identifikačné číslo súdneho spisu: 1019201509
Dátum vydania rozhodnutia: 24. 10. 2024
Meno a priezvisko sudcu, VSÚ: JUDr. Dana Jelinková Dudzíková, LL.M.

ECLI: ECLI:SK:SpSBA:2024:1019201509.1

ROZSUDOK V MENE

SLOVENSKEJ REPUBLIKY

Správny súd v Bratislave v senáte zloženom z predsedníčky senátu JUDr. Dany Jelinkovej Dudzíkovej,

LL.M.ačlenovsenátuJUDr.IngridyHudecovej(sudkyňaspravodajkyňa)aJUDr.LukášaGalla,vprávnej
veci žalobcu: PAVLIX, s.r.o., IČO: 45 493 146, so sídlom: Galvaniho 41, 821 04 Bratislava, právne
zastúpeného: Advokátska kancelária JUDr. Peter Peružek, s.r.o., IČO: 47 256 371, so sídlom: Hollého
20, 920 01 Hlohovec, za ktorú koná JUDr. Peter Peružek, advokát a konateľ, proti žalovanému: Daňový
úrad Bratislava, so sídlom: Ševčenkova 32, 850 00 Bratislava, o preskúmanie zákonnosti opatrenia
žalovaného č. 101996097/2019 zo dňa 20.08.2019, takto

r o z h o d o l :

I. Správny súd v Bratislave Oznámenie žalovaného Daňového úradu Bratislava č.

101996097/2019 zo dňa 20.08.2019 z r u š u j e a vec v r a c i a žalovanému na ďalšie konanie.

II. Žalobcovi súd p r i z n á v a voči žalovanému právo na úplnú náhradu trov konania.

o d ô v o d n e n i e :

I.
Priebeh administratívneho konania

1. Dňa 29.04.2019 Daňový úrad Bratislava (ďalej aj „žalovaný“ alebo „daňový úrad“) vydal podľa § 46
ods. 2 zákona č. 563/2009 Z. z. o správe daní (daňový poriadok) a o zmene a doplnení niektorých

zákonov v znení neskorších predpisov (ďalej len „Daňový poriadok“) Oznámenie o daňovej kontrole
na zistenie oprávnenosti nároku na vrátenie nadmerného odpočtu alebo jeho časti č. 100988671/2019
(ďalej aj „Oznámenie o kontrole“), ktoré doručoval žalobcovi. V Oznámení o kontrole uviedol deň
začatia výkonu daňovej kontroly u žalobcu (17.05.2019), jej zameranie (zistenie oprávnenosti nároku na
vrátenie nadmerného odpočtu alebo jeho časti za zdaňovacie obdobie 4. štvrťrok 2018), miesto výkonu
daňovej kontroly, a zároveň požiadal žalobcu o súčinnosť v zmysle § 46 ods. 2 Daňového poriadku.
Zásielka s Oznámením o kontrole sa žalovanému dňa 31.05.2019 vrátila s poznámkou pošty, že nebola

adresátom (žalobcom) prevzatá v odbernej lehote.

2. Dňa 03.06.2019 žalovaný vydal podľa § 45 ods. 2 písm. d) Daňového poriadku Výzvu na predloženie
dokladov č. 101334141/2019 (ďalej aj „Výzva“) a vyzval žalobcu, aby v lehote 8 dní od doručenia
Výzvy predložil účtovné a iné doklady preukazujúce hospodárske operácie a účtovné prípady, a tiež
evidencie a záznamy určené žalovaným, ktorých zoznam bol súčasťou Výzvy. Zároveň žalobcu požiadal
o súčinnosť a poučil ho o následkoch nesplnenia povinnosti podľa § 79 ods. 6 zákona č. 222/2004 Z.

z. o dani z pridanej hodnoty v znení neskorších predpisov (ďalej len „zákon o DPH“) a § 154 ods. 1
písm. j), § 155 ods. 1 písm. e) Daňového poriadku. Zásielka s Výzvou sa žalovanému dňa 27.06.2019
vrátila s poznámkou pošty, že nebola prevzatá v odbernej lehote. Žalovaný výzvu s totožným obsahom
(Výzva na predloženie dokladov č. 101586328/2019 zo dňa 01.07.2019) zaslal žalobcovi s rovnakýmvýsledkom: zásielka sa žalovanému vrátila dňa 30.07.2019 s poznámkou pošty, nebola žalobcom
prevzatá v odbernej lehote.

3. Žalovaný vydal dňa 20.08.2019 Oznámenie č. 101996097/2019 (ďalej aj „napadnuté opatrenie“),
ktorým žalobcovi oznámil, že dňa 17.08.2019 mu podľa § 79 ods. 6 zákona o DPH zanikol nárok na
vrátenie nadmerného odpočtu s poukazom na to, že žalobca ako daňový subjekt neumožnil vykonanie
daňovej kontroly do troch mesiacov odo dňa jej začatia. Zároveň žalobcovi oznámil, že daňová kontrola
na zistenie oprávnenosti nároku na vrátenie nadmerného odpočtu alebo jeho časti bola ukončená podľa

§ 46 ods. 9 písm. c) Daňového poriadku, teda dňom zániku nároku na vrátenie nadmerného odpočtu.
Žalobca zásielku prevzal dňa 05.09.2019.

II.
Žaloba

4. Správnou žalobou podanou dňa 05.11.2019 v zákonom stanovenej lehote na Krajský súd
v Bratislave (ďalej len „krajský súd“ alebo „súd“) sa žalobca domáhal preskúmania zákonnosti a zrušenia
napadnutého opatrenia z dôvodu, že napadnuté opatrenie a postup žalovaného sú nezákonné. Žalobné
dôvody vymedzil podľa § 191 ods. 1 písm. c), písm. d), písm. e), písm. f), písm. g) zákona č. 162/2015 Z.
z. Správny súdny poriadok v znení neskorších predpisov (ďalej len „SSP“), teda mal za to, že napadnuté

opatrenie vychádza z nesprávneho právneho posúdenia veci, je nepreskúmateľné pre nezrozumiteľnosť
alebo nedostatok dôvodov, zistenie skutkového stavu orgánom verejnej správy bolo nedostačujúce
na riadne posúdenie veci, skutkový stav, ktorý vzal orgán verejnej správy za základ napadnutého
opatrenia, je v rozpore s administratívnymi spismi a nemá v nich oporu, a došlo k podstatnému porušeniu
ustanovení v konaní pred orgánom verejnej správy, ktoré mohlo mať za následok vydanie nezákonného

opatrenia.

5. Žalobca v bližšom odôvodnení správnej žaloby zdôraznil, že napadnuté opatrenie je spôsobilým
predmetom súdneho prieskumu a poukázal na rozhodnutie Ústavného súdu Slovenskej republiky
(ďalej len „ÚS SR“) sp. zn. III. ÚS 91/2016 zo dňa 17.05.2016, v zmysle ktorého je správnym aktom

každé jednotlivé opatrenie alebo rozhodnutie prijaté pri výkone správy verejným orgánom, ak priamo
zasahuje do práv, slobôd alebo záujmov osôb, a teda podlieha súdnej ochrane. Žalobca namietal, že
žalovaný doručoval zásielky len na adresu uvedenú v Obchodnom registri Slovenskej republiky (ďalej
len „obchodný register“), a to poštou, čo je však v rozpore s ustanovením § 30 ods. 1 Daňového
poriadku, podľa ktorého správca dane doručuje písomnosť elektronickými prostriedkami, resp. ak je to

možné, prostredníctvom zamestnancov správcu dane. Mal za to, že žiadna z písomností obsahujúcich
výzvy určené žalobcovi nebola riadne doručená v zmysle uvedeného zákonného ustanovenia, preto je
potrebnépovažovaťvýzvyzanulitné.Ichnásledkompritombolo,žežalobcanedostalnadmernýodpočet
dane z pridanej hodnoty (ďalej aj „DPH“), hoci naň mal nárok.

6. Na základe uvedeného žalobca žiadal, aby súd napadnuté opatrenie zrušil a vec žalovanému vrátil
na ďalšie konanie, a žalobcovi priznal úplnú náhradu trov konania voči žalovanému.

7. Podaním doručeným krajskému súdu dňa 12.11.2019 a následne dňa 21.11.2019 žalobca správnu
žalobu doplnil o prílohy (plná moc, výzvy správcu dane, ktoré sú obsahom administratívneho spisu,

faktúra č. 1921001465 z 30.11.2018, daňové priznania spolu s doručenkami zabezpečenými cez portál
finančnej správy), bez uvedenia nových skutočností.

III.
Vyjadrenie žalovaného

8. V rámci reakcie na súdom doručenú správnu žalobu sa žalovaný vyjadril podaním doručeným
krajskému súdu dňa 27.12.2019, v ktorom v prvom rade namietal zmeškanie lehoty na
podanie správnej žaloby, majúc (nesprávne – pozn. správneho súdu) za to, že žalobca žalobu podal
až dňa 06.11.2019. V ďalšej časti svojho vyjadrenia zopakoval priebeh administratívneho konania

a poukázal na znenie § 79 ods. 6 posledná veta zákona o DPH, v zmysle ktorého žalobcovi nárok na
vrátenie nadmerného odpočtu zanikol z dôvodu neumožnenia vykonať daňovú kontrolu. V súvislosti
s vykonaným doručovaním žalovaný vysvetlil, že doručovanie písomností elektronickými prostriedkami
zo strany správcu dane smerom k daňovým subjektom sa začalo uplatňovať od 01.01.2016 postupne.Novela zákona to upravila v ustanovení § 165b ods. 3 Daňového poriadku, podľa ktorého pri doručovaní
elektronickými prostriedkami v zmysle § 32, § 33 ods. 1, ods. 3, § 56 Daňového
poriadku sa postupuje najskôr od 01.01.2016, pričom elektronické doručovanie sa zatiaľ používa iba

k tým druhom daní (nie všetkým), ktoré Finančné riaditeľstvo Slovenskej republiky oznámi na svojom
webovom sídle. V prvej fáze spustenia to boli spotrebné dane. Doručovanie elektronickými prostriedkami
sa v čase doručovania napadnutého opatrenia netýkalo doručovania dokumentov týkajúcich sa dane
z pridanej hodnoty. Od 01.01.2018 sa povinná elektronická komunikácia rozšírila na všetky právnické
osoby zapísané v obchodnom registri a aj ich zástupcov. Žalovaný teda doručoval písomnosť zákonným

spôsobom. V tejto súvislosti poukázal na dôvody uvedené v rozhodnutí Krajského súdu v Bratislave sp.
zn. 2S/158/2017 zo dňa 12.06.2019.

9.Žalovanýďalejzdôraznil,žepodľa§60bods.2zákonač.305/2013Z.z. oelektronickej
podobe výkonu pôsobnosti orgánov verejnej moci a o zmene a doplnení niektorých zákonov (zákon o e-
Governmente) v znení neskorších predpisov (ďalej len „zákon o e-Governmente“)

je finančná správa od 01.11.2016 do 31.01.2018 oprávnená pri výkone verejnej moci postupovať podľa
osobitného predpisu, ktorým je Daňový poriadok. Toto ustanovenie umožňuje postupovať finančnej
správe pri výkone verejnej moci elektronicky prostredníctvom svojho špecializovaného portálu finančnej
správy (PFS), teda finančná správa doručuje do elektronických osobných schránok na PFS za agendu,
pri ktorej sa procesne postupuje podľa Daňového poriadku. Novelou č. 238/2017 Z. z. s účinnosťou

od 01.11.2017 sa do zákona o e-Governmente doplnilo ustanovenie § 60f, ktoré upravuje odosielanie
dokumentov orgánov verejnej moci, ktoré majú vlastnú podateľňu. Finančná správa ako orgán verejnej
moci v zmysle citovaného ustanovenia nie je povinná pri agende, ktorá ide procesne podľa Daňového
poriadku do 31.12.2020 používať modul centrálnej elektronickej podateľne (ústredný portál verejnej
správy), pretože má vlastnú podateľňu, do 31.12.2020 teda nie je povinná doručovať dokumenty do

elektronických schránok daňovníkov na tzv. ÚPVS pri agende podľa Daňového poriadku.

10. Žalovaný dodal, že písomnosti žalobcovi doručoval zákonným spôsobom podľa §
31 Daňového poriadku, pričom doručenka ako verejná listina preukazuje pravdivosť toho, čo sa v nej
preukazuje, teda aj v predmetnej veci mali doručenky všetky zákonné náležitosti a je treba ich považovať

za riadne vyhotovené verejné listiny.

11. Žalovaný vzhľadom na uvedené navrhol, aby súd žalobu ako nedôvodnú podľa § 190
SSP zamietol.

IV.
Replika žalobcu, duplika žalovaného

12. K vyjadreniu žalovaného sa vyjadril žalobca podaním doručeným krajskému súdu dňa 11.02.2020
(replika). Uviedol, že žalovaný poukazuje na § 60b zákona o e-Governmente, z ktorého vyplýva, že

daňový orgán doručuje do elektronických osobných schránok. Do tejto schránky však žalovaný tiež
nedoručoval. S poukazom na § 60f zákona o e-Governmente mal žalobca ďalej za to, že žalovaný
úmyselne vypustil slovo „elektronickú“ podateľňu, a teda mal doručovať podania žalobcovi do osobnej
elektronickej schránky, čo neurobil. Argumentácia žalovaného, že nemusel doručovať cez A., resp. že
žalobca má spochybniť doručenku, sa podľa žalobcu ukazuje ako nenáležitá obrana, ktorá má zakryť

porušenie povinnosti žalovaného doručovať cez portál finančnej správy do osobných elektronických
schránok. Navyše žalobca sa ešte v priebehu konania zaujímal o stav konania ohľadom DPH a žalovaný
úmyselne neuviedol, že prebieha nejaké konanie, čím tiež porušil svoju povinnosť. Vzhľadom na
uvedené žalobca zotrval na svojom žalobnom petite. Ako prílohu vyjadrenia súdu doručil výpis zo
schránky správ na stránkach A. ku dňu 21.01.2020.

13. V rámci ďalších procesných úkonov správny súd žalovanému doručil repliku. Žalovaný sa k replike
vyjadril podaním doručeným správnemu súdu dňa 12.01.2024 (duplika), v ktorom zotrval na svojom
pôvodnom vyjadrení. Dodal, že podľa § 60 ods. 2 zákona o e-Governmente
bola finančná správa od 01.11.2016 do 31.01.2018 oprávnená postupovať podľa Daňového poriadku,

teda finančná správa mohla doručovať do elektronických osobných schránok na PFS za agendu, pri
ktorej sa procesne postupuje podľa Daňového poriadku. Žalovaný zdôraznil, že obojsmerná elektronická
komunikácia bola spustená v tom čase len za oblasť spotrebných daní. Finančná správa teda doručovala
dokumenty elektronicky prostredníctvom svojho PFS za oblasť spotrebných daní. Za ostatné druhy danínedoručovala dokumenty elektronicky, ale v súlade s § 30 ods. 2 Daňového poriadku, a teda zákonným
spôsobom. Vzhľadom na uvedené žalovaný navrhol žalobu ako nedôvodnú zamietnuť podľa § 190 SSP.
Duplika žalovaného bola žalobcovi doručená na vedomie dňa 24.01.2024.

V.
Relevantné právne predpisy

14. Podľa § 493e SSP konania začaté a neskončené do 30. júna 2023 sa dokončia podľa tohto zákona

v znení účinnom do 30. júna 2023; ustanovenie § 493f tým nie je dotknuté.

15. Podľa § 2 ods. 1 SSP v správnom súdnictve poskytuje správny súd ochranu právam alebo právom
chráneným záujmom fyzickej osoby a právnickej osoby v oblasti verejnej správy a rozhoduje v ďalších
veciach ustanovených týmto zákonom.

16.Podľa§6ods.1SSPsprávnesúdyvsprávnomsúdnictvepreskúmavajúnazákladežalôbzákonnosť
rozhodnutí orgánov verejnej správy, opatrení orgánov verejnej správy a iných zásahov orgánov verejnej
správy, poskytujú ochranu pred nečinnosťou orgánov verejnej správy a rozhodujú v ďalších veciach
ustanovených týmto zákonom.

17. Podľa § 6 ods. 2 písm. a) SSP správne súdy rozhodujú v konaniach o správnych žalobách.

18.Podľa§191ods.1SSPsprávnysúdrozsudkomzrušínapadnutérozhodnutieorgánuverejnejsprávy
alebo opatrenie orgánu verejnej správy, ak
a) bolo vydané na základe neúčinného právneho predpisu,

b) ho vydal orgán, ktorý na to nebol zo zákona oprávnený,
c) vychádzalo z nesprávneho právneho posúdenia veci,
d) je nepreskúmateľné pre nezrozumiteľnosť alebo nedostatok dôvodov,
e) zistenie skutkového stavu orgánom verejnej správy bolo nedostačujúce na riadne posúdenie veci,
f) skutkový stav, ktorý vzal orgán verejnej správy za základ napadnutého rozhodnutia alebo opatrenia,

je v rozpore s administratívnymi spismi alebo v nich nemá oporu,
g) došlo k podstatnému porušeniu ustanovení o konaní pred orgánom verejnej správy, ktoré mohlo mať
za následok vydanie nezákonného rozhodnutia alebo opatrenia vo veci samej.

19. Podľa § 167 ods. 1 SSP správny súd prizná žalobcovi voči žalovanému právo na

úplnú alebo čiastočnú náhradu dôvodne vynaložených trov konania, ak mal žalobca vo veci celkom
alebo sčasti úspech.

20. Podľa § 79 ods. 6 zákona o DPH ak daňový úrad v lehote na vrátenie nadmerného odpočtu podľa
odseku 1, 2 alebo odseku 5 začne daňovú kontrolu, vráti nadmerný odpočet do desiatich

dní od skončenia daňovej kontroly, a to vo výške zistenej daňovým úradom; ak bola časť nadmerného
odpočtu vrátená podľa odseku 7, vráti daňový úrad rozdiel medzi nadmerným odpočtom vo výške
zistenej daňovým úradom a nadmerným odpočtom vráteným podľa odseku 7. Ak po vrátení nadmerného
odpočtu vznikne kladný rozdiel medzi nadmerným odpočtom uvedeným v právoplatnom rozhodnutí
a vráteným nadmerným odpočtom podľa prvej vety, vráti daňový úrad tento rozdiel do desiatich dní

odo dňa nadobudnutia právoplatnosti rozhodnutia. Ak daňový úrad daňovou kontrolou, ktorú začal v
lehote na vrátenie nadmerného odpočtu podľa odseku 1, 2 alebo odseku 5, nezistí nadmerný odpočet a
právoplatnýmrozhodnutímsapriznánadmernýodpočet,vrátidaňovýúradnadmernýodpočetuvedenýv
právoplatnom rozhodnutí do desiatich dní odo dňa nadobudnutia právoplatnosti rozhodnutia. Ak
platiteľ neumožní vykonanie daňovej kontroly do troch mesiacov odo dňa jej začatia, nárok na vrátenie

nadmerného odpočtu zaniká posledným dňom tretieho mesiaca a to vo výške, v akej jeho vznik bol
uplatnený v daňovom priznaní alebo dodatočnom daňovom priznaní.

21. Podľa § 3 ods. 1 Daňového poriadku pri správe daní sa postupuje podľa všeobecne záväzných
právnych predpisov, chránia sa záujmy štátu a obcí a dbá sa pritom na zachovávanie práv a právom

chránených záujmov daňových subjektov a iných osôb.

22. Podľa § 3 ods. 2 Daňového poriadku správca dane postupuje pri správe daní v úzkej súčinnosti s
daňovýmsubjektomainýmiosobamiaposkytujeimpoučenieoichprocesnýchprávachapovinnostiach,ak tak ustanoví tento zákon. Správca dane je povinný zaoberať sa každou vecou, ktorá je predmetom
správy daní, vybaviť ju bezodkladne a bez zbytočných prieťahov a použiť najvhodnejšie prostriedky,
ktoré vedú k správnemu určeniu a vyrubeniu dane.

23. Podľa § 30 ods. 1 Daňového poriadku správca dane doručuje písomnosť elektronickými
prostriedkami. Ak je to účelné a možné, písomnosti doručujú zamestnanci správcu dane.

24. Podľa § 30 ods. 2 Daňového poriadku ak písomnosť nie je možné doručiť spôsobom podľa odseku 1,

správca dane doručuje písomnosť prostredníctvom a) poskytovateľa poštových služieb, b) iného orgánu,
ak to ustanovuje osobitný predpis, c) verejnej vyhlášky.

25. Podľa § 31 ods. 3 Daňového poriadku písomnosti, ktoré sú určené do vlastných rúk právnickej osobe,
je oprávnená prijímať osoba, ktorá je oprávnená konať v mene právnickej osoby, alebo osoba, ktorá
je ňou poverená na prijímanie takýchto písomností. Ak nebola v mieste doručenia osoba oprávnená

prijímať písomnosti zastihnutá, upovedomí ju doručovateľ vhodným spôsobom, že písomnosť príde
doručiť znovu v určený deň a hodinu. Ak bude nový pokus o doručenie bezvýsledný,
uloží doručovateľ písomnosť na pošte a právnickú osobu o tom vhodným spôsobom vyrozumie. Ak si
nevyzdvihne právnická osoba písomnosť do 15 dní od jej uloženia, považuje sa posledný deň tejto lehoty
za deň doručenia, i keď sa právnická osoba o uložení nedozvedela.

26. Podľa § 32 ods. 1 Daňového poriadku na písomnosti správcu dane doručované elektronickými
prostriedkami (ďalej len "elektronický dokument") sa vzťahujú ustanovenia tohto zákona a osobitného
predpisu [pôvodne zákon č. 215/2002 Z. z. o elektronickom podpise a o zmene a doplnení niektorých
zákonov v znení neskorších predpisov, po zmene právnej úpravy zákon č. 272/2016 Z. z. o

dôveryhodných službách pre elektronické transakcie na vnútornom trhu a o
zmene a doplnení niektorých zákonov (zákon o dôveryhodných službách) v znení neskorších predpisov
– pozn. správneho súdu].

27. Podľa § 32 ods. 3 Daňového poriadku správca dane doručuje elektronický dokument osobe podľa

§ 14 a daňovému subjektu, ktorý o to požiada.

28. Podľa § 32 ods. 4 Daňového poriadku elektronický dokument sa doručuje do
elektronickej osobnej schránky osoby uvedenej v odseku 3.

29. Podľa § 32 ods. 7 Daňového poriadku elektronické doručovanie sa považuje za
doručenie do vlastných rúk.

30. Podľa § 14 ods. 1 Daňového poriadku povinnosť doručovať podania elektronickými prostriedkami
podľa § 13 ods. 5 finančnej správe má a) daňový subjekt, ktorý je platiteľom dane z pridanej hodnoty

alebo právnickou osobou zapísanou v obchodnom registri, alebo fyzickou osobou - podnikateľom
registrovanou pre daň z príjmov, b) daňový poradca za daňový subjekt, ktorého zastupuje pri správe
daní, c) advokát za daňový subjekt, ktorého zastupuje pri správe daní,
d) zástupca neuvedený v písmenách b) a c) za daňový subjekt podľa písmena a), ktorého zastupuje
pri správe daní.

31. Podľa § 165b ods. 3 Daňového poriadku (Prechodné ustanovenia účinné od 30.
decembra 2012) podľa § 14 sa postupuje od 1. januára 2014 a podľa § 32, § 33 ods. 1 a 3 a
§ 56 sa postupuje najskôr od 1. januára 2016 vo vzťahu k jednotlivým druhom daní podľa oznámenia
finančného riaditeľstva uverejneného na jeho webovom sídle.

32. Podľa § 60 ods. 2 zákona o e-Governmente orgán verejnej moci je tri roky odo dňa účinnosti tohto
zákona oprávnený pri výkone verejnej moci postupovať len podľa osobitných predpisov, ak ustanovujú
odlišnú úpravu postupu orgánu verejnej moci pri výkone verejnej moci a odlišné náležitosti návrhu
na začatie konania, žaloby, žiadosti, sťažnosti, vyjadrenia, stanoviska, ohlásenia alebo iného obdobného

dokumentu, ktoré sa v konaní predkladajú orgánu verejnej moci, alebo odlišné náležitosti rozhodnutia,
žiadosti, vyjadrenia, stanoviska alebo iného dokumentu, ktoré v konaní vydáva orgán verejnej moci, ako
tento zákon.33. Podľa § 60b ods. 2 zákona o e-Governmente orgán verejnej moci je od 1. novembra 2016 do
31. januára 2018 oprávnený pri výkone verejnej moci elektronicky postupovať aj podľa osobitných
predpisov, ak ustanovujú odlišnú úpravu postupu orgánu verejnej moci pri výkone verejnej moci

elektronicky a odlišné náležitosti elektronickej podoby návrhu na začatie konania, žaloby, žiadosti,
sťažnosti, vyjadrenia, stanoviska, ohlásenia alebo iného obdobného dokumentu, ktoré sa v konaní
predkladajú orgánu verejnej moci, alebo odlišné náležitosti elektronickej podoby rozhodnutia, žiadosti,
vyjadrenia, stanoviska alebo iného dokumentu, ktoré v konaní vydáva orgán verejnej moci, ako tento
zákon.

34. Podľa § 60f ods. 1 zákona o e-Governmente (Prechodné ustanovenia k úpravám účinným od
1. novembra 2017) orgány verejnej moci, ktoré k 1. novembru 2017 na účely zabezpečenia funkcií
elektronickej podateľne používajú vlastnú elektronickú podateľňu alebo začali verejné obstarávanie na
účely jej nadobudnutia, nie sú do 31. decembra 2020 povinné využívať modul centrálnej elektronickej
podateľne;ustanovenie§10ods.13týmniejedotknuté.Orgányverejnejmoci,ktorék1.novembru2017

mali zriadený informačný systém verejnej správy podľa § 10 ods. 13 v znení účinnom do 31. októbra
2017 alebo začali verejné obstarávanie na účely jeho nadobudnutia, môžu tento informačný systém
verejnej správy používať do 31. decembra 2020; ustanovenie § 10 ods. 14 tým nie je dotknuté.

35. Podľa § 60f ods. 6 zákona o e-Governmente správca špecializovaného portálu alebo agendového

systému slúžiaceho na elektronickú úradnú komunikáciu s orgánmi finančnej správy v colnom konaní
aleboinomsprávnomkonanípredcolnýmorgánomavsprávedaní,niejedo31.decembra2020povinný
prepojiť informačné systémy verejnej správy v jeho správe s ústredným portálom, ak
umožňuje elektronickú komunikáciu s nimi prostredníctvom ústredného portálu iným spôsobom.

36. Podľa § 60f ods. 7 zákona o e-Governmente ak ide o doručovanie elektronických úradných správ
orgánmifinančnejsprávyvcolnomkonaníaleboinomsprávnomkonanípredcolnýmorgánomavspráve
daní, elektronická úradná správa, vrátane všetkých elektronických dokumentov, sa do 31. decembra
2020 považuje za doručenú aj okamihom sprístupnenia prostredníctvom funkcionality informačného
systému Centrálny elektronický priečinok alebo prostredníctvom funkcionality špecializovaného portálu

alebo agendového systému orgánu finančnej správy, ktoré sú podľa predpisov účinných do 31. októbra
2017 zriadené ako miesto na elektronické doručovanie, ak tento okamih predchádza
okamihu doručenia podľa § 32 ods. 5; na tento účel správca modulu elektronických schránok, správca
informačného systému Centrálny elektronický priečinok a správca príslušného špecializovaného portálu
alebo agendového systému finančnej správy vo vzájomnej súčinnosti zabezpečia jednotný spôsob

informovania o momente doručenia a jeho evidenciu.

VI.
Konanie pred správnym súdom

37. Podľa § 3 ods. 1, ods. 3 písm. b) zákona č. 151/2022 Z. z. o zriadení správnych súdov a o
zmene a doplnení niektorých zákonov v znení neskorších predpisov (ďalej len „zákon č.
151/2022 Z. z.“) začal Správny súd v Bratislave dňa 01.06.2023 svoju činnosť a súčasne výkon
súdnictva prešiel z Krajského súdu v Bratislave, Krajského súdu v Nitre a Krajského súdu v Trnave
na Správny súd v Bratislave (ďalej len „správny súd“ alebo „súd“) vo všetkých veciach, v ktorých

je od 01.06.2023 daná právomoc správnych súdov. V súlade s platným a účinným rozvrhom práce
správneho súdu bola vec, pôvodne vedená pred Krajským súdom v Bratislave pod sp. zn. 6S/237/2019,
v zmysle § 51 ods. 1 zákona č. 757/2004 Z. z. o súdoch a o zmene a doplnení niektorých zákonov
v znení neskorších predpisov náhodným výberom pomocou technických prostriedkov a programových
prostriedkov schválených Ministerstvom spravodlivosti Slovenskej republiky pridelená do senátu 5S

správneho súdu, kde je vedená pod sp. zn. BA-6S/237/2019.

38. Účastníci konania netrvali na nariadení pojednávania a nebol daný ani iný dôvod na jeho
nariadenie podľa § 107 ods. 1 SSP, správny súd vec preto preskúmal bez nariadenia pojednávania, s
verejným vyhlásením rozsudku formou vyvesenia skráteného písomného vyhotovenia bez odôvodnenia

na úradnej tabuli súdu po dobu 14 dní (§ 137 ods. 3, ods. 4 SSP). Termín a čas verejného vyhlásenia
rozhodnutia bol zverejnený (oznámený) na úradnej tabuli a na webovej stránke súdu dňa
08.10.2024. Dňom vyhlásenia rozsudku v zmysle § 137 ods. 3 SSP je deň 24.10.2024.VII.
Posúdenie veci správnym súdom

39. Správny súd ako súd vecne a miestne príslušný na konanie vo veci podľa § 10, § 13 ods. 1 SSP a
§ 3 ods. 3 písm. b) zákona č. 151/2022 Z. z. preskúmal v rámci žalobných bodov napadnuté opatrenie
žalovaného vrátane konania, ktoré predchádzalo jeho vydaniu, a dospel k záveru, že
je dôvodná a napadnuté opatrenie je potrebné zrušiť podľa § 191 ods. 1 písm. d), písm. g) SSP, teda
pre nepreskúmateľnosť a existenciu takých podstatných porušení ustanovení o konaní pred orgánom

verejnej správy, ktoré malo za následok vydanie nezákonného opatrenia vo veci samej.

40. Predmetom tohto konania je posúdenie zákonnosti napadnutého opatrenia a postupu žalovaného
daňového úradu, ktorým žalovaný v zmysle § 79 ods. 6 zákona o DPH dospel k záveru, že
žalobcovi zanikol nárok na vrátenie nadmerného odpočtu DPH, a to z dôvodu neumožnenia vykonania
daňovej kontroly žalobcom do troch mesiacov od jej začatia. Neumožnenie vykonania daňovej kontroly

žalovaný ustálil v priebehu administratívneho konania, kedy opakovane doručoval žalobcovi písomnosti
(oznámenia a výzvy identifikované v bodoch 1., 2. tohto rozsudku) prostredníctvom poštového podniku
na adresu žalobcu uvedenú v obchodnom registri, pričom zásielky sa opakovane vrátili žalovanému
s poznámkou pošty, že neboli prevzaté v odbernej lehote, teda za doručené sa považovali s použitím
fikcie doručenia podľa § 30 ods. 3 Daňového poriadku.

41. Z obsahu administratívneho spisu je zrejmé, že
- Oznámenie o daňovej kontrole na zistenie oprávnenosti nároku na vrátenie nadmerného odpočtu alebo
jeho časti č. 100988671/2019 z 29.04.2019,
- Výzva na predloženie dokladov č. 101334141/2019 z 03.06.2019,

- Výzva na predloženie dokladov č. 101586328/2019 z 01.07.2019,
boli žalobcovi doručované výlučne prostredníctvom poštového podniku, pričom každá zo zásielok sa
vrátila žalovanému ako neprevzatá v odbernej lehote.

42. Z obsahu Oznámenia č. 101996097/2019 z 20.08.2019, ktoré je napadnutým opatrením v danej veci,

vyplýva, že žalobcovi podľa § 46 ods. 9 písm. c) Daňového poriadku dňa 17.08.2019 zanikol nárok na
vrátenie nadmerného odpočtu na základe daňovej kontroly začatej dňa 17.05.2019. Žalovaný žalobcovi
napadnutým opatrením oznámil, že v zmysle § 79 ods. 6 zákona o DPH neumožnil vykonanie daňovej
kontroly do troch mesiacov odo dňa jej začatia, preto nárok na vrátenie nadmerného odpočtu zanikol
posledným dňom tretieho mesiaca, a to vo výške, v akej jeho vznik bol uplatnený v daňovom priznaní

alebo v dodatočnom daňovom priznaní, a súčasne oznámil, že daňová kontrola na zistenie oprávnenosti
nároku na vrátenie nadmerného odpočtu alebo jeho časti bola ukončená podľa § 46 ods. 9 písm. c)
Daňového poriadku, t. j. dňom zániku nároku na vrátenie nadmerného odpočtu.

43. Správny súd sa v predmetnej veci v prvom rade zaoberal otázkou prípustnosti prieskumu

napadnutého opatrenia v správnom súdnom konaní a dospel k záveru, že postupom daňového úradu
a následne ním vydaným opatrením došlo k odňatiu práva žalobcu na priznanie nadmerného odpočtu,
teda došlo k priamemu zásahu do práv žalobcu zásadným spôsobom, preto napadnuté opatrenie spĺňa
zákonom stanovené definičné znaky podľa § 3 ods. 1 písm. c) SSP a je preskúmateľné v správnom
súdnom konaní.

44. Napadnuté opatrenie podľa názoru správneho súdu trpí vadou nepreskúmateľnosti pre nedostatok
dôvodov, nakoľko z jeho odôvodnenia nevyplýva, akým spôsobom sa daňový úrad vysporiadal s otázkou
doručovania zásielok žalobcovi v predmetnom daňovom konaní. Táto otázka má pritom zásadný dopad
na posúdenie existencie dôvodov pre aplikáciu ustanovenia § 79 ods. 6 zákona o DPH, ktoré pre zánik

nároku na vrátenie nadmerného odpočtu DPH predpokladá, že daňový subjekt neumožní vykonanie
daňovej kontroly do troch mesiacov odo dňa jej začatia.

45. Nepreskúmateľnosť je jednou z najzávažnejších vád, ktorými môže byť správny akt vydaný
v ktoromkoľvek administratívnom konaní zaťažený, pretože táto vada nielenže znemožňuje zistiť

účastníkom konania dôvody, pre ktoré bol správny akt vydaný, a následné uplatniť možnosť sa proti
jeho dôvodom brániť, ale znemožňuje i jeho prieskum správnym súdom a porušuje princíp právnej istoty
a legitímnych očakávaní účastníkov konania. Za nepreskúmateľné sa považuje najmä také rozhodnutie
alebo opatrenie, ktoré je nezrozumiteľné, teda nejasné alebo protirečivé, alebo také, z ktorého nie jemožné jednoznačne zistiť dôvody, ktoré k nemu viedli, resp. úvahy, ktorými sa administratívny orgán
pri formovaní záverov v ňom vyjadrených riadil. Najvyšší správny súd Slovenskej republiky (ďalej len
„NSS SR“) sa v rámci svojej rozhodovacej praxe už vyjadril ku kvalite rozhodnutí orgánov verejnej

správy, keď vyslovil, že je potrebné, aby orgán verejnej správy „náležite dbal na dostatočné, jasné,
zrozumiteľné, presvedčivé a úplné zdôvodnenie, ako aj uvedenie konkrétnych odborných argumentov,
na ktorých sa rozhodnutie zakladá. Je vecou správnych orgánov dbať o to, aby ich rozhodnutia
boli po obsahovej stránke náležite vyčerpávajúce a predstavovali relevantný podklad pre vyvodenie
právnych záverov samotného správneho orgánu....Úlohou súdu v správnom súdnictve nie je nahrádzať

činnosť správnych orgánov, ale preskúmavať zákonnosť ich rozhodnutí, teda posúdiť, či správne
orgány splnili povinnosti stanovené zákonom. Kasačný súd ďalej dáva do pozornosti, že nedostatky
odôvodnenia preskúmavaného rozhodnutia nemôžu byť konvalidované ani prípadným dodatočným
vysvetlením, resp. doplňujúcim vyjadrením správneho orgánu (prípadne vysvetlením prijatých záverov
v kasačnej sťažnosti, napr. vo vzťahu k dôkazom predloženým žalobcom v odvolacom konaní...) a ani
súdu neprislúcha spôsobom presahujúcim akceptovateľnú mieru dopĺňať, resp. absentujúce argumenty

správneho orgánu nahrádzať svojimi úvahami a vyvodzovať z nich závery, ku ktorým mal dospieť
správny orgán, ktorého postup a úvahy mali byť obsahom odôvodnenia jeho rozhodnutia, pretože takáto
aktivita presahuje rámec preskúmavacej právomoci súdu a zároveň zasahuje do sféry kompetencie
správneho orgánu v agende vymedzenej zákonom...“ (rozsudok NSS SR sp. zn. 5Sžfk/61/2019 zo dňa
28.07.2022, body 37., 41.). Taktiež bolo v tejto súvislosti judikované, že „Za rozhodnutie vydané v súlade

so zákonom nemožno považovať rozhodnutie, ktoré je zrozumiteľné iba pre správny orgán, ktorý ho
vydal...“ (R 3/2014). Obdobne je možné aplikovať tieto závery aj na odôvodnenie opatrenia vydaného
daňovým orgánom, najmä ak sa ním odníma určité právo či nárok.

46. Neušlo pozornosti správneho súdu, že celá argumentácia žalovaného vo vzťahu k doručovaniu

písomností žalobcovi v daňovom konaní sa nachádza až v jeho vyjadreniach podávaných v priebehu
konania pred súdom (vyjadrenie k správnej žalobe, duplika) a nenachádza sa v napadnutom opatrení,
resp. nie je zachytená v žiadnom procesnom úkone žalovaného (napr. v zápisnici o skončení daňovej
kontroly). Napadnuté opatrenie tak neobsahuje dôvody, pre ktoré žalovaný uzavrel, že zo strany žalobcu
nebolo umožnené vykonanie daňovej kontroly v lehote troch mesiacov, a z čoho mal za preukázané,

že došlo k naplneniu predpokladov ustanovenia § 79 ods. 6 posledná veta Daňového poriadku, a tieto
dôvody nie sú zistiteľné ani z obsahu administratívneho spisu. Žalovaný sa nevysporiadal s otázkou
doručovania ako takou, dôvodmi, ktoré ho viedli k tomu, aby aplikoval § 30 ods. 2 písm. a) Daňového
poriadku, resp. aby zvolil spôsob doručovania prostredníctvom poštového podniku, nezaoberal sa
aplikáciou fikcie doručenia podľa § 31 ods. 3 Daňového poriadku, ani následkami takéhoto postupu pre

žalobcu a dopad na jeho práva. Napadnuté opatrenie neobsahuje žiadnu argumentáciu k podstatným
otázkam daňového konania, je založené na nedostatočných dôvodoch, preto je
nepreskúmateľné, čo má v okolnostiach danej veci významný dosah na práva žalobcu a predstavuje
existenciu vady podľa § 191 ods. 1 písm. d) SSP. Správny súd v súvislosti s inštitútom doručovania
upriamuje pozornosť na závery NSS SR, ktorý v rozsudku sp. zn. 6Sžfk/66/2020 z 31.05.2023 (ZSP

30/2024) vyslovil, že „Doručovanie v daňovom konaní predstavuje významný právny inštitút, ktorým
správca dane oznamuje určitú skutočnosť daňovému subjektu, tretej osobe, prípadne inému adresátovi,
pričom riadne doručenie písomnosti má zásadný význam, nakoľko jeho preukázanie je právnou
skutočnosťou, na základe ktorej je možné vyvodzovať právne dôsledky viažuce sa na oboznámenie sa
s obsahom predmetnej písomnosti.“

47. Správny súd ďalej zdôrazňuje, že ustanovenie § 79 ods. 6 zákona o DPH upravuje osobitný
spôsob zániku nároku (práva) na nadmerný odpočet, a to priamo zo zákona (ex lege). Zákonným
dôvodom zániku tohto práva v zmysle § 79 ods. 6 zákona o DPH je, že daňový subjekt neumožní
vykonanie daňovej kontroly daňovému úradu do troch mesiacov od jej začatia.

Konanie daňového subjektu, ktorým sa neumožní vykonanie daňovej kontroly, môže mať viacero podôb,
napríklad nekontaktnosť, absencia reakcií na výzvy daňového orgánu a podobne, vždy sa však musí
vyznačovať účelovým charakterom, t. j. bezdôvodné vyhýbanie sa daňovej kontrole, snaha o marenie
daňovej kontroly. Vzhľadom k tomu, že následkom aplikácie § 79 ods. 6 zákona o DPH dochádza
k zániku práva daňového subjektu, teda dochádza k podstatnému zásahu do jeho práv, je potrebné

každú situáciu vyhodnotiť prísne individuálne so zreteľom na všetky okolnosti danej veci.

48.Vpredmetnejveciboladôvodomneumožneniavykonaniadaňovejkontroly zostranyžalobcu
skutočnosť, že zásielky doručované prostredníctvom poštového podniku formou fikcie doručenia fyzickyneprevzal a na výzvy správcu dane nereagoval. Žalobca v správnej žalobe namietal, že správca dane
doručoval zásielky nesprávne a jeho povinnosťou bolo ich doručovať elektronicky v zmysle § 30 ods.
1 Daňového poriadku. Základnou otázkou v danom konaní je teda otázka, či správca dane bol povinný

doručovať písomnosti žalobcovi elektronickou formou, a teda či v predmetnom administratívnom konaní
pochybil, ak doručoval prostredníctvom poštového podniku, a či má táto skutočnosť natoľko významný
charakter, aby mala za následok vydanie nezákonného opatrenia vo veci samej a vadu podľa § 191 ods.
1 písm. g) SSP. Daňový úrad nepostupoval v súlade so zákonom, najmä so základnými zásadami správy
daní podľa § 3 ods. 1, ods. 2 Daňového poriadku, keď žalobcovi zásielky nedoručoval elektronicky,

napriek tomu, že mu to ustanovenie § 30 ods. 1 Daňového poriadku prikazuje, pričom túto povinnosť
je možné splniť aj doručovaním dokumentov cez portál finančnej správy. Správny súd poukazuje na to,
že doručovanie v daňovom konaní predstavuje právny inštitút, s ktorým sa spájajú významné právne
následky, a nezákonným postupom daňového úradu bol narušený princíp právnej istoty a legitímnych
očakávaní účastníkov konania.

49. Správny súd po preskúmaní veci dospel k záveru, že správca dane nepostupoval v súlade
so zákonom, ak doručoval zásielky s písomnosťami žalobcovi prostredníctvom poštového podniku.
Ustanovenie § 30 ods. 1 Daňového poriadku nadobudlo účinnosť k 01.01.2012 s tým, že jednoznačne
uložilo správcovi dane doručovať písomnosti primárne elektronickými prostriedkami (v prípade účelnosti
a možnosti aj prostredníctvom zamestnancov správcu dane). Doručovanie inými spôsobmi (§ 30

ods. 2 Daňového poriadku) zákonodarca formuloval ako alternatívu pre prípad, že by doručovanie
elektronickými prostriedkami alebo zamestnancami správcu dane nebolo možné. Doručovanie
prostredníctvom poštového podniku v zmysle § 30 ods. 2 písm. a) Daňového poriadku sa teda
považuje za subsidiárny postup – spôsob doručovania vo vzťahu k § 30 ods. 1 Daňového poriadku.
Tento záver vyplýva nielen zo samotného znenia označených ustanovení, ale aj z Dôvodovej správy

k Daňového poriadku, Osobitná časť: „K § 30: Ustanovenie upravuje, že správca dane doručuje svoje
písomnosti prednostne elektronickými prostriedkami, a svojimi zamestnancami. Ak takto nemožno
doručiť písomnosti, doručujú sa prostredníctvom poskytovateľa poštových služieb, iného orgánu podľa
osobitného predpisu alebo verejnou vyhláškou.“

50. Na ustanovenie § 30 ods. 1 Daňového poriadku nadväzuje § 32 Daňového poriadku, ktorý upresňuje
spôsob elektronického doručovania a ďalšie povinnosti správcu dane. Podľa ods. 1 tohto ustanovenia na
písomnosti správcu dane doručované elektronickými prostriedkami (elektronický dokument) sa vzťahujú
ustanovenia Daňového poriadku a osobitného predpisu (až do 18.10.2016 zákon č.
215/2002 Z. z. o elektronickom podpise a o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení

neskorších predpisov). Správca dane podľa ods. 2 tohto ustanovenia doručuje elektronický dokument
osobe podľa § 14 (t. j. aj daňovému subjektu, ktorý je platiteľom DPH, resp. právnickej osobe zapísanej
v obchodnom registri) a daňovému subjektu, ktorý o to požiada. Elektronický dokument sa
doručujedoelektronickejosobnejschránkyosobyuvedenejvodseku3,pričomelektronickédoručovanie
sa považuje za doručovanie do vlastných rúk (§ 32 ods. 4, ods. 7 Daňového poriadku).

51. Podľa § 33 ods. 1 Daňového poriadku daňový subjekt pri elektronickej komunikácii s finančnou
správou má po zadaní prístupových údajov na webovom sídle finančného riaditeľstva sprístupnenú
osobnú internetovú zónu, obsahom ktorej sú najmä spis daňového subjektu v elektronickej forme,
elektronický výpis z osobného účtu daňového subjektu, prístup na elektronickú podateľňu, elektronická

osobná schránka, katalóg služieb. Podľa § 33 ods. 3 Daňového poriadku elektronická osobná schránka
je elektronická schránka, ktorá je určená na komunikáciu s finančnou správou. Podľa Dôvodovej
správy k Daňovému poriadku, Osobitná časť: „K § 32: Elektronické doručovanie, ako prioritná forma
doručovania písomností správcu dane daňovému subjektu, bude koncipované na báze doručovania
v uzavretej sieti. To znamená, že každému daňovému subjektu, ktorý bude so správcom dane

komunikovať elektronicky, bude vytvorená dátová schránka, do ktorej budú písomnosti doručované. Do
dátovej schránky sa daňový subjekt dostane len po zadaní jedinečných prístupových kódov, čím bude
zabezpečená ochrana informácií, ktoré sa budú v dátovej schránke nachádzať...Doručenie písomnosti
konkrétnej fyzickej alebo právnickej osobe, ktorej bude písomnosť adresovaná bude zabezpečené
prostredníctvom autorizovaného prístupu daňového subjektu do svojej dátovej schránky... K § 33:

Na rozvoj elektronickej komunikácie v spoločnosti reaguje legislatívna úprava správy daní zavedením
elektronických služieb poskytovaných pri správe daní daňovými a colnými orgánmi. Tieto služby budú
daňovému subjektu sprístupnené prostredníctvom internetu, a to vytvorením tzv. osobnej internetovej
zónydaňovéhosubjektu,vktorejbymalnájsťvšetkyrelevantnéinformácievsúvislostisjehopostavenímpri správe daní. V ustanovení je uvedený zoznam služieb, ktorý budú daňové a colné orgány povinné
daňovému subjektu na jeho žiadosť poskytnúť. Poslednou kategóriou je katalóg služieb, v ktorom
budú uvedené mimoriadne služby, ktoré budú daňové a colné orgány na žiadosť daňového subjektu

poskytovať a ich počet by sa mal meniť v súvislosti s vedecko-technickým vývojom spoločnosti....“.

52. Elektronické doručovanie podľa § 30 ods. 1 Daňového poriadku teda prioritne predpokladalo
zriadenie osobitných schránok cez portál finančnej správy. Doručovanie v rámci týchto osobitných
schránok na PFS bolo zamýšľané ako obojsmerné, čo vyplýva aj z citovanej Dôvodovej správy k §

32 Daňového poriadku, preto je možné elektronické doručovanie cez PFS považovať za plnohodnotný
spôsob elektronického doručovania v zmysle § 30 ods. 1 Daňového poriadku. Osobitné schránky
mali byť formou realizácie elektronického doručovania dokumentov, až do účinnosti zákona o e-
Governmente, ktorý zaviedol ústredný portál verejnej správy ako univerzálnu formu elektronickej
komunikácie medzi orgánmi verejnej správy na jednej strane a fyzickými a právnickými osobami
na strane druhej. Zákon o e-Governmente v tejto súvislosti zaviedol prechodné obdobia pre tie

subjekty, ktoré mali vlastnú elektronickú podateľňu, teda aj pre orgány finančnej správy, pričom sa
počítalo s existujúcim a fungujúcim systémom PFS. V tejto súvislosti správny súd poukazuje na
Dôvodovú správu k zákonu č. 238/2017 Z. z., ktorým sa mení a dopĺňa zákon č. 305/2013 Z. z.
o elektronickej podobe výkonu pôsobnosti orgánov verejnej moci a o zmene a doplnení niektorých
zákonov (zákon o e-Governmente) v znení neskorších predpisov a ktorým sa menia a dopĺňajú

niektoré zákony v znení neskorších predpisov, konkrétne k novozavedenému ustanoveniu § 60f
zákona o e-Governmente (bod 83): „Elektronická komunikácia s finančnou správou prebieha dnes
primárne prostredníctvom Portálu finančnej správy SR, ktorý je integrovaný s informačnými systémami
finančnej správy. Funkcionalita, spoľahlivosť a bezpečnosť Portálu finančnej správy SR zabezpečuje
výkon verejnej moci prostredníctvom aj kritických informačných systémov, ktoré sú prevádzkované v

nepretržitom režime (24 x 7). Rozsah dnes ustanovenej výnimky sa navrhuje zúžiť tak, aby vo vzťahu
k postupu bola zachovaná pre doručovanie, ktoré by však bolo upravené s ohľadom na preferenciu
užívateľa služieb - teda v režime, ktorý už dnes platí pre colné konanie. Týmto spôsobom bude v plnom
rozsahu umožnené využívanie aj schránok na ÚPVS pre užívateľov, ktorý tento spôsob preferujú, ako
aj napr. využívanie doručovania do Centrálneho elektronického priečinku pre colné konanie, ak je to pre

užívateľa z akéhokoľvek dôvodu výhodnejšie. Podstata výnimky je založená na tom, že sa takto môžu
na doručovanie využiť len už existujúce riešenia a nie budovať nové informačné systémy.“

53. Správny súd dospel k záveru, že daňový úrad mal prioritne postupovať podľa § 30
ods. 1 Daňového poriadku a doručovať písomnosti elektronicky, do schránky zriadenej na PFS

pre žalobcu ako daňový subjekt. Existencia takejto schránky pritom nebola medzi účastníkmi konania
sporná,rovnakotakjejriadnefungovanie.Natejtopovinnostisprávcudaneničnemeníaniustanovenie§
165bods.Daňovéhoporiadku,naktorévosvojomvyjadrenídoručenomkrajskémusúdudňa27.12.2019
poukazuje žalovaný, keďže správca dane doručoval písomnosti žalobcovi (a začal daňovú kontrolu) až
v roku 2019, teda v čase, kedy v zmysle označeného prechodného ustanovenia Daňového poriadku bol

postup podľa § 32, § 33 ods. 1, ods. 3 Daňového poriadku pre správcu dane už povinný.

54. Správny súd nepovažuje argumentáciu žalovaného, ktorý sa v správnom súdnom konaní bránil
aj poukazom na § 60 ods. 2, § 60b ods. 2, § 60f zákona o e-Governmente, za relevantnú, nakoľko
z uvedených ustanovení je zrejmé, že daňový úrad mohol postupovať podľa Daňového poriadku

a realizovať výkon verejnej moci elektronicky aj prostredníctvom svojho špecializovaného portálu PFS,
teda písomnosti mohol doručovať elektronicky aj do schránok na PFS tak, aby splnil povinnosť podľa
§ 30 ods. 1 Daňového poriadku. Správny súd v tejto súvislosti podotýka, že elektronická komunikácia
prostredníctvom elektronických schránok zriadených na Ústrednom portáli finančnej správy (ÚPVS) nie
je jedinou formou elektronického doručovania písomností tak, ako sa to snaží prezentovať žalovaný.

Správcovi dane nič nebránilo v tom, aby žalobcovi písomnosti doručoval elektronickou formou cez PFS,
obzvlášť za situácie, že žalovaný ani netvrdil, že by žalobca nemal zriadenú takúto schránku. Navyše
vo vzťahu k správe daní ustanovenie § 60f zákona o e-Governmente v ods. 6 zakotvilo, že správca
špecializovaného portálu nie je do 31.12.2020 povinný prepojiť informačné systémy verejnej správy
v jeho správe s ústredným portálom, ak umožňuje elektronickú komunikáciu s nimi prostredníctvom

ústredného portálu iným spôsobom, čo je práve prípad schránok zriadených na PFS.

55. Pokiaľ ide o tvrdenie žalovaného v duplike doručenej správnemu súdu dňa 12.01.2024, že
obojsmerná komunikácia cez PFS bola možná len vo vzťahu k spotrebným daniam, táto argumentácianie je ničím podložená a nevyplýva ani z obsahu administratívneho spisu. Za irelevantnú správny súd
považuje taktiež argumentáciu žalovaného, odvolávajúcu sa na rozsudok Krajského súdu v Bratislave
sp. zn. 2S/158/2017 zo dňa 12.06.2019, v ktorom sa riešil prípad týkajúci sa iného časového obdobia

(doručovanie prebiehalo v roku 2016), pričom sa nejednalo o aplikáciu § 79 ods. 6 zákona o DPH,
ktorého podstatou je zánik nároku na vrátenie nadmerného odpočtu ako dôsledok
neumožnenia vykonania daňovej kontroly.

56. Podľa názoru správneho súdu postupom žalovaného došlo aj k porušeniu základných zásad

správy daní podľa § 3 ods. 1, ods. 2 Daňového poriadku, keďže správca dane nepostupoval v tomto
prípade v úzkej súčinnosti s daňovým subjektom a nevyužil najvhodnejšie prostriedky na dosiahnutie
sledovaného účelu. Správca dane bez toho, aby splnil svoju povinnosť podľa § 30 ods. 1 Daňového
poriadku, resp. bez toho, aby skúmal uskutočniteľnosť elektronickej formy doručovania vo vzťahu
k žalobcovi, bez ďalšieho pristúpil k realizácii doručovania písomností prostredníctvom poštového
podniku, a bez splnenia zákonných predpokladov (nemožnosť

elektronického doručovania) uskutočnil doručovanie subsidiárnou formou. Navyše sa uspokojil s tým,
že zásielky sa mu opakovane vracajú ako neprevzaté v odbernej lehote, pričom nevykonal žiadny
procesný úkon smerom k žalobcovi, ktorým by učinil zadosť povinnosti súčinnosti a vhodného využitia
prostriedkovvrátaneprostriedkovinejformykomunikácie,abysainformáciaodaňovejkontroleapotrebe
súčinnosti reálne dostala do dispozičnej sféry žalobcu. Postup správcu dane sa javí ako smerujúci

k bezdôvodnému odňatiu práva na nadmerný odpočet a narúšajúci právnu istotu účastníkov daňového
konania a ich legitímne očakávania vo vzťahu k spôsobu doručovania a forme komunikácie so správcom
dane v elektronickej forme tak, ako to vyžaduje zákon. Takýto postup zakladá nezákonnosť napadnutého
opatrenia.

57. Správny súd na dôvažok uvádza, že postup žalovaného vrhá pochybnosť aj na
správnosť aplikácie § 79 ods. 6 veta posledná zákona o DPH, keďže účelom tohto ustanovenia je
predchádzať obštrukčnému správaniu daňových subjektov, ktoré by chceli mariť výkon daňovej kontroly.
V situácii, keď sa daňový subjekt reálne nedozvedel o tom, že daňová kontrola sa má vykonať, resp.
už prebieha, a fyzicky neobdržal ani výzvu na poskytnutie súčinnosti, teda o úkonoch správcu dane

preukázateľne nemal vedomosť, nie je možné bez pochybností dospieť k záveru, že postupom správcu
dane voči žalovanému bol naplnený účel označeného ustanovenia. Správny súd poukazuje na rozsudok
NSS SR sp. zn. 1Sžfk/39/2020 zo dňa 27.02.2024 (body 43., 44.), v ktorom Veľký senát vyslovil, že
„...prístup k doručovaniu písomností, ktorý je považovaný za tzv. formálny, musí niekedy pri posúdení
konkrétnych okolností ustúpiť tzv. materiálnemu prístupu vnímania právneho inštitútu doručovania,

ktorým je v súlade s jeho zmyslom a účelom predovšetkým oboznámenie sa účastníkov konania s
doručovanou písomnosťou. Akokoľvek je totiž tento inštitút v právnom poriadku významný a sú s ním
spojené významné následky (ako napr. fikcia doručenia) a právne účinky, nie je možné prehliadať fakt,
že svojou podstatou ide o komunikačný prostriedok, ktorý má slúžiť na oznámenie účastníkom konania
o úkonoch správnych orgánov, v tomto prípade daňových. V tomto zmysle je preto dôležité nachádzanie

rovnováhy medzi prirodzenou a logickou ochranou procesných práv účastníkov a medzi snahou štátu
o efektívne doručovanie tak, aby sa účastníci dozvedeli o úkonoch príslušných orgánov. Pre materiálny
prístup k doručovaniu písomnosti je preto podstatné to, či sa adresát mohol s doručovanou písomnosťou
zoznámiť a tak bolo zachované jeho právo na podanie efektívnych opravných prostriedkov alebo na
súdnu ochranu...“.

58. Vzhľadom na uvedené správny súd konštatuje, že napadnutým opatrením, ktoré je nepreskúmateľné
pre nedostatok dôvodov, a postupom žalovaného, ktorý jeho vydaniu predchádzal, spočívajúcom v
nesprávnym doručovaním Oznámenia o daňovej kontrole na zistenie oprávnenosti nároku na vrátenie
nadmerného odpočtu alebo jeho časti č. 100988671/2019 zo dňa 29.04.2019,

Výzvy na predloženie dokladov č. 101334141/2019 zo dňa 03.09.2019, Výzvy na predloženie
dokladov č. 101586328/2019 zo dňa 01.07.2019 došlo k porušeniu zákona, a bol naplnený žalobný
dôvod podľa § 191 ods. 1 písm. d), písm. g) SSP. Napadnuté opatrenie preto bolo potrebné zrušiť a vec
vrátiť žalovanému na ďalšie konanie podľa § 191 ods. 1 písm. d), písm. g), § 191 ods. 4 SSP.

59. Podľa § 191 ods. 6 SSP právnym názorom, ktorý vyslovil správny súd v zrušujúcom rozsudku, je
orgán verejnej správy v ďalšom konaní viazaný. Ak orgán verejnej správy v ďalšom konaní nepostupoval
v súlade s právnym názorom správneho súdu a správny súd opätovne zrušil rozhodnutie orgánu verejnejsprávy alebo opatrenie orgánu verejnej správy z tých istých dôvodov, môže správny súd i bez návrhu
v zrušujúcom rozsudku uložiť orgánu verejnej správy pokutu.

60. Úlohou žalovaného v ďalšom konaní, pri viazanosti právnym názorom vysloveným správnym súdom
v tejto veci, bude odstrániť vytknuté nedostatky, postupovať v súlade so zákonom tak, aby v ďalšom
konaní boli zachované práva žalobcu a aby boli dôsledne uplatnené základné zásady správy daní,
a v prípade vydania nového rozhodnutia alebo opatrenia, toto náležite odôvodniť.

61. Pokiaľ ide o žalobné dôvody podľa § 191 ods. 1 písm. c), písm. e), písm. f) SSP, správny súd
uvádza, že ich preskúmaniu bránili vady opatrenia spočívajúce v jeho nepreskúmateľnosti.

62. O trovách konania vo vzťahu k úspešnému žalobcovi správny súd rozhodol podľa § 167 ods. 1
SSP, keď tomuto účastníkovi v súlade so zásadou úspechu v konaní priznal úplnú náhradu účelne
vynaložených trov konania, o ktorých výške rozhodne po právoplatnosti rozsudku vyšší súdny úradník

samostatným uznesením (§ 175 ods. 2 SSP).

63. S ohľadom na uvedené správny súd rozhodol postupom podľa § 191 ods. 1 písm. d), písm. g) SSP
tak, ako je uvedené v enunciáte tohto rozhodnutia.

64. Toto rozhodnutie prijal správny súd v senáte pomerom hlasov 3 : 0 (§ 139 ods. 4 veta prvá SSP).

Poučenie:

Proti tomuto rozsudku je prípustná kasačná sťažnosť, ktorú môže podať oprávnený subjekt (§ 442 SSP),
a to v lehote 30 dní od jeho doručenia na Správny súd v Bratislave. Zmeškanie lehoty nemožno
odpustiť.

V kasačnej sťažnosti sa má popri všeobecných náležitostiach (§ 57 SSP) uviesť označenie napadnutého
rozhodnutia, údaj, kedy bolo napadnuté rozhodnutie doručené sťažovateľovi, opísanie rozhodujúcich
skutočností, aby bolo zrejmé, v akom rozsahu a z akých dôvodov podľa § 440 SSP sa podáva
(sťažnostné body) a návrh výroku rozhodnutia (sťažnostný návrh). Sťažnostné body možno meniť len

do uplynutia lehoty na podanie kasačnej sťažnosti.

V kasačnej sťažnosti nemožno uplatňovať nové skutočnosti a dôkazy okrem skutočností a dôkazov na
preukázanie prípustnosti a včasnosti podanej kasačnej sťažnosti.

Kasačná sťažnosť nie je prípustná, ak sa opiera o iné dôvody, ako sú uvedené v § 440 SSP, ak sa opiera
o dôvody, ktoré sťažovateľ neuplatnil v konaní pred správnym súdom, v ktorom bolo vydané napadnuté
rozhodnutie, hoci tak urobiť mohol, alebo ak smeruje len proti dôvodom rozhodnutia správneho súdu.
Dôvod kasačnej sťažnosti nemožno vymedziť tak, že sťažovateľ poukáže na svoje podania pred
správnym súdom.

V konaní o kasačnej sťažnosti musí byť sťažovateľ alebo opomenutý sťažovateľ zastúpený advokátom.
Kasačná sťažnosť a iné podania sťažovateľa alebo opomenutého sťažovateľa musia byť spísané
advokátom. Povinné zastúpenie advokátom v kasačnom konaní sa nevyžaduje, ak a) má sťažovateľ
aleboopomenutýsťažovateľ,jehozamestnanecalebočlen,ktorýzanehonakasačnomsúdekonáalebo

ho zastupuje, vysokoškolské právnické vzdelanie druhého stupňa; b) ide o konania o správnej žalobe
podľa § 6 ods. 2 písm. c) a d); c) je žalovaným Centrum právnej pomoci.